最好的方式是母乳餵養
母乳餵養是一個有菌餵養的過程， 乳房的乳管中含有正常的益生菌群， 通過母乳餵養可以將正常菌群傳給孩子， 讓孩子儘早建立腸道的正常菌群；同時母乳中含有雙歧因數， 雙歧因數在母乳中的低聚糖（即為益生元， 母乳中的低聚糖大約有100多種）作用下， 生成雙歧桿菌或乳酸桿菌。 雙歧桿菌不但定植在大腸中， 而且能夠迅速繁殖起來。
這些益生菌通過酵解乳糖和低聚糖其代謝產物為酸性物質， 可以起到制約致病菌的作用。 同時母乳中的低聚糖還可以與腸道致病菌競爭腸上皮粘膜細胞的受體， 並對致病菌產生的毒素起直接抑制作用。 對於不能母乳餵養的嬰兒， 最好選擇富含低聚糖的配方奶粉， 低聚糖又稱益生元， 可以起到調整腸道菌群微生態平衡的作用， 例如低聚果糖可以起到增殖雙歧桿菌的作用。
食品多樣化， 注意富含膳食纖維的食物的攝入
如含麩子比較多的麥粉、粗糧、薯類、豆類、蔬菜和菜苗、水果、魔芋、海藻等植物性食品， 這些食品富含可溶性的膳食纖維， 有助於腸道益生菌的繁殖和發展、調節腸道菌群平衡。 不要過多攝入動物性食品， 因為這些食品不含有的膳食纖維和低聚糖， 而且過多食用高蛋白的飲食可以促進腸道腐敗菌的生長， 產生一些有害物質。
正確使用抗生素
抗生素不但可以殺死致病菌， 同時也是益生菌的殺手， 尤其是廣譜抗生素。 濫用抗生素的結果就會殺死了益生菌、破壞了腸道菌群平衡， 尤其是濫用抗生素會增強細菌耐藥性， 從而衍生“超級細菌”， 使得患者無藥可用， 不可治療。
因此使用抗生素的原則是：能用窄譜的就不用廣譜的；能用低級的就不用高級的；能用一種解決問題的就不用兩種；沒有明確病原菌可以使用廣譜的， 一旦明確病原菌就要選用敏感的窄譜抗生素；輕度和中度感染不建議聯合用藥；一旦需要使用抗生素時就要用夠劑量、用夠療程，
減少不必要的醫學檢查手段
例如放射檢查和治療也會對腸道菌群平衡造成嚴重破壞。
注意個人飲食衛生， 杜絕一切可能造成致病菌侵入的環節。