1807年， 隨著普魯士被法國戰敗， 在德意志其他邦國中也引起了連鎖反應。 沒多久， 幾乎所有的中小邦國都加入了萊茵聯盟。 拿破崙成為德意志實際上的主人。
普魯士被徹底打趴下了， 奧地利皇帝弗朗茨二世還要掙扎一下。 他趁拿破崙的30萬大軍被牽制在西班牙的機會， 實行全面軍事改革， 擴充了數十萬大軍。
1809年春， 奧地利與英國組成第五次反法同盟， 打出“解放德意志”的正義旗號， 出動大軍進攻拿破崙的附庸萊茵聯盟。 但普魯士和德意志諸侯都不支持他， 俄國也等著坐收漁利。 所以這一次奧地利又是單挑拿破崙。
結果自然和以前沒什麼兩樣， 奧軍連續被拿破崙抽得滿地找牙。 維也納也在5月被法軍攻克。 不過， 奧地利雖然敗給拿破崙， 但其中也有閃光點。
法軍攻佔維也納後， 奧軍總司令卡爾大公（弗朗茨二世的弟弟）趁法軍強渡多瑙河之際， 半渡而擊， 以己方2萬人的死傷， 殲滅和俘虜法軍3萬多人， 迫使拿破崙退卻。 這就是艾斯林戰役， 也是拿破崙遭到的第一次正面慘敗。 卡爾大公頓時成為德意志的英雄。
（卡爾大公）
隨後卡爾重施故技， 企圖一舉殲滅渡河的法軍主力。 不料拿破崙帶著17萬人直接碾過多瑙河來， 撕開了奧軍15萬人的埋伏圈。 這就是瓦格拉姆戰役， 法軍損失3萬， 奧軍損失4萬， 拿破崙取得慘勝。
之後， 法奧簽署肖恩布魯恩和約。 奧地利被迫割讓出大片領土， 有的直接給法國， 有的給法國的附庸——德意志諸侯和華沙大公國， 還有的被拿破崙的“親密戰友”俄國拿去。 奧地利還要賠款8500萬法郎， 軍隊限制在15萬人以內。
這樣， 一度是歐陸最強大的哈布斯堡皇朝， 也淪為准一流的內陸國家。
之後數年， 整個德意志就在拿破崙的靴子下麵呻吟。 不過被拿破崙奴役，
法軍所到之處， 驅逐了封建貴族和天主教會， 廢除了封建特權。 拿破崙頒佈的《拿破崙法典》， 讓德國老百姓第一次享受到自由和平等。 封建義務、歧視猶太人的法律和宗教限制都被粉碎， 社會經濟也得到飛速發展。
沒過多久， 最先被法軍佔領的萊茵河西岸地區， 以及拿破崙弟弟當國王的韋斯特法利亞王國， 就成為整個德意志經濟最發達的地方。
小貼士：貝多芬和拿破崙
德國音樂家貝多芬（1770-1827）， 曾經為法國大革命歡呼， 對拿破崙深為崇拜， 並創造了著名的“貝多芬第三交響樂”， 命名為《拿破崙交響曲》， 準備獻給拿破崙。 誰知這時傳來拿破崙稱帝的消息，
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