桓溫威震朝廷內外， 簡文帝雖然身處至尊地位， 實際上也僅僅是拱手沉默而已， 常常害怕自己也落到被廢黜的地步。
郗超在宮中當班時，
郗超說：“大司馬桓溫， 對內穩定國家， 對外開拓江山， 我願意用全家百餘口性命來擔保， 不會發生那種不正常的事變。 ”
等到郗超急於要請假回去看望父親的時候， 簡文帝說：“告訴尊父， 宗族國家之事， 最終到了這種地步， 是因為我不能用道德去匡正守衛的緣故， 慚愧慨歎之深， 怎麼能用語言來表達！”
接著便吟誦了庾闡的詩：“志士痛朝危， 忠臣哀主辱。 ”吟誦地潸然淚下， 打濕了衣襟。 簡文帝風度翩翩儀錶堂堂， 言談舉止得體， 他雖然見識通達， 但沒有濟世大略， 謝安認為他是晉惠帝（西晉的白癡皇帝）一類的人物， 只是在清談方面比晉惠帝略勝一籌而已。
郗超因為是桓溫心腹的緣故， 朝廷裡的人都很害怕他， 謝安曾經與王坦之一起到郗超那裡， 太陽快落山了還沒有被召見， 王坦之等得不耐煩了想離去， 謝安說：“你難道就不能為了保全性命忍耐一會兒嗎？”
桓溫得知了庾希兄弟的蹤跡， 派軍隊前去搜捕， 庾希、庾邈便與武遵聚集兵眾， 乘夜進入京口城， 晉陵太守卞眈翻牆逃奔到曲河。 庾希詐稱是接受了廢帝司馬奕的秘密旨令， 要誅殺大司馬桓溫。 建康城裡一片混亂， 內外都嚴加戒備。
卞眈派出二千士卒攻打庾希， 庾希失敗了， 只得閉城固守。 桓溫派周少孫討伐庾希， 攻下了京口城， 擒獲了庾希、庾邈以及他們的親信同黨， 把他們全都殺了。
同年七月， 簡文帝病重， 急召桓溫入朝輔政， 一天一夜接連發出四道詔令， 桓溫都推辭不來。
當年， 簡文帝還是會稽王的時候， 娶了王述的堂妹為妃， 生下了長子司馬道生和司馬俞生， 司馬道生粗魯急躁， 品行不端， 母子全都因此被囚禁廢黜而死， 其他三個兒子也全都早年夭折。 眾姬妾絕孕將近十年， 直到後來有個叫李陵容的服侍他， 才生下了兒子司馬曜和司馬道子。
簡文帝自知時日無多， 立了十歲的司馬曜為皇太子， 任命司馬道子為琅琊王， 然後下達遺詔：“大司馬桓溫依據周公的舊例， 代理皇帝攝政。 ”又說：“對年輕的兒子， 可以輔佐就輔佐， 如果不能輔佐， 君則自己取而代之。 ”
出身太原王氏的王坦之手持詔書進入宮中， 當著簡文帝的面把詔書撕了，
王坦之說：“天下， 是宣帝、元帝的天下， 陛下怎麼能獨斷專行！”
於是簡文帝只得讓王坦之修改了詔書， 說：“宗族國家之事， 一概聽命于大司馬桓溫， 就像諸葛亮、王導輔政時的做法一樣。 ”將遺詔中的“攝政”改為了“輔政”， 也就在這一天， 簡文帝駕崩。
群臣都感到很疑惑， 不敢確立嗣子， 有人說：“應該讓大司馬桓溫來處理。 ”出身琅琊王氏的尚書僕射王彪之臉色嚴厲地說：“天子駕崩， 太子代立， 大司馬怎麼能有資格提出異議， 如果事先向他詢問， 一定反而會被他責備！”於是朝臣就討論決定了讓太子即皇帝位。
褚太后發佈命令， 因為孝武帝年幼， 命令桓溫依據周公攝政的舊例行事， 命令已經公佈， 王彪之說：“這是非常的大事， 大司馬桓溫一定會辭讓的， 從而導致政務停頓， 耽誤先帝陵墓的修築， 我不敢遵奉命令， 謹將詔書密封歸還。 ”於是事情也就沒有能實行。 就在晉室命懸一線的關鍵時刻， 各家士族門閥聯手阻止了桓溫篡晉的陰謀， 確保了司馬曜的順利即位及東晉王朝的延續。
桓溫還在希望簡文帝臨終前能將皇位禪讓給自己，不這樣的話，起碼也應當讓他攝政，結果這個願望沒有實現，他非常怨恨憤怒，給弟弟桓沖寫信說：“簡文帝遺詔讓我按諸葛亮、王導的舊例輔政。”桓溫懷疑這事是王坦之、謝安幹的，對他們懷恨在心。朝廷詔令謝安前去徵召桓溫入朝輔政，桓溫又推辭了。
不久後又有人打著廢帝司馬奕的旗號作亂，司馬奕自知復辟無望，又深深地擔心橫禍發生，便整天在家中沉迷於酒色，有兒子也不養育，當時的人都很憐憫他，朝廷知道他安於屈辱，對他也就不再防備了，幾年後，他病死于吳縣。
