漱口能清除食物殘渣和部分軟垢， 去掉容易被清除的汙物、異味。 使用含有藥物成分的漱口水漱口， 能抑制細菌生長， 減少口腔致病菌。 因此， 經常漱口， 特別是飯後漱口， 在清潔口腔、保持口氣清新的同時， 還能預防齲齒、牙眼炎等的發生。 雖然漱口水有很多好處， 在使用時要注意以下問題。
◎漱口不能代替刷牙刷牙能去除牙菌斑、軟垢和食物殘渣， 保持口腔衛生， 維護牙齒和牙周組織健康。 而飯後漱口雖然可以去除口腔內的食物殘渣， 保持口腔清潔， 但漱口水難以清除牙縫間食物殘渣。
大部分有防齲作用的漱口水都含有氟化物。 6 歲以下兒童由於牙齒還處在發育期， 氟會損害此時期兒童的牙齒表面釉質， 造成釉質礦化不全， 最終導致氟斑牙， 使整個牙齒發黃。
此外， 6 歲以下兒童吞咽功能發育尚不健全， 有咽下較多含氟漱口水的可能，
藥物性漱口水有輔助治療作用， 一般用在牙齦炎和牙周手術後， 不能作為日常口腔護理藥品長期使用。 當口腔疾病痊癒後， 就應停止使用， 以免引起口腔內正常菌群失調和產生抗藥性。