1937年12月13號， 日軍攻陷當時中國首都南京， 日軍公然違抗國際法規和泯滅人性的製造了慘絕人寰的南京大屠殺， 日軍屠殺了30萬無辜的中國平民， 無數家庭支離破碎。 後來根據資料， 南京大屠殺是一場有預謀的計畫， 而計畫的執行者是一名近60歲的日本軍官松井石根， 主要參與的日軍部隊有日軍第6師團， 日軍第9師團， 日軍第16師團， 日軍第13師團。
日軍第6師團， 該部隊曾經參加過中日甲午戰爭， 也曾在1928年製造震驚中外的“濟南慘案”， 同時這只部隊也是參與南京大屠殺的主要部隊。 1942年， 該部隊被調往太平洋戰場， 於1945年在所羅門群島向澳大利亞軍投降， 其部隊團長為長谷壽夫， 乙級戰犯。 長谷壽夫被引渡到南京受審， 1947年長谷壽夫被判處死刑於4月26日行刑。
日軍第9師團該師團同樣參與了南京大屠殺， 1938年， 該師團參加了徐州會戰和武漢會戰， 1940年駐紮在東北， 1944年被調往臺灣， 1945年該部隊於臺灣繳械投降。
日軍第16師團， 日軍第16師團被稱為“殺人魔鬼”， 該師團以窮凶極惡成名， 燒殺搶掠， 無惡不作， 日軍第16師團是南京大屠殺的主犯之一， 資料顯示該師團在南京大屠殺中屠殺了16萬平民和戰俘。 1941年該師團奉命前往太平洋戰場，
日軍第13師團， 該師團成立於日俄戰爭期間， 在南京大屠殺中， 該團的日軍專門屠殺有傷病的戰俘和平民， 殘暴的日軍斷了這些戰俘的糧食， 隨後將餓了幾天的戰俘集體屠殺。