1399年8月， 燕王朱棣誓師抗命， 下諭將士， 打著“清君側”旗號起兵“靖難”， 史稱“靖難之役”。 朝廷和燕王之間開始了一場血腥的、持續三年的軍事對峙， 最終成為了歷史上藩王篡位唯一一個成功的。
燕王朱棣登位後，
將忠於建文的諸臣剝皮的剝皮，
下油鍋的下油鍋，
把他們的女眷罰到教坊司當官妓，
實行殘酷的“轉營”，
即輪流送到軍營中去，
一個女子每一日一夜要受二十餘男子的淩辱，
情況還要經常報告朱棣，
有被摧殘至死的，
朱棣就下聖諭將屍體喂狗吃了。
靖難之役
但建文帝朱允炆的下落卻成為一件懸案。 因為屍體就燒焦了， 完全無法分辨真假。 當時官方宣稱皇帝和太子死于宮中大火；否則， 燕王就不可能名正言順地稱帝了。 朱允炆的死成了一個謎。
《明史·成祖本紀》及《明史·方孝儒傳》均持此說。
一說建文帝削髮為僧。 清代名人呂安世和近人蔡東藩等則認為燕軍破城後，
此時少監王鉞告訴他：你祖父臨死時， 給你留下一個鐵箱子， 讓我在你大難臨頭時交給你。 我一直把它秘密收藏在奉先殿內。 群臣急忙把箱子抬來， 打開一看， 裡邊有三張度牒， 就是做僧人的身份證， 上面寫好了建文帝等三個人的名字。 還放著三件僧衣、一把剃頭刀、白金十錠、遺書一封， 書中寫明：“建文帝從鬼門出， 其它人從水關禦溝走， 傍晚在神樂觀西房會集。 ”
明成祖朱棣
據此， 建文帝三人剃度後， 只帶了九個人來到鬼門。 鬼門在太平門內， 是內城一扇小矮門。 僅容一人出入， 外通水道， 建文帝彎著身子出了鬼門， 其他八人隨之出了鬼門後， 就看見水道上停放著一隻小船， 船上站著一位僧人， 僧人招呼他們上船， 並向建文帝叩首稱萬歲， 建文帝問他怎麼知道我有難， 僧人答道：“我叫王升， 是神樂觀住持， 昨夜夢見你祖父朱元璋， 他本是出家之人， 叫我在此等候， 接你入觀為僧。 ”至此， 建文帝削髮為僧， 繼承了祖業。
近年徐作生也通過查閱大量文獻和實地考察後，
建文帝
還有另外一說， 建文帝自焚身亡是歷史真實， 因為當時燕軍兵臨城下， 把皇城圍的鐵桶一般， 建文帝根本就是插翅難飛，
燕王朱棣也絕不會讓建文帝活下去， 否則， 他就不能當皇帝。 朱棣為了不留下“殺侄奪位”之臭名， 故意苦心尋找建文帝下落， 留下了歷史疑案， 這可能是朱棣的用心之機。
燕王朱棣
總的來說，朱棣在即位後，下令搜尋建文帝，這是歷史事實。但他的真實用心及建文帝的真正下落，至今仍是一個未揭開的歷史之謎。各類詞書字典，也只好注明；“建文帝不知所終”。
2006年6月，有學者發現懷疑是建文帝的蹤跡。新華網引述江西省學者官濤稱，建文帝在“靖難之變”後與隨從在江西三清山隱居，並化名為“詹碧雲”的全真道人，死後葬于其興建的三清宮內。
燕王朱棣
總的來說，朱棣在即位後，下令搜尋建文帝，這是歷史事實。但他的真實用心及建文帝的真正下落，至今仍是一個未揭開的歷史之謎。各類詞書字典，也只好注明；“建文帝不知所終”。
2006年6月，有學者發現懷疑是建文帝的蹤跡。新華網引述江西省學者官濤稱，建文帝在“靖難之變”後與隨從在江西三清山隱居，並化名為“詹碧雲”的全真道人，死後葬于其興建的三清宮內。