清明時節， 即墨城風雲突變， 醞釀著一場暴風雨。
李延雲、李延存等即墨市李家營的村民趁著還未下雨， 來到位於村角落的李毓昌墓前祭奠， 獻上幾個花圈、燒幾張紙、撒幾杯酒， 以紀念他們祖上最引以為豪的清廉官員李毓昌逝世209年。
族譜已經泛黃， 李毓昌族上第二十世後人李順翻起來， 小心翼翼。 他介紹說：“李毓昌， 字皋言， 號榮軒， 是我們族上的第十三世。 族譜上記載了關於他的故事：‘乾隆甲寅舉人， 嘉慶戊辰科進士， 以知縣即用分發江蘇奉委山陽縣查賑遇害， 殉。 ’不過， 更多的細節， 我還是看了肖老的小說。 ”
李順口中的肖老， 是已經80歲的即墨老作家肖冰。 上個世紀80年代， 肖冰曾經查閱《清史稿》、《伸雪奇冤錄》等資料， 創作了小說《查賑大員之死》。 再次談起李毓昌的故事， 已經80歲的肖冰用了當年嘉慶皇帝《憫中詩》的一句來概括：“毒甚王伸漢， 哀哉李毓昌！”
1.善緣庵內的“離奇”自殺案
嘉慶十三年（西元1808年）農曆十一月初七的清晨， 北風呼嘯， 寒氣逼人， 雪後的山陽城還沒有放晴， 城中的寺廟善緣庵卻已經不再平靜。
僕人李祥端著一盆熱氣騰騰的洗臉水走到李毓昌的房門前， 連叫幾聲“老爺”， 不見回應， 便直接推開了門。 但是他卻被屋內的情景驚呆——只見李毓昌面西背東， 兩腳站在床上， 用藍綢腰帶吊在房頂的兩根梁木上。
李祥嚇得扔掉木盆， 並大叫一聲：“不好了， 我家老爺上吊了！”聞聲趕來的馬連升、顧祥同樣吃驚不已， 也跟著李祥一起在院前院後大聲地哭喊：“不好了， 我家老爺上吊了！”
哭喊聲之淒慘， 引來善緣庵的僧人源福和留宿的客人范雲成、馬如保等人。 眾人進入房間後， 看見吊掛在房梁上的人，
山陽知縣王伸漢知情後， 非常震驚， 覺得此事重大， 必須向淮安知府王轂稟告。 接到稟報的王轂， 隨即帶領衙役、仵作（驗屍官）等人前往善緣庵。 進入李毓昌所住的房間後， 王轂發現吊在房梁上的李毓昌已經沒有了生命跡象， 於是命人放下李毓昌的屍首， 仵作李標進行了簡單檢查後向王轂彙報說：“沒有其他的原因， 應該是生前上吊自殺而死。 ”
李毓昌剛剛才進入仕途， 怎麼會突然選擇自殺呢？
李祥、馬連升、顧祥三人回憶說：“老爺十月二十三日查至西系陳莊，
聽完僕人的陳述後， 王轂便沒有對案件再進行追究， 以“李毓昌因私放賑災票懊悔至極自縊身亡”向上級彙報。 王轂還下令讓王伸漢妥善料理後事， “一切從重辦理”。 隨後， 李祥等人為李毓昌換上壽衣， 棺殮起來， 停柩寺廟中， 等待李毓昌的親人前來迎喪。
查賑大員上吊自殺，
肖冰認為：“面對這樣一樁職官命案， 從淮安知府到兩江總督， 竟然如此草率斷案， 可見朝政是何等腐敗， 官場是何等黑暗。 ”
李毓昌死後不久， 李毓昌的叔父、已經59歲的武生李泰清剛好來到江蘇， 探望侄子。 農曆十一月十八日， 李泰清來到善緣庵， 發現侄子已經躺在棺材裡。 李泰清詢問李祥等僕人， 得到的答覆是“自縊身亡”。
麗江知府馬毓林與李毓昌同年考中進士。 他在撰寫的《記李皋言事》中， 記載了李泰清查看棺材的經過：“維時棺停暗室中， 昏不見物， 其墊棺木凳甚高， 登凳而上， 見間公面如白紙， 不忍卒視，痛哭而下。”
