大司馬桓溫， 依仗他的才能和地位， 暗中懷有背叛皇帝的心志， 曾經撫枕感慨道：“男子不能流芳百世， 亦當遺臭萬年！”術士杜炅，
桓溫本想先在河朔建立戰功， 以此為自己贏得更大的聲望， 回來後好接受加九錫（是天子賜給諸侯、大臣特殊功勳九種器用之物， 是最高禮遇的表示， 後來幾乎成了篡逆的代名詞）的禮遇， 結果在枋頭失敗， 他的威赫名聲陷於困頓， 受到挫折。
攻克壽春以後， 桓溫對參軍郗超說：“這足以雪枋頭的恥辱了吧？”郗超說：“還沒有。 ”過了許久， 郗超到桓溫的住所留宿， 半夜時分對桓溫說：“明公在這裡沒有考慮什麼嗎？”
桓溫問道：“你有話想對我說嗎？”
郗超說：“明公承擔著天下的重任， 如今以六十高齡， 卻在一次大規模的行動中失敗，
桓溫問：“那該怎麼辦呢？”
郗超說：“明公如果不幹伊尹放逐太甲、霍光廢黜昌邑王那樣的事情， 就無法建立大的威勢與權力， 鎮壓四海。 ”
（伊尹， 商朝初年名相， 商君太甲不修德政， 昏暗暴虐， 伊尹便將太甲送入商湯的墓地桐宮反省；霍光， 西漢權臣， 曾迎立漢武帝之孫昌邑王劉賀即位， 但二十七天后就以淫亂無道為由廢除了他。 ）
桓溫素來懷有此心， 對郗超說的深以為然， 於是就和他商定計議。 考慮到皇帝司馬奕平素謹慎小心， 沒有什麼過錯， 而床笫之事最容易進行誣陷， 於是就說：“皇上早就患有陽痿， 不能生育， 是他的寵臣相龍、計好、朱靈寶與後宮的美人生下了三個兒子，
隨後， 桓溫從廣陵返回姑孰， 抵達建康後， 含蓄地勸說褚太后， 請求廢黜司馬奕， 立會稽王司馬昱為帝， 同時還草擬了詔書進呈給褚太后。
太后當時正在佛堂燒香， 內侍報告說：“外邊有緊急奏章。 ”褚太后出來， 倚著門看奏章， 剛看了幾行字就說：“我本來就懷疑……”然後向內侍要來筆加上了這樣的話：“我不幸遭受了這樣的種種憂患， 想到死去的和活著的， 心如刀絞！”
桓溫將百官召集到朝堂， 廢立皇帝是歷代所沒有過的事情， 所以沒有人知道過去的典則， 百官們都震驚恐懼， 桓溫也神色緊張， 不知道該怎麼辦。
尚書左僕射王彪之知道事情不能半途而廢， 就對桓溫說：“您廢立皇帝， 應當效法前代的成規。 ”於是就命令取來《漢書霍光傳》， 於是禮節儀制很快就制定了。 王彪之身穿朝服面對朝廷， 神情沉著， 毫無懼色， 文武儀規典則， 全都由他決定， 朝廷百官因此而服了他。
然後就宣佈太后的詔令， 廢黜司馬奕為東海王， 以丞相會稽王司馬昱繼承皇位。 桓溫讓竺瑤、劉亨收取了司馬奕的印璽綬帶， 司馬奕穿著單衣走下西堂， 乘著牛車出了神虎門， 群臣們哭著拜別， 桓溫命令部下帶領數百兵士押送他回到原來的東海王府。
桓溫率領百官準備好皇帝的車乘， 到會稽王的官邸去迎接司馬昱， 司馬昱面朝東方流涕， 叩拜接受了印璽綬帶， 是為簡文帝。 桓溫的腳有毛病， 簡文帝詔令可以讓他乘車進入殿堂， 桓溫事先準備好辭章， 想陳述他廢黜司馬奕的本意， 簡文帝一見到他就流下了眼淚， 但桓溫戰戰兢兢， 始終沒能說出一句話。
簡文帝的異母兄弟， 太宰武陵王司馬晞， 喜愛習武練兵， 被桓溫所忌恨， 想廢黜他，就把此事告訴了王彪之。王彪之說：“武陵王是皇室的親族尊者，沒有明顯的罪過，不能因為猜忌隨便廢黜他。您要建立賢明的君主，應當尊崇輔佐王室，與伊尹、周公具有同樣的美德，這件大事，應該再仔細考慮！”
桓溫說：“這已經是我決定了的事情，你不要再說了。”於是上表說：“司馬晞收羅招納輕浮之士，兒子司馬綜自負殘忍，袁真的叛逆，事情與他有牽連，近來他猜疑恐懼，將會成為禍亂的緣由，請求免除司馬晞的官職，讓他以王的身份返回藩地。”簡文帝同意了，同時還免除了世子司馬綜等的職務。
