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哈佛團隊帶來 CRISPR 新應用:給細胞活動照張相!

正如黑匣子能記錄事故發生時的飛機狀態, 員警的隨身相機能還原現場, 生物學家們也希望能發明一種資料記錄儀, 來記錄細胞變化時的內部活動。 這樣一來, 我們就有機會闡明癌症、衰老、環境對生物的作用以及胚胎發育等過程。

科學家們曾經作出過很多嘗試, 例如, 把某一特定基因和有效的螢光蛋白基因聯繫在一起以實現追蹤效果, 或使用重組酶來修飾基因序列;但這些方法存在各種問題, 比如記錄的資訊無法遺傳到下一代細胞, 或無法記錄信號的強度與時間。

現在, 科學家利用革命性基因編輯工具CRISPR打造出了一個“細胞記錄儀”,

完美地解決了上述問題。 本周的《Science》線上刊登了來自哈佛大學的化學家劉如謙(David Liu)和博士後Weixin Tang的成果, 揭示了這個他們稱之為”CRISPR介導”的類比多事件記錄裝置“CAMERA”。

圖丨David Liu

為了進一步說明該技術, 研究人員們對細胞進行光照、注射抗生素、病毒感染,

皆能夠觀察到 CAMERA 記錄的細胞改變。 “這項研究的亮點是人們如何利用CRISPR 技術來闡明細胞通路”, 加州大學伯克利分校的生物工程師 Dave Savage說道。

CRISPR 的初始作用為定位並切割雙螺旋DNA, 自發明以來廣泛用於基因敲除與基因編輯。 CRISPR/Cas9 系統是其中最為成熟的工具, 該系統由嚮導 RNA 和 Cas9 酶組成, 前者能特異性的識別 DNA 序列, 而後者負責剪切識別位點。 而“ CAMERA ”的機制則為, 外來的刺激信號會作用於 CRISPR 系統, 使其對遺傳信息進行改變, 通過記錄這種變化能夠得知細胞受到的刺激。

CAMERA 的第一種形式利用了質粒的特性:質粒為細菌的遺傳物質, 是一種環狀的 DNA, 能夠在細胞質中自我複製但嚴格保持一定的種群數目。

記錄儀包含了兩種質粒 R1 和 R2, 兩者初始比例是穩定的。 記錄儀還含有一種特殊的質粒, 該質粒被引入了含有 CRISPR 組分的基因, 當細胞受到外來刺激時, 能啟動該質粒, 並在細胞內轉錄或翻譯出嚮導 RNA 和 Cas9 酶, 作用於 R1 質粒, 使其數目發生變化。 例如, 在研究者們進行的一項測試中,

當他們把一抗生素啟動的 CAMERA 系統裝於細菌中, 通過測序細菌並記錄 R1:R2 的變化, 研究者們便能夠知道細胞暴露于藥物的時長。

CAMERA 的第二種形式則使用了修飾過的Cas9酶, 該酶不能切割雙螺旋, 但卻能作用於胞嘧啶使其轉化為胸腺嘧啶, 兩者都為DNA四種堿基之一。

當CRISPR系統被啟動時, 嚮導RNA把Cas9酶一同定位至一類被叫做“安全港”的基因, 這類基因的DNA能夠被任意改變而不損害細胞。 研究者們能通過觀察“安全港”基因胞嘧啶的改變情況, 間接記錄信號作用的強度。 例如, 在另一項測試中, 研究者們通過啟動Wnt通路(該通路在胚胎發育和癌症發生中發揮著重要的作用), 使CAMERA開啟, 以記錄刺激信號對Wnt通路的作用。

圖丨盧冠達

除了CAMERA外,其他的研究人員也利用CRISPR發明了記錄裝置,如麻省理工學院的盧冠達(Timothy Lu)。但盧冠達表示,他的發明僅限於細菌,並且相比CAMERA,需要“一個數量級”更多的細胞作為樣本來記錄信號,信噪比也更差。

CAMERA 能夠在包含僅10個細胞的樣本中工作,其意義至關重大。因為所需細胞越少,代表著測量精確度也越高。

以研究大腦為例,哈佛大學遺傳學家George Church指出:“如果想要繪製一幅大腦活動圖,每一個細胞都不同且至關重要。”

同時,如前文所述,CAMERA 的另一個重要意義在於,它能夠記錄信號作用的時間與強度。以癌症為例,這能幫助我們觀測細胞在不同階段對不同信號的回應情況,以闡明其增殖機理。Church 表示:“理想情況是有一個單分子自動記錄儀,能記錄可讀的 DNA 序列,並告訴你在整段時間中每個細胞在發生著什麼。”

CAMERA 還有其他潛在的功能,例如清除已記錄的資訊、通過藥物“重置”質粒比等。CAMERA還可已同時或先後記錄幾個不同的信號對細胞的作用。但是對於這個擁擠的生物記錄領域,想要 CAMERA 證明自己的價值,研究人員必須要證明它能夠在動物體內也發揮作用,而不只是在劉如謙的Wnt實驗中。

“真正的能力尚未釋放”,Savage 說,“殺手級的應用需拭目以待。”

圖丨盧冠達

除了CAMERA外,其他的研究人員也利用CRISPR發明了記錄裝置,如麻省理工學院的盧冠達(Timothy Lu)。但盧冠達表示,他的發明僅限於細菌,並且相比CAMERA,需要“一個數量級”更多的細胞作為樣本來記錄信號,信噪比也更差。

CAMERA 能夠在包含僅10個細胞的樣本中工作,其意義至關重大。因為所需細胞越少,代表著測量精確度也越高。

以研究大腦為例,哈佛大學遺傳學家George Church指出:“如果想要繪製一幅大腦活動圖,每一個細胞都不同且至關重要。”

同時,如前文所述,CAMERA 的另一個重要意義在於,它能夠記錄信號作用的時間與強度。以癌症為例,這能幫助我們觀測細胞在不同階段對不同信號的回應情況,以闡明其增殖機理。Church 表示:“理想情況是有一個單分子自動記錄儀,能記錄可讀的 DNA 序列,並告訴你在整段時間中每個細胞在發生著什麼。”

CAMERA 還有其他潛在的功能,例如清除已記錄的資訊、通過藥物“重置”質粒比等。CAMERA還可已同時或先後記錄幾個不同的信號對細胞的作用。但是對於這個擁擠的生物記錄領域,想要 CAMERA 證明自己的價值,研究人員必須要證明它能夠在動物體內也發揮作用,而不只是在劉如謙的Wnt實驗中。

“真正的能力尚未釋放”,Savage 說,“殺手級的應用需拭目以待。”

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