侄子上吊自殺，李泰清也不願相信。但是得知山陽縣知縣王伸漢、淮安知府王轂都帶人驗屍證明後，他也沒有考慮太多，便帶著李毓昌的棺材和遺物返回山東老家。臨行前，王伸漢以李毓昌江南好友的身份，送給了李泰清一百五十兩銀子作為返鄉路費。
棺材運抵家鄉即墨，李毓昌家人飽含熱淚相迎，李毓昌的妻子林若蘭幾度哭暈過去。由於當時的即墨天寒地凍，下葬並不方便，家人將棺材暫時放置在宅堂的屋裡。
2.事有蹊蹺，叔父進京告禦狀
“山陽知縣冒賑，以利陷毓昌，毓昌不敢受，恐上負天子。”
嘉慶十四年（西元1809年）二月，李毓昌的妻子林若蘭在收拾李毓昌的遺物時，偶然間發現李毓昌的皮襖馬褂中翻出了這張帶有21個字的字條。除了字條，她還發現皮襖馬褂的胸前、兩袖都有血跡，疑惑頓生：“既然夫君是上吊自殺，為何胸前、兩袖會有血跡？”
更讓林氏震驚的是，李毓昌年少時的同學荊某，突然被李毓昌附體，奔赴家中向荊某的妻子劉氏訴說了李毓昌被害死的冤屈後，便撲地而死。劉氏把這個消息告訴了李毓昌的妻子。這段傳說，在清代學者李次青撰寫的《李皋言府事略》中有詳細記載。
之後，林氏找來李泰清等家人商議後，最終決定開棺驗屍。
棺材打開後，只見李毓昌的屍身及面部全都塗滿了白石灰，手指尖、牙根、心坎、腹部、肚臍等部位都是青黑色，脖子上的勒痕卻是微紅色。李泰清懷疑李毓昌是中毒而死，於是用銀簪放到李毓昌口裡測試，發現銀簪已成青黑色，用皂角水洗了多遍都不改顏色。
曾經和李毓昌一起到江寧府報到的幕僚沈廷棟，偷偷告訴李泰清：“李毓昌原來的僕人李祥已經被山陽縣推薦到淮安通判署工作，馬連升被推薦到寶應縣署內工作，另一名僕人顧祥也風風光光地回到了原籍蘇州。”
由此，李泰清懷疑是李祥等人毒死了李毓昌，“身侄初受國恩，竭力查賑，被逆僕謀害，天理何在！”
李泰清決定上京城告禦狀。李毓昌的族侄李希皋於光緒二十年（西元1894年）將當年李泰清所有的上告材料、大臣的奏摺以及皇帝的聖旨批示等彙集成《伸雪奇冤錄》一書，完整地還原了李泰清的上告過程。
一介布衣如何能夠將實情傳達到皇帝那裡呢？這是個不小的難題。
肖冰認為以彈劾官員著稱的即墨老鄉初彭齡發揮了重要的作用：“初彭齡之前就彈劾過兵部侍郎、陝西巡撫、湖廣總督等朝廷大官。雖然史書上並未記載，但種種跡象都表明，是歸鄉省親的安徽巡撫初彭齡幫助李泰清進京告禦狀，包括後來接見李泰清的左都禦史特克慎，也是初彭齡的好友。”
五月初二，李泰清和李毓昌的堂伯李士璜經過長途跋涉，終於到達北京，兩人顧不上休息，就直奔都察院喊冤叫屈。看到狀紙後，左都禦史特克慎召見並親自受理此案。李泰清向特克慎哭訴：“侄子李毓昌被人毒害身亡，但他的父母都已經去世，沒有兄弟，也沒有子嗣，只有遺孀林氏在家苦等伸冤，作為李毓昌的親叔叔，理當為他冒死申訴。”
瞭解冤情後，特克慎也非常震驚，立即寫好奏摺面聖。嘉慶皇帝接到特克慎呈遞的李毓昌命案訴狀後，也感覺事有蹊蹺，提出四點質疑：“李毓昌剛剛上任為何會自殺，為何沒有任何的查賑報告，他的三位僕人為何被妥善安置，山陽知縣為何向死者家屬贈送百兩白銀？
五月十二日，嘉慶皇帝立即下了兩道聖旨：一、此案交給山東巡撫吉綸處理，將李毓昌屍棺提至省城，委派公正幹練大員詳加檢驗；二、著兩江總督鐵保查明山陽知縣為何人並立即解職，同時將李毓昌隨從李祥、顧祥、馬連升等人一併押解到北京，交由刑部審訊。
同時，嘉慶皇帝還在諭旨中嚴厲強調：“若不細心研究，致兇手漏網，朕斷不容汝輩無能之督撫，惟執法重懲，決不輕恕!”
