東廠的職能是“訪謀逆妖言大奸惡等， 與錦衣衛均權勢”。 一人掌理， 委以緝訪刺探的大權。 起初， 東廠只負責偵緝、抓人， 並沒有審訊犯人的權利， 抓住的嫌疑犯要交給錦衣衛北鎮撫司審理；但到了明末， 東廠也有了自己的監獄。
東廠監視政府官員、社會名流、學者等各種政治力量， 並有權將監視結果直接向皇帝彙報。 依據監視得到的情報， 對於那些地位較低的政治反對派， 不經司法審判， 東廠可以直接逮捕、審訊；而對於擔任政府高級官員或者有皇室貴族身份的反對派， 東廠在得到皇帝的授權後也能夠對其執行逮捕、審訊。
東廠入內即擺設大幅嶽飛畫像， 提醒東廠緹騎辦案毋枉毋縱。 東廠的首領稱為東廠掌印太監也稱廠公或督主， 是宦官中僅次於司禮監掌印太監的第二號人物。 通常以司禮監秉筆太監中位居第二、第三者擔任， 其官銜全稱為“欽差總督東廠官校辦事太監”， 簡稱“提督東廠”。
除此以外， 設掌班、領班、司房四十多人， 由錦衣衛撥給， 分為子丑寅卯十二顆， 顆管事戴圓帽， 著皂靴， 穿褐衫。 其餘的人靴帽相同， 但穿直身。
具體負責偵緝工作的是役長和番役， 役長相當於小隊長， 又叫“檔頭”， 共有一百多人， 也分子丑寅卯十二顆， 一律戴尖帽， 著白皮靴， 穿褐色衣服， 系小絛。 役長各統帥番役數名， 番役又叫“番子”， 又叫“幹事”， 這些人也是由錦衣衛中挑選的精幹分子組成。
東廠不僅在機構及人員配置上更加精幹合理， 而且在偵緝行動上制訂了相當嚴密的制度。 如每月初一東廠都要集中佈置當月的偵緝工作， 廠役在東廠內抽籤決定所負責的地盤。 在文獻記載中可以發現， 東廠廠役的工作種類都有特殊的名稱。 例如監視朝中各部官員會審大獄及錦衣衛拷訊罪犯者名為“聽記”， 在各處地方官府訪緝者名為“坐記”，
東廠常用的刑具有18套， 什麼夾棍、腦箍、攔馬棍、釘指等等都包括其內。 其中有一項刑罰叫做“杖刑”， 特務對於“杖刑”的執行非常有講究， 對一般的犯人行刑官只說“打著問”， 意思是不必太重；要求打重一些的，就說“好生打著問”；要求狠狠打，不論死活的就說“好生著實打著問”。一般來說，只要犯人被抓進來，18種刑具都要受過一遍。
相對于杖刑、夾棍等刑罰，廠衛不常使用的幾大酷刑可就令世人不寒而慄，在幾大酷刑中，刷洗、油煎、灌毒藥、站重枷能把人折磨得死去活來，生不如死。
刷洗：就是將犯人脫光衣服按在鐵床上，用滾燙的開水澆在犯人的身上，然後趁熱用釘滿鐵釘的鐵刷子在燙過的部位用力刷洗，刷到露出白骨，最後直到犯人死去。
油煎：類似於後來的鐵烙鐵。將一口平的鐵盤燒熱後，將人放在上面，不到片刻，將犯人燒焦。
灌毒藥：特務們灌一次毒藥，然後喂一次解毒藥，然後再灌另一種毒藥，直到將犯人毒死，目的是使犯人嘗遍了死的恐怖和痛苦，特務們從旁觀賞。
站重枷：明代的這一刑法卻很特別，戴枷之人必須站立，不准座臥。枷的重量超過常人體重，最重曾經做過300斤的大枷，給犯人戴上後幾天就得活活累死。據明朝野史記載，廠衛殺人的酷刑還有剝皮、鏟頭會、鉤腸等刑罰，據說，這些刑罰又要勝過以上所說的幾種酷刑。
意思是不必太重；要求打重一些的，就說“好生打著問”；要求狠狠打，不論死活的就說“好生著實打著問”。一般來說，只要犯人被抓進來，18種刑具都要受過一遍。相對于杖刑、夾棍等刑罰，廠衛不常使用的幾大酷刑可就令世人不寒而慄，在幾大酷刑中，刷洗、油煎、灌毒藥、站重枷能把人折磨得死去活來，生不如死。
刷洗：就是將犯人脫光衣服按在鐵床上，用滾燙的開水澆在犯人的身上，然後趁熱用釘滿鐵釘的鐵刷子在燙過的部位用力刷洗，刷到露出白骨，最後直到犯人死去。
油煎：類似於後來的鐵烙鐵。將一口平的鐵盤燒熱後，將人放在上面，不到片刻，將犯人燒焦。
灌毒藥：特務們灌一次毒藥，然後喂一次解毒藥，然後再灌另一種毒藥，直到將犯人毒死，目的是使犯人嘗遍了死的恐怖和痛苦，特務們從旁觀賞。
站重枷：明代的這一刑法卻很特別，戴枷之人必須站立，不准座臥。枷的重量超過常人體重，最重曾經做過300斤的大枷，給犯人戴上後幾天就得活活累死。據明朝野史記載，廠衛殺人的酷刑還有剝皮、鏟頭會、鉤腸等刑罰，據說，這些刑罰又要勝過以上所說的幾種酷刑。