嬰幼兒黃疸是體內膽紅素濃度增高的結果， 而膽紅素主要是紅細胞的代謝產物， 當紅細胞老化破壞時， 血紅素就會游離出來， 經代謝後產生膽紅素。 膽紅素通過血液被運送到肝臟， 經肝臟的代謝後， 由膽管排泄於腸道內。 當上述的代謝路徑發生問題， 造成血中膽紅素的堆積， 就會形成黃疸。
部分小嬰兒生後黃疸持續不退與巨細胞病毒感染有關， 有研究調查發現黃疸住院患兒中， CMV感染率高達50％左右， 而同年齡階段非黃疸住院患兒的CMV感染率僅為7.5％， 進一步說明， 嬰幼兒巨細胞病毒感染後多導致肝功能受累，
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