吉綸領旨後，不敢怠慢，立即調集山東布政史朱錫爵、山東按察司張彤等9名省、府、州、縣要員作為監驗官，選派曆城縣、壽光縣仵作孫鶴鳴、牟瑄等為檢驗人員，並儘快派人儘快前往即墨護運李毓昌的棺材。
3.真相大白，貪官設計害忠良
六月的濟南，正值酷暑，連呼吸都變得困難。濟南南門外的校場熱鬧異常，李毓昌案的開棺驗屍就在這裡進行。校場中央，早已用蘆席搭起了一個臨時棚子，作為驗屍之用。席棚之外，則是一隊手持兵刃的衛兵。衛兵之外，則是圍觀看熱鬧的群眾。
“開棺！”隨著朱錫爵的一聲令下，開棺驗屍儀式正式開始。檢驗人員開棺之後發現，屍體由於放置時間過久，已經部分出現腐爛，是毒殺還是自縊已經無法辨認。經過眾人商議後，決定按先朝破案範例《洗冤錄》中的蒸骨之法進行蒸骨驗屍。
蒸完之後，骨頭完全變黑，進一步證實了李毓昌生前曾經中毒。不過，至於李毓昌為何中毒，還有待於進一步調查。驗屍結束後，朱錫爵將驗屍的情況如實撰文，一份送往刑部，一份呈送皇上御覽。
嘉慶皇帝看了驗屍報告後，再次震怒，立即成立專案組：軍機大臣儀親王愛新覺羅·永璿坐鎮督查該案，並由刑部、吏部、禮部、都察院一起負責查處、辦理有關涉案事宜。同時，嘉慶皇帝還下令要求兩江總督鐵保及江蘇巡撫汪日章儘快將案子調查清楚，並將涉案人犯緝拿歸案一併押解到北京候審。
即墨文史資料專家于保業認為：李毓昌案的突破口在於僕人馬連升在北京被抓。王伸漢本來推薦他去寶應縣署內工作，但是沒有被重用。心灰意冷的馬連升返回聊城老家，但是因為貧困難以度日，馬連升又跑到北京去謀生，恰好被刑部緝拿歸案。膽小的馬連升在嚴刑酷罰面前並沒有撐太久，只能向刑部招供。
隨後，李毓昌的另外兩個僕人李祥、顧祥也被順利緝拿歸案。淮安知府王轂、山陽知縣王伸漢也被鐵保立即解職，並押送回北京。由於兩撥人到北京的時間相仿，嘉慶皇帝為了避免雙方串供，特意下旨“不得令該犯等見面”。
待所有犯人帶到後，軍機大臣連同刑部一起連日審訊。雖然涉案人員在審訊開始階段一致咬定李毓昌是上吊自殺，但是在人證物證確鑿的情況下，王伸漢等人也無力反駁，最終交代了毒害李毓昌的經過。
陝西人王伸漢，以捐銀兩的方式謀得知縣一職，嘉慶十三年五月調任山陽縣。恰好遇上黃河水災，朝廷向地方發放二十萬兩賑災銀，其中山陽縣發放九萬兩。王伸漢便虛報受災人數，冒名領取了多達兩萬三千兩。
李毓昌在查賑期間，剛好發現了這個驚天秘密。王伸漢做賊心虛，希望用金錢收買李毓昌：“兄弟，我們同朝為官，何苦為難自己人，我這裡有萬兩白銀分與兄弟，希望您可以笑納。”但是這被李毓昌嚴詞拒絕：“我不是不想得到實惠，而是不忍心和垂死的饑民爭奪食糧，朝廷有處置查賑的章程法律，我們豈敢違抗。”
隨後，王伸漢的僕人包祥買通李毓昌的僕人李祥，希望他能夠勸說李毓昌通融一下。李祥回憶說：“我剛剛提及此事，就被李毓昌痛駡一頓，並表示將會把實情稟告朝廷。”
一直想跟著李毓昌撈點油水的僕人李祥就此懷恨在心，把李毓昌的原話轉達給包祥。之後，包祥將李毓昌的三個隨從李祥、顧祥、馬連升一起請來縣衙商議。包祥認為，既然無法用錢擺平李毓昌，那就只有殺人滅口，並允諾給李毓昌的三個隨從巨額銀兩作為報酬。為此，包祥還特意去買了一包砒霜，交給李祥收存。
