萬曆三十年， 即西元1602年， 李贄死於獄中， 時年七十六歲。
其時他已生無可戀， 以自刎方式結束生命， 卻並不爽利，
一日， 呼侍者薙發。 侍者去， 遂持刀自割其喉， 氣不絕者兩日。 侍者問：“和尚痛否？”以指書其手曰：“不痛。 ”又問曰：“和尚何自割？”書曰：“七十老翁何所求！”遂絕。 （明•袁中道《李溫陵傳》）
李贄的入獄， 緣起於禮部給事中張問達阿附首輔沈一貫而上疏劾奏。 在奏疏上， 張問達攻訐李贄的， 主要是兩點：一是蠱惑人心——“近又刻《藏書》《焚書》《卓吾大德》等書， 流行海內， 惑亂人心”；一是宣揚淫亂——“尤可恨者， 寄居麻城， 肆行不簡， 與無良輩遊庵院， 挾妓女， 白晝同欲。 勾引士人妻女入庵講法， 至有攜衾枕而宿者， 一境如狂”。 他同時給出了解決之道：“仍檄行兩畿及各布政司將贄刊行諸書， 並搜簡其家未刻者， 盡行燒毀， 毋令貽禍後生， 世道幸甚。 ”萬曆皇帝朱翊鈞准其所奏，
張問達對李贄的攻訐， 當然是污蔑之辭。 李贄的朋友馬經綸為其辨明得清楚：“評史與論學不同， 《藏書》品論人物， 不過一史斷耳， 即有偏僻， 何妨折衷？”“平生未嘗自立一門戶， 自設一藩籬， 自開一宗派， 自創一科條， 亦未嘗抗顏登壇， 收一人為門弟子”；而且其為人正直， “宦游二十餘年， 一介不取， 清標苦節”。 說到底， 李贄不過是“其後一著書學究， 其前一廉二千石也”。
然則一曰“惑世誣民”， 一曰“惑亂人心”， 朱翊鈞和張問達君臣為什麼必欲將李贄嚴拿治罪， 並將其著作“盡搜燒毀”而後快？無他，
是的， 李贄犯的是“思想罪”， 他是一個思想犯。
李贄的“思想罪”， 《四庫全書總目•別史類存目》的判詞如下：“贄書皆狂悖乖謬， 非聖無法， 惟此書（指《藏書》）抨擊孔子， 另立褒貶， 凡千古相傳之善惡， 無不顛倒易位， 尤以罪不容誅者。 其書可毀， 其名亦不足以汙簡牘， 特以贄大言欺世， 至今鄉曲陋儒， 震其虛名， 如置之不論恐貽害人心， 故特存其目， 以深曝其罪。 ”
“狂悖乖謬， 非聖無法”， 即是說， 相對於正統的思想， 他是一個“異端”。 這結論是準確的。 實際上， 李贄本人亦以異端自居——其性褊急， 其色矜高， 其詞鄙俗， 其心狂癡， 其行率易， 其交寡而面見親熱。 其與人也，
這樣一個“非聖無法”之人， 不入傳統作史者法眼是合乎邏輯和情理的， 李贄在《明史》無傳。 他的名字， 出現在別人的傳記中。 在耿定向的傳記末尾， 簡短地提到了兩人的交往以及李贄其人其事——“嘗招晉江李贄于黃安， 後漸惡之， 贄亦屢短定向。 士大夫好禪者往往從贄遊。 贄小有才， 機辨， 定向不能勝也。 贄為姚安知府， 一旦自去其發，
可是， 這個不受正統思想待見的李贄， 在民間卻大受歡迎， “高明士夫， 翕然從之”， “少年高曠豪舉之士， 多樂慕之”。 用當下的話說， 李贄是輿論場上意見領袖， 是不折不扣的大V， 粉絲無數， 恰如張問達所言， 其人追隨者眾， “一境如狂”， 其書“流行海內”。 即便死後著作被官方列為禁書， “其書行于人間自若也”。
受人追捧如斯， 不是沒有理由的。 即便以今人的眼光視之， 李贄的學說和思想亦確乎有些異彩， 更何況在他的那個時代。
他打破思想的桎梏和囚籠， 提出不能以“孔子之是非為是非”：
“夫天生一人， 自有一人之用， 不待取給於孔子而後足也。 若必待取足於孔子，則千古以前無孔子，終不得為人乎？”（《焚書•答耿中丞》）又對所謂的儒家經典大加嘲諷：“夫六經、《語》、《孟》，非其史官過為褒崇之詞，則其臣子極為讚美之語，又不然，則其迂闊門徒、懵懂弟子，記憶師說，有頭無尾，得後遺前，隨其所見，筆之於書。後學不察，便謂出自聖人之口也，決定目之為經矣，孰知其大半非聖人之言乎？縱出自聖人，要亦有為而發，不過因病發藥，隨時處方，以救此一等懵懂弟子，迂闊門徒雲耳。醫藥假病，方難定執，是豈可遽以為萬世之至論乎？”（《焚書•童心說》）
