神武十五歲立為太子， 並娶吾平津媛為妻。 45歲時與諸皇兄、子商討東征之事， （甲寅年）十月即橫渡瀨戶內海， 意圖征服東土。 歷經半年的旅程， 途中經築紫、安藝、吉備等地， 終於在河內國登岸。
這時大和國的土豪長髓彥因恐懼皇子入侵， 遂于孔舍衛阪率兵迎戰。 激烈的戰事中， 神武天皇領悟到身為太陽神之後裔， 不應朝向東邊（太陽自東方昇起）征討， 於是向後撤軍， 改經紀伊繞道進軍。 途中五瀨命因前次戰役中箭受傷， 不久傷重身亡。 之後在海上遇到暴風雨， 他的兄長稻飯命和禦毛沼命以身殉海以求平安，
最後在熊野的荒阪津登陸， 卻因誤殺鄰近居民而遭神懲罰， 全軍中毒而不得前進， 幸賴武甕雷神賜韴靈劍始能行軍。 之後又在前往中洲的山中迷路， 此時有八咫烏指引， 方抵達目的地。
建立大和民族
再度進軍大和的路途上， 磐餘彥依靠椎根津彥等重臣之力， 先後收了大伴氏之祖日臣命等人為臣， 並擊破吉野首部之祖井光、八十梟帥、縣主之祖兄磯城等勢力。 終於， 在撤兵半年後， 再度遭遇到長隨彥。 交戰之初， 磐余彥尊連戰卻無法取勝， 可戰到一半突然天色大變，
但和饒速日命見面之後， 透過信物的交換， 兩人皆彼此認定對方為天神之孫， 但饒速日命怪長隨彥之兇殘不改， 將其殺死， 並追隨磐餘彥。 至此， 磐餘彥正式定居於大和。 可此時大和四周仍由稱為土蜘蛛的土著勢力把持。 經過六年的東征西討， 方平定各方勢力， 始建立起大和朝廷。
辛酉年正月， 磐餘彥尊即位于橿原宮， 並因原妻吾平津媛留在日尚， 又娶三輪大物主神之女媛蹈韝五十鈴媛命納為妻， 隔年對追隨者一一論功行賞。 即位第三十一年巡幸天下， 第四十二年立皇太子， 在位七十六年後駕崩， 隔年秋天葬於畝傍山東北陵