嘉慶十三年十一月初六，正值冬至，李毓昌受邀前往山陽縣衙喝酒，王伸漢等人故意將李毓昌灌醉。回到善緣庵之後，李毓昌感到非常口渴，高呼：“李祥，李祥，快拿水來！”
屋外等候多時的李祥、馬連升、顧祥等人早已等不及，李祥馬上應聲，並把早已準備好的帶有砒霜的茶水送給李毓昌。李毓昌喝完睡下之後，突然感覺腹痛難忍，向僕人大喊求救“來人呐，疼死我了”，他一邊口吐鮮血一邊向外爬。
此時，李祥、顧祥、馬連升等人趕到房間內。他們沒有立即展開救援，李祥上前用手巾捂住李毓昌的口將其悶死，然後馬連升解下系衣服的綢帶掛在兩個房梁上，三個人再一起用力將李毓昌的屍體懸掛在房梁上，造成上吊自殺的假像。
李祥等人按照事先準備好的方案報官，王伸漢得知後，立即向知府王轂說明情況。由於擔心東窗事發，王伸漢提前和王轂交了底，並送上兩千兩白銀作為封口費。王轂到了案發現場後，命令仵作李標擦去李毓昌口邊的血跡，然後以上吊自殺草草結案，並帶走了李毓昌所有的查賑資料。
據王伸漢等人供認，鐵保派出的11名查賑大員中，只有李毓昌和章家璘沒有收受賄賂，其餘9人共受賄五千七百多兩。而這些賄賂的銀兩全部來自於賑災銀。
4.龍顏大怒，嚴懲涉案者數十人
冤案查明之後，嘉慶皇帝親自主持李毓昌案的結案工作。本就對貪官零容忍的嘉慶皇帝選擇了最嚴厲的處罰方式。
山陽知縣王伸漢因侵吞賑災銀兩、謀害查賑官員，罪大惡極，被立即斬首，家產全部抄沒充公，兩個小兒子也被罰為軍奴，待長大後發配到萬里之外的伊犁。王伸漢的僕人包祥是最初設計毒害李毓昌的罪魁，狠毒至極，“先進行刑夾一次，再行處斬”。淮安知府王轂“知情受賄、同惡相濟”，同時貪污巨額賑災銀兩，被處於絞刑。
至於李毓昌的三個僕人，最初均被判淩遲處死。但嘉慶皇帝認為，李祥是本案發生的頭號惡人，是他率先把李毓昌查出王伸漢冒名領取賑災銀並將上報的消息透露給包祥，也是他率先答應設計毒害方案，並勸服顧祥、馬連升一同下手。於是嘉慶皇帝下令，派刑部官員將李祥押送山東後，交給登州知府再押送到李毓昌的墳前，先行夾刑一次，再行處死，最後還要摘心祭奠。
此外，兩江總督鐵保因為在此案中辦案不利，被嘉慶皇帝嚴加斥責，並革職發配到新疆。嘉慶皇帝斥責說：“鐵保從前在司員及侍郎任內，一直認真辦事，尚堪錄用。自補放兩江總督以來，不能詳慎精勤，是其怠惰玩忽之意已見。辦河工則河工日見頹壞，講吏治則吏治日漸廢弛。且聽其所屬之職員，藐視法紀，逞其貪戾氣殘忍，全無忌憚。至職官肆意毒害，而彼猶夢夢，真可謂無用廢物。”
江蘇巡撫汪日章同樣沒有擺脫被革職的命運。嘉慶皇帝憤怒地說：“汪日章身為巡撫，所屬有此等巨案，全無察覺，如同聾聵，尚不至於鐵保之固執繆見，但已屬年老無能，著革職回籍。”
此外，江寧布政使楊護、按察使胡克家均因為未能查明李毓昌案被革職，留用河工效力。9名受賄的查賑官員均被杖罰後，流放到千里之外服勞役。
除了嚴懲涉案人員，嘉慶皇帝對於李毓昌等秉公執法的廉潔官員進行了褒賞。其中，追封李毓昌為知府，按照知府去世後的待遇給予撫恤；並按照四品官去世的標準，給予全葬銀二百兩；加賞李毓昌的叔父李泰清為武舉人；由於李毓昌沒有兒子，為繼承其香火，特恩准將其侄子李希佐過繼為兒子，並賞為舉人；地方府道捐資一千兩，送給了李毓昌的遺孀林若蘭，作為其養育孩子的費用以及女兒的嫁妝。
