徐福到達現在的日本後， 再也不想回去了， 就在日本定居下來。 徐福隨員的所有後裔都被賜姓秦， 算是對秦朝故土的紀念。
現如今，
在日本的不少地方，
尤其是九州，
都有徐福的遺跡。
在佐賀的金立市鄉村裡，
徐福作為一個知識和醫藥之神受到人們的膜拜，
其他還有水神和農業神崇拜。
村民們稱徐福為“金立先生”。
那裡還有一幅古壁畫，
描繪了徐福的到來和他與金立市的關係。
那是17世紀一位元藝術家的作品，
現在已成為金立寺的一件寶藏。
金立市每遇乾旱， 村民便會來到金立寺， 把徐福的畫像放進 一個便攜神龕中， 在市里遊行祈雨。 遊行時， 便攜神龕的後面總是跟著—條36米長、2噸重、用草和竹葉製成的巨龍。 整個儀式被稱為“雨乞行事”， 每隔4至5年在8月8日舉行。 這是個熱鬧的儀式， 參加者要用力擊鼓， 請求上天降雨。 1724年， 在金立市附近的千布發生一場嚴重的乾旱，
日本人相信，
當徐福到千布尋找長生不老藥時，
他在村民幫助下獲得了成功。
甚至有故事說他愛上一個千布的女孩。
日本人還相信餘福也修建了一座長城，
它是中國秦長城的縮影。
在江戶幕府時期，
還有曾修復過這座長城的記錄。
一些學者認為，
徐福修建這座長城是為了防備秦始皇為緝捕他而攻打日本。
在江戶時代，
沒有大量的勞動力，
要建成這樣一座長城真是無法想像，
這實在是一筆巨大的開支。
徐福登岸的地點， 恰恰和日本傳說中的人物神武天皇登岸的地點相吻合。 一位臺灣作者衛挺（生於1970年）寫過一本書， 名為《徐福與日本》， 聲稱日本的第一個皇帝實際上就是徐福。 他是根據日本第一個皇帝與徐福在登岸時間上的離奇巧合推斷出來的。 書裡還提到， 從生活在天照大神時代重要的日本皇族墓穴中， 人們發現枚秦朝的銅鏡和一把巨大的秦人用的戰刀；如果不是徐福的到來， 日本怎麼會有這些古代遺物呢？2000年前徐福到達日本時，
日本學者認為徐福帶來了當時中國人的知識和智慧之大成， 其中包括道教。 徐福才是日本神道教的真正創始人。
徐福和他留在日本的隨員繁衍了成千上萬的後世子孫， 只要是茶褐色眼珠的日本人，就肯定是齊部落（即徐福所屬的部落）的後裔。這些日本人中許多人都姓齋藤，漢語中的意思就是齊。孔子和老子都與齊有淵源。徐福隨員的後裔有不同的姓氏，他們中的許多人姓秦，這是秦王朝的國名。在山口郡，1300年前曾建立過一個秦王國。隋朝皇帝派遣的使節從日本回來後告訴他，山口郡的人與他們有同樣的面孔、風俗和生活方式，就像是從中國去的，他們都是徐福使節的後裔。現在至少有30％的日本人有中國血統，是徐福隨行人員的後裔。
只要是茶褐色眼珠的日本人，就肯定是齊部落（即徐福所屬的部落）的後裔。這些日本人中許多人都姓齋藤，漢語中的意思就是齊。孔子和老子都與齊有淵源。徐福隨員的後裔有不同的姓氏，他們中的許多人姓秦，這是秦王朝的國名。在山口郡，1300年前曾建立過一個秦王國。隋朝皇帝派遣的使節從日本回來後告訴他，山口郡的人與他們有同樣的面孔、風俗和生活方式，就像是從中國去的，他們都是徐福使節的後裔。現在至少有30％的日本人有中國血統，是徐福隨行人員的後裔。