朱由檢繼位之時， 只有16歲， 面對千瘡百孔的大明， 以及那位與他只差了100歲的九千九百歲魏忠賢， 其做出了錯誤的政治判斷。
由於魏忠賢性格殘忍陰毒， 執掌朝政後， 排除異己， 甚至假傳聖旨， 謀害皇嗣， 將內操軍增加至一萬人， 自己穿甲出入宮禁， 權勢滔天， 見到魏忠賢如此作為， 年輕的崇禎從心底是害怕的， 他怕魏忠賢學曹吉祥， 試圖取而代之。
然而魏忠賢的確貪戀榮華， 但並沒有曹公公那樣遠大的報復， 如果他想謀害崇禎， 是一件非常容易的事， 宮裡大大小小的事皆被其掌控， 神不知鬼不覺幹掉崇禎並非什麼難事， 而以他的權勢， 別人沒有真憑實據， 誰又敢進行指責的？
崇禎安然無恙， 說明魏忠賢不想威脅王權， 在一定程度上， 魏忠賢與崇禎之間是互相依存的， 只是崇禎沒有意識到這個問題。
為什麼這麼說？由於明朝制度， 文官集團的力量比較強大， 如果是朱元璋以及朱棣這樣的帝王在位， 是完全可以壓制的， 然而只要皇帝能力不足， 就會出現文官集團壓制皇帝的事情， 很不幸， 明朝朱棣以後的數代帝王能力完全不能與朱棣朱元璋相比， 甚至天才的朱厚熜都不行。
於是皇帝需要分擔壓力，
這正如嘉靖帝朱厚熜繼位， 文官集團起初甚至不許讓朱厚熜的親生父親進太廟， 在名分上要以明孝宗為皇考， 親生父親興獻王改稱“皇叔考興獻大王”， 祭祀之時對自己的親生父母要自稱“侄皇帝”， 不但如此， 文管集團宣佈， 反對者都是奸邪， 當斬， 這就是明朝著名的“大禮儀事件”， 就算一個平常人， 這都是極大的侮辱， 何況皇帝。
文官集團把持朝政威脅到了皇權， 皇帝就需要反擊， 其中的一項手段就是扶持閹黨， 在天啟年間， 閹黨最具影響力的就是魏忠賢， 只有他能對抗東林黨， 崇禎殺了魏忠賢， 在一定程度上等於對自己權力的削弱。
其實魏忠賢是要殺的， 只是崇禎選擇的時間不對， 當時大明已經搖搖欲墜了， 需要的是內部的穩定， 而魏忠賢的死恰恰打破了文官集團與閹党的平衡， 失去壓制的東林黨人， 站在了地主階級的一方， 對下層人民影響十分巨大， 甚至連賑災的錢糧都敢於攔阻， 魏忠賢那麼權勢滔天， 他都沒不敢做， 而且閹黨對於下層民眾的影響其實並不是很深。
總之，崇禎因為判斷上的失誤，殺了該殺卻不能殺的魏忠賢，大明出現權利失衡，以他自己的能力又無法駕馭群臣，致使大明無力應付內憂外患的局面，想必後來對於誅殺魏忠賢，崇禎一定是後悔的。
而且閹黨對於下層民眾的影響其實並不是很深。總之，崇禎因為判斷上的失誤，殺了該殺卻不能殺的魏忠賢，大明出現權利失衡，以他自己的能力又無法駕馭群臣，致使大明無力應付內憂外患的局面，想必後來對於誅殺魏忠賢，崇禎一定是後悔的。