永熙元年（322年）， 王敦以“清君側”討伐奸臣劉隗為名義在武昌起兵， 叛軍一路東下直逼東晉首都建康。 晉元帝司馬睿調遣朝廷軍隊抵抗卻節節敗退。 時為太子的司馬紹打算親自領兵出戰， 溫嶠攔馬諫道“臣聽說善戰者不輕易動怒， 善於打勝仗的人， 往往不憑藉武力。 如今您身為儲君怎麼能身犯險境而置天下於不顧呢？”司馬紹才由此作罷。
及至王敦攻破建康， 開始有意擅權， 見司馬紹果敢勇毅， 深得擁戴， 就想以不孝之罪廢黜太子。 當時溫嶠在朝中有極高的名望， 王敦想要讓溫嶠同意自己的決定， 從而獲得眾人的支持。 於是大會百官， 神色俱厲的問溫嶠“太子有何德行？”溫嶠正色回道“鉤深致遠， 蓋非淺局所量。 以禮觀之， 可稱為孝”， 太子能夠探討治國平天下， 使國家長治久安的深奧道理， 見識淺陋的人是難以理解的。 依古禮看， 這就是孝。 大臣們盡皆贊同，
為了安撫王敦， 朝廷讓他當丞相、江州牧、進爵武昌郡公， 王敦這才滿意的從建康撤兵， 退守武昌。 不久， 晉元帝司馬睿就因此憂懼成疾而逝世， 太子司馬紹繼位， 是為晉明帝。 晉明帝重用溫嶠輔國， 拜之為侍中， 讓其參與機密大謀， 後又轉為中書令。 溫嶠頗具才華， 有棟樑之才， 如今輔助朝廷， 這讓王敦深為憂慮。 為此， 王敦向朝廷要溫嶠做他的左司馬， 基於綜合考慮， 朝廷最終同意了。
王敦有再次起兵的意圖， 為了保全自己， 溫嶠對王敦開始畢恭畢敬， 並加入其陣營為其出謀劃策， 共同對付朝廷。 王敦見此很高興， 以為溫嶠真心投靠自己， 將他毫不設防的視為知己。 王敦有個心腹叫錢鳳， 溫嶠對其很是忌憚， 於是也設法投其所好與之結交， 於是兩人的交情也日益加深。
太寧二年（324年）六月， 丹陽尹出缺， 溫嶠對王敦說“丹陽尹掌管京師， 如同朝廷喉舌， 應該選一個文武全才的人擔任， 這個人最好有您挑選。 如果此人由朝廷任命， 恐怕對我們沒有好處”。 王敦覺得所言極是，
溫嶠擔心錢鳳事後醒悟過來， 自己會有性命之危， 於是想了一個計策。 在王敦為其舉辦餞別宴時， 溫嶠故意到錢鳳面前敬酒。
臨走時， 溫嶠對王敦說了很多難捨難分的話， 直說的自己痛涕泗流， 悲不自禁。 出門後又折回來， 表現的戀戀不捨， 不忍離去。 反復多次， 才上路。 溫嶠出發後， 錢鳳猛然間醒悟過來， 對王敦說“溫嶠和朝廷關係密切， 能力又頗強， 這一去恐怕要到朝廷告密， 說你謀反， 這是放虎歸山啊， 應該立刻派人殺了他”。
王敦聽了有點生氣地說“太真昨晚是因為醉酒才和你發生了小小的衝突，你怎麼能這麼快就對他加以詆毀呢，做人應該要大度”。說完王敦就面帶慍色的走了，錢鳳長歎一聲只好作罷。
溫嶠由此得以安全的返回京師，並把王敦的情況向晉明帝做了彙報，朝廷因此得以提前準備防禦，最終平定了叛亂。
王敦聽了有點生氣地說“太真昨晚是因為醉酒才和你發生了小小的衝突，你怎麼能這麼快就對他加以詆毀呢，做人應該要大度”。說完王敦就面帶慍色的走了，錢鳳長歎一聲只好作罷。
溫嶠由此得以安全的返回京師，並把王敦的情況向晉明帝做了彙報，朝廷因此得以提前準備防禦，最終平定了叛亂。