他痛斥道貌岸然的道學家，心口不一，“口談道德而心存高官，志在巨富”：
今之所謂聖人者，其與今之所謂山人者一也，特有幸不幸之異耳。幸而能詩，則自稱曰山人；不幸而不能詩，則辭卻山人而以聖人名。幸而能講良知，則自稱曰聖人；不幸而不能講良知，則謝卻聖人而以山人稱。輾轉反覆，以欺世獲利，名為山人而心同商賈，口談道德而志在穿窬。……且商賈亦何可鄙之有？挾數萬之貲，經風濤之險，受辱于關吏，忍詬于市易，辛勤萬狀，所挾者重，所得者未。然必交結于卿大夫之門，然後可以收其利而遠其害，安能傲然而坐于公卿大夫之上哉！今山人者，名之為商賈，則其實不持一文：稱之為山人，則非公卿之門不履，故可賤耳。（《焚書•又與焦弱侯》）
他肯定人之私欲，認為人們追求物質、權力、社會地位和名譽等各種利益實出自然：
夫私者，人之心也。人必有私，而後其心乃見；若無私，則無心矣。如服田者，私其秋之獲，而後治田必力。居家者，私積倉之獲，而後治家必力。為學者，私進取之獲，而後舉業之治也必力。故官人而不私以祿，則雖召之必不來矣；苟無高爵，則雖勸之必不至矣。雖有孔子之聖，苟無寇司之任、相事之攝，必不能一日安身于魯也，決矣。此自然之理，必至之符，非可以架空而臆說也。然則為無私之談者，皆畫餅之談，觀場之見，但令隔壁好聽，不管腳跟虛實，無益於事，只亂聰耳，不足采也。（《藏書•德業儒臣後論》）
李贄最為前賢不及之處，是其為女性發聲，對男女予以平等地看待：
故謂人有男女則可，謂見有男女豈可乎?謂見有長短則可，謂男子之見盡長，女人之見盡短，又豈可乎？設使女人其身而男子其見，樂聞正論而知俗語之不足聽，樂學出世而知浮世之不足戀，則恐當世男子視之，皆當羞愧流汗，不敢出聲矣。此蓋孔聖人所以周流天下，庶幾一遇而不可得者，今反視之為短見之人，不亦冤乎！冤不冤，與此人何與，但恐傍觀者醜耳。（《焚書•答以女人學道為見短書》）
於今觀之，這些思想不過是常識，平平耳，在四百年前掀起驚濤駭浪，想來也是時代的關係。然而，這樣的思想，其時唯獨李贄一人心中所有麼？殊不儘然。君不見，李贄開壇講學，從者如雲；他的書籍，流行海內。此情此景，細心想來，足以證明此類的思想，“於我心有戚戚焉”者大有人在，李贄無非是道出了他們的心思而已。然則何以舉世之間，唯獨李贄突圍而出？一則關於李贄講學教書的故事，可以看出一二。
話說李贄在龍湖芝佛寺著述、講學期間，講學教書與眾不同。別的先生只收男生，他男女學生收在一起教；別人要求學生走路要輕，說話莫大聲。而李贄偏要他們走起路來蹦蹦跳跳，大聲讀書震天吼；別人教書專講“四書”、“五經”，李贄則專教實用的東西。教書的形式也是生活活潑，經常在課堂上出謎語。有一次，李贄出了一個謎語：
“皇帝老子去偷牛，滿朝文武做小偷；
公公拉著媳婦手，孩子打破老子頭。”
學生們猜來猜去猜不出來。後來李贄給出了謎底：“第一句‘皇帝老子去偷牛’是君不君；第二句‘滿朝文武做小偷’是臣不臣；第三句‘公公拉著媳婦手’是父不父；第四句‘孩子打破老子頭’是子不子。”
為什麼學生們找不到答案？是這個謎語太難了麼？李贄並不這麼認為，他說：“你們不是猜不著，是還沒有長這個膽量。要幹大事，就得敢破舊規矩，敢想，敢說，還要敢幹。”
久住籠中之鳥，即便鳥籠打開了，亦不敢振翅飛走；久困思想囚籠之人，漸漸地就會自我設限，不敢越雷池半步。是的，不是猜不到，而是根本不想猜，不敢猜！
真乃一針見血之論也。
2018/4/30
