元代時寺前有三座古台， 相傳是帝王賞花釣魚、遊樂更衣的地方。 寺內立有穹碑兩通， 一為宣宗章皇帝禦制寺文， 另一通上是內容不詳的蒙古文字。 寺後建有一座高大的毗盧閣， 憑欄俯瞰， 全寺風光盡收眼底。 元至正初年(1341年)， 寺毀於火災， 當時的元朝內憂外患， 國庫空虛， 功德寺一直沒有重建。
明朝宣德二年(1427年)，
清朝乾隆皇帝下旨再次重建功德寺。 乾隆三十五年(1770年)， 功德寺奉敕重修。 重修後的山門為磚石結構， 左右各建隨牆門一道。 大門上方正中為乾隆禦題石額“敕重建古刹功德寺”， 兩側各有一個石券窗。 門外東、西立有一對石獸。 正殿為一座重簷廡殿頂大殿， 前簷懸掛乾隆禦題匾額“大聖因殿”。 殿內匾額為“智珠心印”， 配以楹聯“般若慈源， 遠通華海匯；菩提覺路， 妙轉法輪圓”， 皆為乾隆御筆。 殿前有碑亭，
光緒二十三年（1897年）繪製的功德寺彩圖
到了清末民初時，功德寺逐漸敗落。中華民國時期已經完全損毀，原址已經改為學校。建國後，在原址上成立了玉泉山中學，從此功德寺就只剩下地名和一隻石獸。2010年前後這裡改建為“海澱區學校後勤管理中心”，門牌號為海澱區青龍橋功德寺1號。
2008年，海澱區教委在原遺址上施工時，挖出了功德寺山門前的另一隻石獸，還有功德寺山門門額、山門拱券石和乾隆題詩的禦制碑等。幾年前，海澱區教委在此施工時挖出了山門門額、山門拱券石和乾隆題詩的禦制碑等。從出土的乾隆御筆門額“敕重建古刹功德寺”可知功德寺當時是重建的；從出土的石碑題詩落款可知當時乾隆來該寺拈香拜佛。如今五環路上，一座立交橋被命名為功德寺橋。
明代《帝京景物略》中記載的功德寺：
山好下影於湖，靜相好也。湖好上光于水田，曠相好也。道西堤，行湖光中，至青龍橋，湖則窮已。行左右水田，至玉泉山，山則出已。際湖山而刹者，功德寺。寺，今一搭間地也，存者門耳。瓦壟燕麥，屋脊鸛巢，聲假假，餘悲生恐，在當年昏定曉報鐘時也。門外二三古木，各三四十圍，根半肘土外。暍蔭者，坐差差，如幾，如凳，如養和，滑其上膚及骨，蟲鼠穴其下，亦滑，垤壤巒如，不知幾十國蟻。古干支日，老葉鼓風，兩側偃柏，不成蓋陰，亦助其響。傍地余水田，僧無寺，業農事。每日西睨，山東陰，肩鍤者，鍤掛畚者，仰笠者，野歌而歸。蛙語部傳，田水浩浩。僧歸破屋數楹，供一木球，施以丹堊，寺初興時募使者也。李西涯記雲：寺故金護聖寺，寺七殿，殿九楹，楹以金地，彩其上。宣德中，板庵禪師重建也。師能役木球，大如鬥，輪轉行馳，登下委折，如目脛具，逢人躍躍，如首稽叩。師曰入某侯門，則入，募金若干。曰入某戚裡，則入，募金若干。宣宗召入，命為木球使者，賜金錢，遂建巨刹，曰功德寺，時臨幸焉。成化中，僧戒靜，以南都報恩寺，文皇曾瘞其副塔，疏請舟載置此寺，台省劾之，不果。然猶建一閣，重簷疊角，虛堂曲房，為累朝駐蹕地。世宗幸景陵，經過此，怒金剛猙獰，命撤毀。
光緒二十三年（1897年）繪製的功德寺彩圖
到了清末民初時，功德寺逐漸敗落。中華民國時期已經完全損毀，原址已經改為學校。建國後，在原址上成立了玉泉山中學，從此功德寺就只剩下地名和一隻石獸。2010年前後這裡改建為“海澱區學校後勤管理中心”，門牌號為海澱區青龍橋功德寺1號。
2008年，海澱區教委在原遺址上施工時，挖出了功德寺山門前的另一隻石獸，還有功德寺山門門額、山門拱券石和乾隆題詩的禦制碑等。幾年前，海澱區教委在此施工時挖出了山門門額、山門拱券石和乾隆題詩的禦制碑等。從出土的乾隆御筆門額“敕重建古刹功德寺”可知功德寺當時是重建的；從出土的石碑題詩落款可知當時乾隆來該寺拈香拜佛。如今五環路上，一座立交橋被命名為功德寺橋。
明代《帝京景物略》中記載的功德寺：
山好下影於湖，靜相好也。湖好上光于水田，曠相好也。道西堤，行湖光中，至青龍橋，湖則窮已。行左右水田，至玉泉山，山則出已。際湖山而刹者，功德寺。寺，今一搭間地也，存者門耳。瓦壟燕麥，屋脊鸛巢，聲假假，餘悲生恐，在當年昏定曉報鐘時也。門外二三古木，各三四十圍，根半肘土外。暍蔭者，坐差差，如幾，如凳，如養和，滑其上膚及骨，蟲鼠穴其下，亦滑，垤壤巒如，不知幾十國蟻。古干支日，老葉鼓風，兩側偃柏，不成蓋陰，亦助其響。傍地余水田，僧無寺，業農事。每日西睨，山東陰，肩鍤者，鍤掛畚者，仰笠者，野歌而歸。蛙語部傳，田水浩浩。僧歸破屋數楹，供一木球，施以丹堊，寺初興時募使者也。李西涯記雲：寺故金護聖寺，寺七殿，殿九楹，楹以金地，彩其上。宣德中，板庵禪師重建也。師能役木球，大如鬥，輪轉行馳，登下委折，如目脛具，逢人躍躍，如首稽叩。師曰入某侯門，則入，募金若干。曰入某戚裡，則入，募金若干。宣宗召入，命為木球使者，賜金錢，遂建巨刹，曰功德寺，時臨幸焉。成化中，僧戒靜，以南都報恩寺，文皇曾瘞其副塔，疏請舟載置此寺，台省劾之，不果。然猶建一閣，重簷疊角，虛堂曲房，為累朝駐蹕地。世宗幸景陵，經過此，怒金剛猙獰，命撤毀。