當初，殷浩去世的時候，桓溫曾派人送信弔唁他，殷浩的兒子殷涓即沒有答覆，也沒有到桓溫那裡去回復，而是與武陵王司馬晞遊玩。廣州刺史庾蘊，是庾希的弟弟，一直和桓溫有隔閡。桓溫厭惡殷涓、庾蘊宗族的強大，想要滅掉他們，派他的弟弟桓秘去逼迫司馬晃到西堂叩頭自述，說司馬晞及他的兒子司馬綜、殷涓、庾倩、庾柔、劉強等人陰謀反叛。
簡文帝面對著桓溫流下了眼淚，桓溫把他們全都抓起來送交廷尉（庾倩、庾柔都是庾蘊的弟弟）。接著，桓溫又殺掉了司馬奕的三個兒子和他們的母親。
桓溫再次進上表章，請求殺掉司馬晞，言詞非常激烈誠懇，簡文帝就親手寫下詔令給桓溫說：“如果晉王朝的神靈悠長，你就不必請示，遵奉執行以前的詔令；如果晉王朝的大運已去，我就請求避讓賢人的晉升之路。”
桓溫看了以後，驚慌失色，汗流浹背，於是就改請廢黜司馬晞及他的三個兒子，將其全家流放到新安郡，又廢了新蔡王司馬晃為庶人，遷徙到衡陽。殷涓、庾倩、曹秀、劉強、庾柔全都被滿門誅殺，庾蘊服毒而死。庾蘊的哥哥庾友的兒媳婦，是桓豁的女兒，所以桓溫才特別地赦免了他。庾希聽說了這樁災難後，與弟弟庾邈及兒子庾攸之逃到了海陵的胡澤中。
桓溫在誅殺了殷氏、庾氏後，威勢顯赫至極，謝安看見桓溫，在很遠的地方就開始叩拜，桓溫吃驚地問：“謝安，你為什麼要這麼做呢？”謝安說：“沒有君主叩拜于前，臣下拱手還禮於後的。”
前秦王苻堅聽說了桓溫廢立皇帝的事情，對群臣們說：“桓溫先在灞上失敗，後來又在枋頭失敗，不能反思過錯自我貶責以向百姓謝罪，反而還廢黜君主以自我解脫，六十歲的老頭了還做如此舉動，他將如何自容於天下呢！諺語有說：‘對妻子憤怒就對父親耍臉色！’大概說的就是桓溫這樣的人吧。”
桓溫說：“這已經是我決定了的事情，你不要再說了。”於是上表說：“司馬晞收羅招納輕浮之士，兒子司馬綜自負殘忍，袁真的叛逆，事情與他有牽連，近來他猜疑恐懼，將會成為禍亂的緣由，請求免除司馬晞的官職，讓他以王的身份返回藩地。”簡文帝同意了，同時還免除了世子司馬綜等的職務。
當初，殷浩去世的時候，桓溫曾派人送信弔唁他，殷浩的兒子殷涓即沒有答覆，也沒有到桓溫那裡去回復，而是與武陵王司馬晞遊玩。廣州刺史庾蘊，是庾希的弟弟，一直和桓溫有隔閡。桓溫厭惡殷涓、庾蘊宗族的強大，想要滅掉他們，派他的弟弟桓秘去逼迫司馬晃到西堂叩頭自述，說司馬晞及他的兒子司馬綜、殷涓、庾倩、庾柔、劉強等人陰謀反叛。
簡文帝面對著桓溫流下了眼淚，桓溫把他們全都抓起來送交廷尉（庾倩、庾柔都是庾蘊的弟弟）。接著，桓溫又殺掉了司馬奕的三個兒子和他們的母親。
桓溫再次進上表章，請求殺掉司馬晞，言詞非常激烈誠懇，簡文帝就親手寫下詔令給桓溫說：“如果晉王朝的神靈悠長，你就不必請示，遵奉執行以前的詔令；如果晉王朝的大運已去，我就請求避讓賢人的晉升之路。”
桓溫看了以後，驚慌失色，汗流浹背，於是就改請廢黜司馬晞及他的三個兒子，將其全家流放到新安郡，又廢了新蔡王司馬晃為庶人，遷徙到衡陽。殷涓、庾倩、曹秀、劉強、庾柔全都被滿門誅殺，庾蘊服毒而死。庾蘊的哥哥庾友的兒媳婦，是桓豁的女兒，所以桓溫才特別地赦免了他。庾希聽說了這樁災難後，與弟弟庾邈及兒子庾攸之逃到了海陵的胡澤中。
桓溫在誅殺了殷氏、庾氏後，威勢顯赫至極，謝安看見桓溫，在很遠的地方就開始叩拜，桓溫吃驚地問：“謝安，你為什麼要這麼做呢？”謝安說：“沒有君主叩拜于前，臣下拱手還禮於後的。”
前秦王苻堅聽說了桓溫廢立皇帝的事情，對群臣們說：“桓溫先在灞上失敗，後來又在枋頭失敗，不能反思過錯自我貶責以向百姓謝罪，反而還廢黜君主以自我解脫，六十歲的老頭了還做如此舉動，他將如何自容於天下呢！諺語有說：‘對妻子憤怒就對父親耍臉色！’大概說的就是桓溫這樣的人吧。”