曾國藩攻陷天京後， 太平天國運動宣告失敗， 至此朝廷在江南一帶的心腹大患被徹底解除， 然而在北方， 一股強大的反叛勢力正在崛起， 且有愈演愈烈之勢。 為此， 曾國藩在兩江總督府屁股還沒坐熱， 朝廷便派給他一個大活——北上剿撚。
說起撚軍， 不得不說他的“創始人”張樂行， 張樂行是安徽渦陽縣人， 家中略有薄產， 而且一向樂善好施， 結交了一大批江湖豪傑， 後來家財散盡做了鹽販子， 聚集起了一批流民， 逐漸與官府作對。 後來勢力一度擴張， 形成了一支數萬人的軍隊， 官府稱之為“撚匪”。
“撚”字在安徽淮北方言中稱為一股子或一夥。 其實， 從骨子裡來講， 張樂行所領導的撚軍和太平軍有著本質區別， 他們起初的目的並不是明確要和官府對著幹， 也稱不上是農民起義， 說白了只不過是一夥拜把子後相互幫忙的鹽販子， 只是後來做大了， 才漸漸於官府正面對抗。
太平天國時期， 撚軍在淮河流域與清軍作戰。 安慶失守後， 淮南形勢惡化， 張樂行率部返回淮北， 不久僧格林沁攻陷雉河集， 張樂行被捕殺害。 在史學界， 張樂行率領的撚軍稱為“前期撚軍”。
張樂行被殺後， 他的侄子張宗禹、賴文光、任柱等人組織起了“後期撚軍”，
可是曾國藩也很鬱悶， 朝廷前不久才下令裁撤湘軍， 如今空有抱負， 手頭上卻沒有像樣的軍隊。 況且以前與太平軍作戰大多是在江南， 以步兵水師為主， 如今要去中原地區作戰， 撚軍卻是以騎兵為主， 因此他向朝廷請調李鴻章的淮軍， 而且還得添練馬隊， 但這些都不是短時間能辦到的。
曾國藩接任後， 一改僧格林沁“爆炒式”， 改用了“溫火燉砂鍋”的剿撚方式。 撚軍打仗比太平軍要靈活得多， 張宗禹率領一路打至河南南陽， 兵鋒掃及湖北襄陽；賴文光、任柱另路闖至湖北麻城， 以麻城為中心， 取黃安， 南至黃陂、黃州， 西至孝感， 威脅武漢。
曾國藩以重點設防為主要戰術， 山東、河南的鄉紳一向比較喜歡僧格林沁那樣的風格， 認為曾國藩重點設防不足以制服撚軍。 但是曾國藩不顧輿論的反對， 強行在魯河、沙河沿岸構築堤牆，
在曾國藩的軍隊中， 有豫軍、魯軍、皖軍， 還有僧格林沁遺部以及李鴻章的淮軍。 這些軍隊是由各省巡撫籌建而成的， 地方色彩很濃厚， 能在本省作戰， 不願赴援臨省。 撚軍動作迅速， 行蹤飄忽， 一日之間往往跨越二省， 各省省軍只是駐守本省， 往往被撚軍各個擊破。
曾國藩的主力是淮軍，但是問題同樣存在，淮軍只知有李鴻章而不知有曾國藩，指揮調動處處受制。因此時間過了一年多，曾國藩剿撚不見有任何效果，朝廷急了幾次下旨催促。
曾國藩的優點就是能夠充分認識自己的不知，貴在有自知之明。他向朝廷上奏中這樣說道：“臣不善騎馬，未能身臨前敵，親自督陣。又行軍過於遲鈍，十餘年來，但知結硬寨、打呆仗、從未用一奇謀、施以方略制敵于意計之外。此臣之所短也。”並上書朝廷，由李鴻章替代自己。
正如曾國藩自己所說的那樣，他的優點在於打攻堅戰、防守戰，而不在打遊擊戰。因此朝廷意識到問題的嚴重性，趕緊讓曾國藩回任兩江總督，剿撚則由李鴻章取代。
李鴻章一改曾國藩的“重點設防”戰略，和左宗棠一起實行“就地圍圈”策略，隨著清軍包圍圈越來越小，撚軍的給養出現問題，最後東、西兩路撚軍相繼被殲，自此大功告成，而李鴻章和他的淮軍時代正式來臨。
曾國藩的主力是淮軍，但是問題同樣存在，淮軍只知有李鴻章而不知有曾國藩，指揮調動處處受制。因此時間過了一年多，曾國藩剿撚不見有任何效果，朝廷急了幾次下旨催促。
曾國藩的優點就是能夠充分認識自己的不知，貴在有自知之明。他向朝廷上奏中這樣說道：“臣不善騎馬，未能身臨前敵，親自督陣。又行軍過於遲鈍，十餘年來，但知結硬寨、打呆仗、從未用一奇謀、施以方略制敵于意計之外。此臣之所短也。”並上書朝廷，由李鴻章替代自己。
正如曾國藩自己所說的那樣，他的優點在於打攻堅戰、防守戰，而不在打遊擊戰。因此朝廷意識到問題的嚴重性，趕緊讓曾國藩回任兩江總督，剿撚則由李鴻章取代。
李鴻章一改曾國藩的“重點設防”戰略，和左宗棠一起實行“就地圍圈”策略，隨著清軍包圍圈越來越小，撚軍的給養出現問題，最後東、西兩路撚軍相繼被殲，自此大功告成，而李鴻章和他的淮軍時代正式來臨。