嘉慶皇帝還親賜《憫忠詩》五排三十韻，並捐資一千餘兩，令地方官員在李毓昌的墓前修禦制憫忠詩碑亭。不久之後，依照嘉慶皇帝的旨意，在即墨城西北三裡處李家營的李毓昌墓前，豎起了一座禦制詩碑亭。碑帽高三尺八寸，寬五尺。碑身高八尺，寬四尺。龍邊各寬五寸，碑座高二尺，長八尺。碑厚一尺。上面刻著嘉慶皇帝的《憫忠詩》三十韻全文，以供後人瞻仰。
然而，李毓昌的墓碑挺過了日本人的狂轟濫炸，卻沒有經受住“文革”的摧殘。肖冰回憶說：“全國的‘文革’是從反海瑞開始的，即墨的‘文革’則是從反李毓昌開始的。我那個時候也被縣裡委派去寫李毓昌的批判劇本。1965年，我曾經到訪過李毓昌墓，看到過禦制詩碑。但是兩年後，李毓昌的憫忠詩碑就被造反派用炸藥炸了，李毓昌墓也被挖平了。”
1993年5月，“紀念李毓昌反貪遇害185周年和清官與廉政研討會”在北京召開。期間，肖冰與李毓昌的六世外甥紀秩尚相遇，並談論其修復李毓昌墓之事。隨後，在“修復李毓昌墓告民眾書”的宣導下，李毓昌墓碑得到重新修繕，但因為資金不足，憫忠詩碑亭沒有重建。
肖冰說，他一直希望能在李毓昌墓附近建一座李毓昌紀念館，讓更多的後世人瞭解李毓昌。但同樣受困於資金和審批手續，肖老的願望也一直沒有實現。
不忍卒視，痛哭而下。”侄子上吊自殺，李泰清也不願相信。但是得知山陽縣知縣王伸漢、淮安知府王轂都帶人驗屍證明後，他也沒有考慮太多，便帶著李毓昌的棺材和遺物返回山東老家。臨行前，王伸漢以李毓昌江南好友的身份，送給了李泰清一百五十兩銀子作為返鄉路費。
棺材運抵家鄉即墨，李毓昌家人飽含熱淚相迎，李毓昌的妻子林若蘭幾度哭暈過去。由於當時的即墨天寒地凍，下葬並不方便，家人將棺材暫時放置在宅堂的屋裡。
2.事有蹊蹺，叔父進京告禦狀
“山陽知縣冒賑，以利陷毓昌，毓昌不敢受，恐上負天子。”
嘉慶十四年（西元1809年）二月，李毓昌的妻子林若蘭在收拾李毓昌的遺物時，偶然間發現李毓昌的皮襖馬褂中翻出了這張帶有21個字的字條。除了字條，她還發現皮襖馬褂的胸前、兩袖都有血跡，疑惑頓生：“既然夫君是上吊自殺，為何胸前、兩袖會有血跡？”
更讓林氏震驚的是，李毓昌年少時的同學荊某，突然被李毓昌附體，奔赴家中向荊某的妻子劉氏訴說了李毓昌被害死的冤屈後，便撲地而死。劉氏把這個消息告訴了李毓昌的妻子。這段傳說，在清代學者李次青撰寫的《李皋言府事略》中有詳細記載。
之後，林氏找來李泰清等家人商議後，最終決定開棺驗屍。
棺材打開後，只見李毓昌的屍身及面部全都塗滿了白石灰，手指尖、牙根、心坎、腹部、肚臍等部位都是青黑色，脖子上的勒痕卻是微紅色。李泰清懷疑李毓昌是中毒而死，於是用銀簪放到李毓昌口裡測試，發現銀簪已成青黑色，用皂角水洗了多遍都不改顏色。
曾經和李毓昌一起到江寧府報到的幕僚沈廷棟，偷偷告訴李泰清：“李毓昌原來的僕人李祥已經被山陽縣推薦到淮安通判署工作，馬連升被推薦到寶應縣署內工作，另一名僕人顧祥也風風光光地回到了原籍蘇州。”
