鄭成功收復臺灣後， 便展開了一系列的抗清行為， 同清軍多次海上交戰。 當時的清政府見鄭成功死不歸順， 便聽從鄭成功原部下黃梧的計策，
當鄭成功聽到父親被殺， 即使再不滿父親受降清廷的決定， 但畢竟是骨肉相連， 黃梧這一計謀， 確實對鄭成功造成了極大的刺激。 後聞清兵把自己祖墳都刨了， 更是恨得咬牙切齒。 鄭成功自幼熟讀儒家書籍， 極為看中到的道德孝義， 這些卑劣手段成功對鄭成功傷造成極大的傷害和刺激!
恰時， 長子鄭經發信上報喜得一子。 本來這是件好事， 多少能緩解一下鄭成功內心的煎熬， 可沒想到， 這封信最後反而讓喜得孫子的鄭成功勃然大怒。
鄭成功征戰臺灣時， 命令鄭經監守廈門前， 還給鄭經安排了一門婚事。 物件是隆武兵部尚書唐顯悅的孫女， 雖然鄭經信上寫著男孫是侍妾所生， 但對未滿四十的鄭成功來說， 這不重要。 誰知， 沒過多久， 他又收到一封信， 是唐顯悅寄來的， 上面將鄭成功這個孫子的來歷寫得清清楚楚， 這個孩子是鄭經與五弟的乳娘私通淫亂所生，
本來喜得孫子的鄭成功聽後怒火滔天， 加上父親被清廷殺害， 當即便派人去殺鄭經， 乳母及那個孽種， 連鄭經生母董氏都不放過。 以正門風清譽。
當時他的部下鄭泰、洪旭等人接到命令後震驚萬分，
誰知鄭成功聽到他們沒殺到鄭經及董氏， 竟然再次下達殺死鄭經和董氏命令。 沒想到鄭泰等人並不想殺鄭經母子， 於是帶頭抗命。 一時間， 眾將形成公然抗命的局面。 消息傳回廈門， 頓時謠言四起， 當時臺灣正處於缺糧、缺錢的狀態， 廈門方面卻“不發一船至臺灣”。
在內憂外患中， 憤怒與憂慮將他擊倒， 心中的鬱結更使他痛苦萬分， 驟然離世。
由此可見， 鄭成功的英年早逝， 他的長子鄭經難辭其咎。
一代名將走到了生命的盡頭， 鄭成功雖然在攻下臺灣的同一年逝世， 但繼位的鄭經與其子鄭克塽一共控制和管理了臺灣21年， 奠定了臺灣在日後成為一個以漢民族文化為主的社會。