就在明朝復興形勢一片大好之際， 南明朝廷的內訌又開始了。 鄭彩想架空朱以海， 進而取得實際大權。 順治五年(1648年)， 鄭彩無緣無故擊殺大學士熊汝霖， 義興侯鄭遵謙十分不滿， 鄭彩又命人逼迫鄭遵謙投海而死。 朱以海得知後大怒， 指責鄭彩說：“殺忠臣以斷股肱， 我活著還有什麼用?”說罷就要跳河， 左右侍臣和鄭彩趕忙勸阻， 最終殺了鄭彩手下十餘人了事。
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接著， 不甘心成為傀儡的朱以海任命兵部尚書錢肅樂接任大學士， 負責朝政票擬， 不料， 鄭彩多次欺壓錢肅樂， 導致錢肅樂嘔血而亡。 清朝派精銳滿洲軍南下福建， 配合浙閩總督陳錦轄下的漢軍反攻。 此時， 鄭彩的排斥異己使魯監國軍隊戰鬥力大減， 在泉州和漳州一帶活動的鄭成功也以尊奉死去的朱聿鍵為名， 拒絕接受朱以海號令。 這種情況下， 先前攻取的福建建甯、福安、羅源、寧德、政安和浙江景甯、慶元、雲和、松陽等州縣又被清軍奪去。
順治六年(1649年)正月， 朱以海只好移駐福建和浙江兩省交界的沙埕， 幾個月後， 張名振攻取健跳所， 將朱以海迎到健跳所居住。 這段時間， 權臣鄭彩同鄭成功發生火拼， 被鄭成功擊敗， 不得已上表求救， 朱以海對他斷送大明中興的大好機會極為痛恨， 乘機收編鄭彩餘部。
立足舟山“隆中對”中的第一步收復福建未能成功， 張名振修改了計畫， 他建議朱以海收取被黃斌卿割據的舟山群島， 再連結日本、朝鮮等國， 漸圖恢復。 此刻， 朱以海駐蹕於健跳所， 健跳所只是浙江臨海縣一個瀕海的小地方， 難以立足， 朱以海和他的大臣們實際上經常住在船上， 以防清軍來襲。 順治六年(1649年)九月， 張名振派兵襲殺黃斌卿， 管了黃斌卿軍。 朱以海到達舟山後， 下令禮葬黃斌卿， 恩養他的家屬， 對黃斌卿舊部加以安撫， 並且給予賞賜。 舟山群島局勢得到穩定， 朱以海奮戰數年， 終於有了一個復興基地。
在舟山站穩腳跟後， 朱以海重新整頓朝綱，
寓居金門順治八年(1651年)八月， 清朝總督陳錦等率兵攻舟山。 九月初二城陷， 朱以海又在張名振、張煌言陪同下， 赴廈門依靠鄭成功。 鄭成功原為隆武政權的堅決支持者， 不滿朱以海大敵當前還與隆武帝自相殘殺， 削弱了抗清的力量， 但念朱以海是明朝宗室， 還是以禮相待， 安排他居住于金門。 順治九年(1652年)， 由於鄭成功與朱以海之間有所衝突， 朱以海便自去監國稱號， 由舊臣王忠孝、沈佺期等人照顧;之間朱以海一度移居南澳， 不久又回金門。 順治十八年(1661年)， 朱由榔在雲南遇害後， 張煌言一度上書朱以海， 要求朱以海“爭取閩海勳鎮， 速正大號， 以求正統”， 但是由於鄭成功與鄭經的不支持而未成。 鄭成功死後， 朱以海一度無人供奉。 康熙元年(1662年)十一月十三日，朱以海在金門被活活餓死，結束了他坎坷的一生。康熙六十年(1721年)，臺灣人朱一貴托稱為朱以海裔孫，起兵反清，建元永和，追封魯王諡號侍天制道恭和襄定獻文敬武明德肅仁成皇帝，廟號義宗。
康熙元年(1662年)十一月十三日，朱以海在金門被活活餓死，結束了他坎坷的一生。康熙六十年(1721年)，臺灣人朱一貴托稱為朱以海裔孫，起兵反清，建元永和，追封魯王諡號侍天制道恭和襄定獻文敬武明德肅仁成皇帝，廟號義宗。