改革後， 在旅檢監管方面， 旅客進出境原有的8個環節整合優化為衛生檢疫、申報、現場調研、查驗、處置5個環節；在通關作業方面， 實現了報關報檢的“單一視窗”、進出口貨物的“一次查驗”、提離貨物的“一次放行”。
根據《深化黨和國家機構改革方案》工作部署， 出入境檢驗檢疫管理職責和隊伍日前已劃入海關總署。
4月20日， 南京海關對外宣佈， 原江蘇出入境檢驗檢疫系統統一以南京海關名義對外開展工作， 口岸一線旅檢、查驗和視窗崗位實現了統一上崗、統一著海關制服、統一佩戴關銜。 當天， 隸屬南京海關的金陵海關承辦了報關報檢資質優化整合後的全國第一筆企業報關報檢資質備案。
21世紀經濟報導記者在劃入之後的多個“進出口”現場瞭解到， 南京海關旅檢監管、通關作業申報查驗放行“三個一”、運輸工具登臨檢查、輻射探測、郵件監管、快件監管、報關報檢企業資質註冊以及對外“一個視窗”辦理等7個業務領域完成優化整合，
“原來要分開辦理的業務現在只要辦理一次， 時間和財務都相對節約了一半， 效率也提高了一倍， ”江蘇眾誠國際物流公司副總經理顧忠寶對21世紀經濟報導記者表示， 機構改革帶來的政策紅利釋放傳遞到企業， 企業的通關成本降低了一半。
海關總署署長倪嶽峰4月16日在海關機構改革動員部署電視電話會議上指出， 要緊緊抓住轉變優化職能這個關鍵， 要在改職責上出硬招， 不光是改頭換面， 還要脫胎換骨， 儘早讓改革的成果惠及廣大企業和人民。
通關的新變化
進出口檢驗檢疫劃入海關後，
對海關而言， 根據倪嶽峰的講話， 則實現了“一減一增”。 所謂“一減”， 是指在通關環節上做減法， 優化營商環境， 為擴大開放作貢獻；所謂“一增”， 則指的是在監管效能上做加法， 重拳打擊洋垃圾、走私等違法犯罪活動， 確保國門安全。
在國門安全管控方面， 海關將在原有安全准入現場看到， 海關與檢驗檢疫的原旅客通道已進行了合併， 對外統一使用海關標識， 設置統一的政策宣傳設施， 監管檢查有限公司（外商獨資）申請報關報檢資質材料， 企業通過一次申請， 同時獲得了報關報檢資質， 成為企業報關報檢資質優化整合後全國第一家通過海關審核、辦理報關報檢資質備案的企業。
簡言之， 企業在海關註冊登記或備案後， 將同時取得報關、報檢的兩個資質。 這意味著， 以前分屬關檢兩個單位辦理的註冊登記或備案手續成為歷史。
“海關做了一個網站， 我們按照要求在網上填報資料， 然後就過來領取資質了。 ”成進電子科技工作人員朱燕楠告訴21世紀經濟報導記者， 一次就行， 不像以前那樣在不同的部門之間跑好幾次。
根據《海關總署關於企業報關報檢資質合併有關事項的公告》， 此次改革合併的範圍主要是對檢驗檢疫自理報檢企業備案與海關進出口貨物收發貨人備案合併為海關進出口貨物收發貨人備案， 檢驗檢疫代理報檢企業備案與海關報關企業註冊登記或者報關企業分支機搆備案合併為海關報關企業註冊登記和報關企業分支機搆備案。
此外， 原有分開取得的資質繼續有效。 對辦理了報關或者報檢註冊登記或者備案的企業， 則從2018年6月1日起， 可以通過“單一視窗”補錄相關資訊、資料， 補錄資訊後將同時獲得報關、報檢資質。
中國郵政速遞物流南京市分公司國際部經理姜華認為， 監管流程的優化整合， 使得郵政企業無論是在時間成本還是人力成本上都得到了節約。東航江蘇公司地面服務部旅客二分部高級經理張月則表示，改革後，飛機出境時只需要統一向海關辦理申報手續，節省了一半的申報時間和人力。
21世紀經濟報導 王海平 南京報導
使得郵政企業無論是在時間成本還是人力成本上都得到了節約。東航江蘇公司地面服務部旅客二分部高級經理張月則表示，改革後，飛機出境時只需要統一向海關辦理申報手續，節省了一半的申報時間和人力。
21世紀經濟報導 王海平 南京報導