西元1661年, 清軍攻入雲南, 永曆帝流亡緬甸首都曼德勒, 被緬甸王莽達收留。 後吳三桂攻入緬甸, 莽達之弟莽白乘機發動政變, 殺死其兄後繼位。 1661年8月12日, 莽白發動咒水之難, 殺盡永曆帝侍從近衛。
莽白得到清軍進入緬境的消息後, 曾寫信給吳三桂, 到1662年1月22日, 莽白將永曆帝獻給吳三桂, 明朝皇統徹底滅亡。
吳三桂也抽空見了他一面, 但受到了永曆帝朱由榔大義凜然的譴責, 使英雄一世的吳三桂也不由得膽戰心驚, 再也不敢見了。
永曆帝和他的母親、妻子既已成了吳三桂的階下囚, 是生, 是死, 他們無法知道, 他們等待著最後的結果。 在度日如年的日子裡, 只有悲哀和眼淚伴隨著他們。 然而, 最後的命運很快就降臨到他們的面前!
吳三桂在忐忑中等來了康熙帝的回復, 其在詔書裡對吳三桂說“若勢有不可, 慎勿強, 務詳審斟酌而行”。 尚可喜曾經勸吳三桂不要殺在緬甸的南明永曆皇帝,
據與明史專家彭勇教授交談得知, 清軍中有一甲喇章京軍官,
吳三桂上書清廷, 直言如將永曆帝押送北京, 可能中途有被反清人士劫奪的危險。 經清廷批准, 就地正法。 吳三桂遂於4月14日, 將朱由榔及其眷屬25人押到昆明篦子坡執行絞刑。
其實, 永曆政權同弘光、隆武政權一樣, 腐敗不堪, 但永曆帝個人的一些品行, 頗為人所稱道。 他作風樸實, 厭惡繁華, 不飲酒, 也無聲色之好, 喜聞和談論忠義事, 奉母至孝, 待妻恩愛, 他的這些美好的品質博得了人們的讚賞。 又因為他和王皇后是一對賢伉儷, 死得如此悲慘, 頗能激起人們更多的同情, 灑下更多哀傷的淚水。 一些對新政權不滿的人, 也就從中寄託著懷念故國之情。