由此，李泰清懷疑是李祥等人毒死了李毓昌，“身侄初受國恩，竭力查賑，被逆僕謀害，天理何在！”
李泰清決定上京城告禦狀。李毓昌的族侄李希皋於光緒二十年（西元1894年）將當年李泰清所有的上告材料、大臣的奏摺以及皇帝的聖旨批示等彙集成《伸雪奇冤錄》一書，完整地還原了李泰清的上告過程。
一介布衣如何能夠將實情傳達到皇帝那裡呢？這是個不小的難題。
肖冰認為以彈劾官員著稱的即墨老鄉初彭齡發揮了重要的作用：“初彭齡之前就彈劾過兵部侍郎、陝西巡撫、湖廣總督等朝廷大官。雖然史書上並未記載，但種種跡象都表明，是歸鄉省親的安徽巡撫初彭齡幫助李泰清進京告禦狀，包括後來接見李泰清的左都禦史特克慎，也是初彭齡的好友。”
五月初二，李泰清和李毓昌的堂伯李士璜經過長途跋涉，終於到達北京，兩人顧不上休息，就直奔都察院喊冤叫屈。看到狀紙後，左都禦史特克慎召見並親自受理此案。李泰清向特克慎哭訴：“侄子李毓昌被人毒害身亡，但他的父母都已經去世，沒有兄弟，也沒有子嗣，只有遺孀林氏在家苦等伸冤，作為李毓昌的親叔叔，理當為他冒死申訴。”
瞭解冤情後，特克慎也非常震驚，立即寫好奏摺面聖。嘉慶皇帝接到特克慎呈遞的李毓昌命案訴狀後，也感覺事有蹊蹺，提出四點質疑：“李毓昌剛剛上任為何會自殺，為何沒有任何的查賑報告，他的三位僕人為何被妥善安置，山陽知縣為何向死者家屬贈送百兩白銀？
五月十二日，嘉慶皇帝立即下了兩道聖旨：一、此案交給山東巡撫吉綸處理，將李毓昌屍棺提至省城，委派公正幹練大員詳加檢驗；二、著兩江總督鐵保查明山陽知縣為何人並立即解職，同時將李毓昌隨從李祥、顧祥、馬連升等人一併押解到北京，交由刑部審訊。
同時，嘉慶皇帝還在諭旨中嚴厲強調：“若不細心研究，致兇手漏網，朕斷不容汝輩無能之督撫，惟執法重懲，決不輕恕!”
吉綸領旨後，不敢怠慢，立即調集山東布政史朱錫爵、山東按察司張彤等9名省、府、州、縣要員作為監驗官，選派曆城縣、壽光縣仵作孫鶴鳴、牟瑄等為檢驗人員，並儘快派人儘快前往即墨護運李毓昌的棺材。
3.真相大白，貪官設計害忠良
六月的濟南，正值酷暑，連呼吸都變得困難。濟南南門外的校場熱鬧異常，李毓昌案的開棺驗屍就在這裡進行。校場中央，早已用蘆席搭起了一個臨時棚子，作為驗屍之用。席棚之外，則是一隊手持兵刃的衛兵。衛兵之外，則是圍觀看熱鬧的群眾。
“開棺！”隨著朱錫爵的一聲令下，開棺驗屍儀式正式開始。檢驗人員開棺之後發現，屍體由於放置時間過久，已經部分出現腐爛，是毒殺還是自縊已經無法辨認。經過眾人商議後，決定按先朝破案範例《洗冤錄》中的蒸骨之法進行蒸骨驗屍。
蒸完之後，骨頭完全變黑，進一步證實了李毓昌生前曾經中毒。不過，至於李毓昌為何中毒，還有待於進一步調查。驗屍結束後，朱錫爵將驗屍的情況如實撰文，一份送往刑部，一份呈送皇上御覽。
嘉慶皇帝看了驗屍報告後，再次震怒，立即成立專案組：軍機大臣儀親王愛新覺羅·永璿坐鎮督查該案，並由刑部、吏部、禮部、都察院一起負責查處、辦理有關涉案事宜。同時，嘉慶皇帝還下令要求兩江總督鐵保及江蘇巡撫汪日章儘快將案子調查清楚，並將涉案人犯緝拿歸案一併押解到北京候審。