若必待取足於孔子，則千古以前無孔子，終不得為人乎？”（《焚書•答耿中丞》）又對所謂的儒家經典大加嘲諷：“夫六經、《語》、《孟》，非其史官過為褒崇之詞，則其臣子極為讚美之語，又不然，則其迂闊門徒、懵懂弟子，記憶師說，有頭無尾，得後遺前，隨其所見，筆之於書。後學不察，便謂出自聖人之口也，決定目之為經矣，孰知其大半非聖人之言乎？縱出自聖人，要亦有為而發，不過因病發藥，隨時處方，以救此一等懵懂弟子，迂闊門徒雲耳。醫藥假病，方難定執，是豈可遽以為萬世之至論乎？”（《焚書•童心說》）他痛斥道貌岸然的道學家，心口不一，“口談道德而心存高官，志在巨富”：
今之所謂聖人者，其與今之所謂山人者一也，特有幸不幸之異耳。幸而能詩，則自稱曰山人；不幸而不能詩，則辭卻山人而以聖人名。幸而能講良知，則自稱曰聖人；不幸而不能講良知，則謝卻聖人而以山人稱。輾轉反覆，以欺世獲利，名為山人而心同商賈，口談道德而志在穿窬。……且商賈亦何可鄙之有？挾數萬之貲，經風濤之險，受辱于關吏，忍詬于市易，辛勤萬狀，所挾者重，所得者未。然必交結于卿大夫之門，然後可以收其利而遠其害，安能傲然而坐于公卿大夫之上哉！今山人者，名之為商賈，則其實不持一文：稱之為山人，則非公卿之門不履，故可賤耳。（《焚書•又與焦弱侯》）
他肯定人之私欲，認為人們追求物質、權力、社會地位和名譽等各種利益實出自然：
夫私者，人之心也。人必有私，而後其心乃見；若無私，則無心矣。如服田者，私其秋之獲，而後治田必力。居家者，私積倉之獲，而後治家必力。為學者，私進取之獲，而後舉業之治也必力。故官人而不私以祿，則雖召之必不來矣；苟無高爵，則雖勸之必不至矣。雖有孔子之聖，苟無寇司之任、相事之攝，必不能一日安身于魯也，決矣。此自然之理，必至之符，非可以架空而臆說也。然則為無私之談者，皆畫餅之談，觀場之見，但令隔壁好聽，不管腳跟虛實，無益於事，只亂聰耳，不足采也。（《藏書•德業儒臣後論》）
李贄最為前賢不及之處，是其為女性發聲，對男女予以平等地看待：
故謂人有男女則可，謂見有男女豈可乎?謂見有長短則可，謂男子之見盡長，女人之見盡短，又豈可乎？設使女人其身而男子其見，樂聞正論而知俗語之不足聽，樂學出世而知浮世之不足戀，則恐當世男子視之，皆當羞愧流汗，不敢出聲矣。此蓋孔聖人所以周流天下，庶幾一遇而不可得者，今反視之為短見之人，不亦冤乎！冤不冤，與此人何與，但恐傍觀者醜耳。（《焚書•答以女人學道為見短書》）
於今觀之，這些思想不過是常識，平平耳，在四百年前掀起驚濤駭浪，想來也是時代的關係。然而，這樣的思想，其時唯獨李贄一人心中所有麼？殊不儘然。君不見，李贄開壇講學，從者如雲；他的書籍，流行海內。此情此景，細心想來，足以證明此類的思想，“於我心有戚戚焉”者大有人在，李贄無非是道出了他們的心思而已。然則何以舉世之間，唯獨李贄突圍而出？一則關於李贄講學教書的故事，可以看出一二。
話說李贄在龍湖芝佛寺著述、講學期間，講學教書與眾不同。別的先生只收男生，他男女學生收在一起教；別人要求學生走路要輕，說話莫大聲。而李贄偏要他們走起路來蹦蹦跳跳，大聲讀書震天吼；別人教書專講“四書”、“五經”，李贄則專教實用的東西。教書的形式也是生活活潑，經常在課堂上出謎語。有一次，李贄出了一個謎語：
“皇帝老子去偷牛，滿朝文武做小偷；
公公拉著媳婦手，孩子打破老子頭。”
學生們猜來猜去猜不出來。後來李贄給出了謎底：“第一句‘皇帝老子去偷牛’是君不君；第二句‘滿朝文武做小偷’是臣不臣；第三句‘公公拉著媳婦手’是父不父；第四句‘孩子打破老子頭’是子不子。”
為什麼學生們找不到答案？是這個謎語太難了麼？李贄並不這麼認為，他說：“你們不是猜不著，是還沒有長這個膽量。要幹大事，就得敢破舊規矩，敢想，敢說，還要敢幹。”
久住籠中之鳥，即便鳥籠打開了，亦不敢振翅飛走；久困思想囚籠之人，漸漸地就會自我設限，不敢越雷池半步。是的，不是猜不到，而是根本不想猜，不敢猜！
真乃一針見血之論也。
2018/4/30