第二年的二月，大司馬桓溫來晉見孝武帝，孝武帝詔令謝安、王坦之到新亭去迎接。這時，城裡的人都傳說桓溫要殺掉王坦之、謝安，接著晉王室的天下就要轉落到他人之手。當時王坦之非常害怕，而謝安則神色不變，說：“晉朝國運的存亡，取決於此行。”
桓溫抵達朝廷以後，百官夾道叩拜，桓溫佈署重兵守衛，接待回見朝廷百官，有地位名望的人全都驚慌失色。王坦之汗流浹背，聯手版都拿倒了。謝安從容就座，坐定以後，對桓溫說：“謝安聽說諸侯有道，守衛在四鄰，明公哪裡用得著在牆壁後面安置人呀！”
桓溫笑著說：“正是由於不得不這麼做。”於是命令左右的人讓他們撤走，與謝安笑談良久。
郗超作為桓溫的主謀，謝安與王坦之去見桓溫時，桓溫讓郗超藏在帳子中聽他們談話，風吹開了帳子，謝安笑著說：“郗超可謂是入幕之賓啊！”當時天子年幼，外邊又有強臣，謝安與王坦之竭盡忠誠輔佐護衛，最終使晉王室得以安穩。
桓溫在京城處理盧悚攻入宮廷的事件，拒捕了尚書陸始，送交廷尉處置，又罷免了桓秘的官職，株連坐罪的人很多，連桓秘從此也開始怨恨桓溫。不久，桓溫患病，返回姑孰，前後在京不過十四天的時間。
桓溫回到姑孰後，病情越來越嚴重，他暗示朝廷給他加九錫的禮遇，多次派人前去催促。謝安、王坦之故意拖延此事，讓袁宏草擬詔令。
袁宏草擬完以後讓王彪之審閱，王彪之先是讚歎他的文辭優美，接著說：“你本來是傑出的人才，怎麼能寫這樣的文章給別人看呢！”
謝安看到了袁宏寫的草稿，總是說不好，讓他反反復複地修改，一直拖延著無法定稿。袁宏暗地裡和王彪之商量，王彪之說：“聽說桓溫的病情日益嚴重，應該不會再支持多久了，自然可以再稍晚一點回復。”直到桓溫在姑孰病逝，這篇文章仍未完成。
桓溫還在希望簡文帝臨終前能將皇位禪讓給自己，不這樣的話，起碼也應當讓他攝政，結果這個願望沒有實現，他非常怨恨憤怒，給弟弟桓沖寫信說：“簡文帝遺詔讓我按諸葛亮、王導的舊例輔政。”桓溫懷疑這事是王坦之、謝安幹的，對他們懷恨在心。朝廷詔令謝安前去徵召桓溫入朝輔政，桓溫又推辭了。
不久後又有人打著廢帝司馬奕的旗號作亂，司馬奕自知復辟無望，又深深地擔心橫禍發生，便整天在家中沉迷於酒色，有兒子也不養育，當時的人都很憐憫他，朝廷知道他安於屈辱，對他也就不再防備了，幾年後，他病死于吳縣。
第二年的二月，大司馬桓溫來晉見孝武帝，孝武帝詔令謝安、王坦之到新亭去迎接。這時，城裡的人都傳說桓溫要殺掉王坦之、謝安，接著晉王室的天下就要轉落到他人之手。當時王坦之非常害怕，而謝安則神色不變，說：“晉朝國運的存亡，取決於此行。”
桓溫抵達朝廷以後，百官夾道叩拜，桓溫佈署重兵守衛，接待回見朝廷百官，有地位名望的人全都驚慌失色。王坦之汗流浹背，聯手版都拿倒了。謝安從容就座，坐定以後，對桓溫說：“謝安聽說諸侯有道，守衛在四鄰，明公哪裡用得著在牆壁後面安置人呀！”
桓溫笑著說：“正是由於不得不這麼做。”於是命令左右的人讓他們撤走，與謝安笑談良久。
郗超作為桓溫的主謀，謝安與王坦之去見桓溫時，桓溫讓郗超藏在帳子中聽他們談話，風吹開了帳子，謝安笑著說：“郗超可謂是入幕之賓啊！”當時天子年幼，外邊又有強臣，謝安與王坦之竭盡忠誠輔佐護衛，最終使晉王室得以安穩。
桓溫在京城處理盧悚攻入宮廷的事件，拒捕了尚書陸始，送交廷尉處置，又罷免了桓秘的官職，株連坐罪的人很多，連桓秘從此也開始怨恨桓溫。不久，桓溫患病，返回姑孰，前後在京不過十四天的時間。
桓溫回到姑孰後，病情越來越嚴重，他暗示朝廷給他加九錫的禮遇，多次派人前去催促。謝安、王坦之故意拖延此事，讓袁宏草擬詔令。
袁宏草擬完以後讓王彪之審閱，王彪之先是讚歎他的文辭優美，接著說：“你本來是傑出的人才，怎麼能寫這樣的文章給別人看呢！”
謝安看到了袁宏寫的草稿，總是說不好，讓他反反復複地修改，一直拖延著無法定稿。袁宏暗地裡和王彪之商量，王彪之說：“聽說桓溫的病情日益嚴重，應該不會再支持多久了，自然可以再稍晚一點回復。”直到桓溫在姑孰病逝，這篇文章仍未完成。