即墨文史資料專家于保業認為：李毓昌案的突破口在於僕人馬連升在北京被抓。王伸漢本來推薦他去寶應縣署內工作，但是沒有被重用。心灰意冷的馬連升返回聊城老家，但是因為貧困難以度日，馬連升又跑到北京去謀生，恰好被刑部緝拿歸案。膽小的馬連升在嚴刑酷罰面前並沒有撐太久，只能向刑部招供。
隨後，李毓昌的另外兩個僕人李祥、顧祥也被順利緝拿歸案。淮安知府王轂、山陽知縣王伸漢也被鐵保立即解職，並押送回北京。由於兩撥人到北京的時間相仿，嘉慶皇帝為了避免雙方串供，特意下旨“不得令該犯等見面”。
待所有犯人帶到後，軍機大臣連同刑部一起連日審訊。雖然涉案人員在審訊開始階段一致咬定李毓昌是上吊自殺，但是在人證物證確鑿的情況下，王伸漢等人也無力反駁，最終交代了毒害李毓昌的經過。
陝西人王伸漢，以捐銀兩的方式謀得知縣一職，嘉慶十三年五月調任山陽縣。恰好遇上黃河水災，朝廷向地方發放二十萬兩賑災銀，其中山陽縣發放九萬兩。王伸漢便虛報受災人數，冒名領取了多達兩萬三千兩。
李毓昌在查賑期間，剛好發現了這個驚天秘密。王伸漢做賊心虛，希望用金錢收買李毓昌：“兄弟，我們同朝為官，何苦為難自己人，我這裡有萬兩白銀分與兄弟，希望您可以笑納。”但是這被李毓昌嚴詞拒絕：“我不是不想得到實惠，而是不忍心和垂死的饑民爭奪食糧，朝廷有處置查賑的章程法律，我們豈敢違抗。”
隨後，王伸漢的僕人包祥買通李毓昌的僕人李祥，希望他能夠勸說李毓昌通融一下。李祥回憶說：“我剛剛提及此事，就被李毓昌痛駡一頓，並表示將會把實情稟告朝廷。”
一直想跟著李毓昌撈點油水的僕人李祥就此懷恨在心，把李毓昌的原話轉達給包祥。之後，包祥將李毓昌的三個隨從李祥、顧祥、馬連升一起請來縣衙商議。包祥認為，既然無法用錢擺平李毓昌，那就只有殺人滅口，並允諾給李毓昌的三個隨從巨額銀兩作為報酬。為此，包祥還特意去買了一包砒霜，交給李祥收存。
嘉慶十三年十一月初六，正值冬至，李毓昌受邀前往山陽縣衙喝酒，王伸漢等人故意將李毓昌灌醉。回到善緣庵之後，李毓昌感到非常口渴，高呼：“李祥，李祥，快拿水來！”
屋外等候多時的李祥、馬連升、顧祥等人早已等不及，李祥馬上應聲，並把早已準備好的帶有砒霜的茶水送給李毓昌。李毓昌喝完睡下之後，突然感覺腹痛難忍，向僕人大喊求救“來人呐，疼死我了”，他一邊口吐鮮血一邊向外爬。
此時，李祥、顧祥、馬連升等人趕到房間內。他們沒有立即展開救援，李祥上前用手巾捂住李毓昌的口將其悶死，然後馬連升解下系衣服的綢帶掛在兩個房梁上，三個人再一起用力將李毓昌的屍體懸掛在房梁上，造成上吊自殺的假像。
李祥等人按照事先準備好的方案報官，王伸漢得知後，立即向知府王轂說明情況。由於擔心東窗事發，王伸漢提前和王轂交了底，並送上兩千兩白銀作為封口費。王轂到了案發現場後，命令仵作李標擦去李毓昌口邊的血跡，然後以上吊自殺草草結案，並帶走了李毓昌所有的查賑資料。
據王伸漢等人供認，鐵保派出的11名查賑大員中，只有李毓昌和章家璘沒有收受賄賂，其餘9人共受賄五千七百多兩。而這些賄賂的銀兩全部來自於賑災銀。
4.龍顏大怒，嚴懲涉案者數十人
冤案查明之後，嘉慶皇帝親自主持李毓昌案的結案工作。本就對貪官零容忍的嘉慶皇帝選擇了最嚴厲的處罰方式。
