彌陀淨土宗在南宋時代， 經歷了一個世俗化的過程。 在浙江、江蘇分別出現了兩個教派：白雲宗和白蓮宗。 而白蓮宗就是後來的白蓮教。
白蓮教最開始的時候， 並沒有後來那麼大的勢力， 只是一個民間社團， 創教人是江蘇昆山的茅子元。
茅子元（1069-1166年）法名慈照， 號萬事休， 南宋吳郡昆山人， 19歲落髮為僧。 仰慕東晉名僧慧遠白蓮社遺風， 勸人皈依三寶， 受持五戒。 編成《白蓮晨朝懺儀》， 於南宋紹興三年在澱山湖創立白蓮懺堂。 因茅子元尊慧遠為初祖， 自視為白蓮社傳人， 故他創立的白蓮懺堂成為淨土宗的一派，
應該說， 這時的白蓮教還沒有脫離佛教民間組織的形態， 它教人也無非是吃齋念佛而已， 但是茅子元很善於融會貫通， 他抄襲了天臺宗和淨土宗的教義和懺法，
茅子元的勢力越來越大， 當然受到了當局的關注， 很快， 他就被以“吃菜事魔”的罪名發配江州。 這件事非常搞笑， 因為茅子元宣揚的是佛教， 但當局卻認為他宣揚的是摩尼教。 摩尼教由波斯人摩尼創立， 隋唐時代傳入中國， 宋代著名的方臘起義就是借摩尼教起事的。 長期以來， 摩尼教、祆教、景教、明教、魔教這些名詞就特別容易相混， 不料與世無爭的佛教也被牽扯進來。
但是這個混淆時間並不長， 南宋當局發現， 白蓮教並不反對政府，
元代的白蓮教已經成為一門獨立的宗教， 從佛教淨土宗中分化了出來， 大量出現了一種宗教會所：白蓮懺堂。 幾乎每個城鎮都有。 而且， 他們也不剃髮做和尚， 也不出家當道士， 而是被稱為“白蓮道人”。 懺堂既是宗教場所， 也是生兒育女、吃飯睡覺的地方。 在元末的農民起義中， 白蓮教和香軍、明教一起， 起了相當大的作用。
朱元璋建立明朝之後， 擔心白蓮教不受控制， 繼續在民間發展， 於是下了一個禁令， 乾脆把白蓮教禁掉：
妄稱彌勒佛、白蓮社、明尊教、白雲宗等會， 一應左道亂正之術， 或隱藏圖像， 燒香集眾……為首者絞， 從者杖一百， 流三千里。
其實朱元璋就是這種民間宗教出身， 深知民間教派對政權的影響。 然而嚴刑峻法反而使白蓮教轉入地下， 雖然沒有一個總的教主在管理， 但整個明代甚至到清代， 無數個分支都在活動， 直到爆發了以王聰兒為著名領袖的白蓮教大起義。
搞笑的是， 當時的清朝政府又犯了和宋代朝廷一樣的錯誤， 他們這回把幾乎所有的民間教派都貼上“白蓮教”的標籤， 甚至蒲松齡在《聊齋志異》裡也寫了許多“白蓮教”的故事， 其實這裡面並不都能記在白蓮教的帳上。