4月14日起， 國家出入境檢驗檢疫管理職責和隊伍統一劃入海關總署。 4月20日起， 在上海關區， 原上海出入境檢驗檢疫局21家分支機搆和直屬單位統一以海關名義對外開展工作， 一線旅檢、查驗和視窗崗位實現統一上崗、統一著海關制服、統一佩戴關銜、統一使用海關標識。
十三屆全國人大一次會議審議通過了國務院機構改革方案， 明確“將國家品質監督檢驗檢疫總局的出入境檢驗檢疫管理職責和隊伍劃入海關總署”。
國門安全管控上， 海關將在原有安全准入（出）、稅收征管風險防控基礎上， 增加衛生檢疫、動植物檢疫、商品檢驗、進出口食品安全監管等職責，
促進貿易便利化上， 海關將檢驗檢疫作業融入到全國海關通關一體化“兩中心三制度”整體框架， 優化作業流程， 減少非必要的作業環節和手續， 從而降低通關成本， 提升通關效率。
提升行政管理效能上， 按照優化協同高效的要求， 兩支隊伍融為一支隊伍， 兩套印章減為一套印章， 兩次執法並為一次執法， 全面落實“放管服”改革。
據上海海關介紹， 上海口岸旅檢監管、通關作業申報查驗放行“三個一”（“一次申報， 一次查驗， 一次放行”）、運輸工具登臨檢查、輻射探測、郵件監管、快件監管、報關報檢企業資質註冊以及對外“一個視窗”辦理等7個業務領域已完成優化整合，
在旅檢監管方面， 作業現場整合為浦東國際機場、虹橋國際機場、吳淞口國際郵輪港、國際客運中心、上海火車站5個， 作業環節從改革前的8個整合優化為5個。
在運輸工具登臨檢查方面， 監管環節從改革前的3個壓縮為2個， 海關根據不同檢查要求， 安排調度各類專業人員實施作業。
在郵件監管方面， 作業現場統一整合至國際郵件處理中心， 監管環節從改革前的17個優化整合為6個，
在快件監管方面， 作業現場整合為浦東國際機場、虹橋國際機場和郵局3個， 監管環節從改革前的9個優化整合為4個。
在報關報檢企業資質註冊以及對外“一個視窗”辦理方面， 企業在海關註冊登記或備案後， 同時取得報關報檢資質。 原來在同一行政大廳分設的報關報檢視窗合二為一， 統一對外辦理相關業務。
上海海關表示， 將抓住轉變優化職能這個關鍵點把各項改革任務落到實處， 通過整合再造作業流程， 優化職能實現方式， 推動實現通關效率更高、通關成本更低、營商環境更好、監管更嚴密、服務更優化。