山陽知縣王伸漢因侵吞賑災銀兩、謀害查賑官員，罪大惡極，被立即斬首，家產全部抄沒充公，兩個小兒子也被罰為軍奴，待長大後發配到萬里之外的伊犁。王伸漢的僕人包祥是最初設計毒害李毓昌的罪魁，狠毒至極，“先進行刑夾一次，再行處斬”。淮安知府王轂“知情受賄、同惡相濟”，同時貪污巨額賑災銀兩，被處於絞刑。
至於李毓昌的三個僕人，最初均被判淩遲處死。但嘉慶皇帝認為，李祥是本案發生的頭號惡人，是他率先把李毓昌查出王伸漢冒名領取賑災銀並將上報的消息透露給包祥，也是他率先答應設計毒害方案，並勸服顧祥、馬連升一同下手。於是嘉慶皇帝下令，派刑部官員將李祥押送山東後，交給登州知府再押送到李毓昌的墳前，先行夾刑一次，再行處死，最後還要摘心祭奠。
此外，兩江總督鐵保因為在此案中辦案不利，被嘉慶皇帝嚴加斥責，並革職發配到新疆。嘉慶皇帝斥責說：“鐵保從前在司員及侍郎任內，一直認真辦事，尚堪錄用。自補放兩江總督以來，不能詳慎精勤，是其怠惰玩忽之意已見。辦河工則河工日見頹壞，講吏治則吏治日漸廢弛。且聽其所屬之職員，藐視法紀，逞其貪戾氣殘忍，全無忌憚。至職官肆意毒害，而彼猶夢夢，真可謂無用廢物。”
江蘇巡撫汪日章同樣沒有擺脫被革職的命運。嘉慶皇帝憤怒地說：“汪日章身為巡撫，所屬有此等巨案，全無察覺，如同聾聵，尚不至於鐵保之固執繆見，但已屬年老無能，著革職回籍。”
此外，江寧布政使楊護、按察使胡克家均因為未能查明李毓昌案被革職，留用河工效力。9名受賄的查賑官員均被杖罰後，流放到千里之外服勞役。
除了嚴懲涉案人員，嘉慶皇帝對於李毓昌等秉公執法的廉潔官員進行了褒賞。其中，追封李毓昌為知府，按照知府去世後的待遇給予撫恤；並按照四品官去世的標準，給予全葬銀二百兩；加賞李毓昌的叔父李泰清為武舉人；由於李毓昌沒有兒子，為繼承其香火，特恩准將其侄子李希佐過繼為兒子，並賞為舉人；地方府道捐資一千兩，送給了李毓昌的遺孀林若蘭，作為其養育孩子的費用以及女兒的嫁妝。
嘉慶皇帝還親賜《憫忠詩》五排三十韻，並捐資一千餘兩，令地方官員在李毓昌的墓前修禦制憫忠詩碑亭。不久之後，依照嘉慶皇帝的旨意，在即墨城西北三裡處李家營的李毓昌墓前，豎起了一座禦制詩碑亭。碑帽高三尺八寸，寬五尺。碑身高八尺，寬四尺。龍邊各寬五寸，碑座高二尺，長八尺。碑厚一尺。上面刻著嘉慶皇帝的《憫忠詩》三十韻全文，以供後人瞻仰。
然而，李毓昌的墓碑挺過了日本人的狂轟濫炸，卻沒有經受住“文革”的摧殘。肖冰回憶說：“全國的‘文革’是從反海瑞開始的，即墨的‘文革’則是從反李毓昌開始的。我那個時候也被縣裡委派去寫李毓昌的批判劇本。1965年，我曾經到訪過李毓昌墓，看到過禦制詩碑。但是兩年後，李毓昌的憫忠詩碑就被造反派用炸藥炸了，李毓昌墓也被挖平了。”
1993年5月，“紀念李毓昌反貪遇害185周年和清官與廉政研討會”在北京召開。期間，肖冰與李毓昌的六世外甥紀秩尚相遇，並談論其修復李毓昌墓之事。隨後，在“修復李毓昌墓告民眾書”的宣導下，李毓昌墓碑得到重新修繕，但因為資金不足，憫忠詩碑亭沒有重建。
肖冰說，他一直希望能在李毓昌墓附近建一座李毓昌紀念館，讓更多的後世人瞭解李毓昌。但同樣受困於資金和審批手續，肖老的願望也一直沒有實現。