在鎮守江陵的荊州刺史桓石民和鎮守京口的青、兗二州刺史司馬怡相繼死去後， 對上下游的爭奪遂成為主相相持的焦點。
孝武帝想選拔當時有名望的人為藩鎮， 以暗地裡制伏司馬道子， 他向王雅諮詢道：“我想重用王恭和殷促堪， 你怎麼看？”
王雅回答說：“王恭風度優雅舉止高貴， 神情嚴肅， 然而他稟性嚴峻狹隘， 不能容人， 有自以為是的操行， 沒有守節的心志。 殷仲堪在小事上很謹慎， 行為檢點， 文章被人廣泛稱頌， 然而他沒有大器量， 而且缺乏才幹謀略， 如果讓他們獨當一面， 天下沒有變亂時， 盡可以盡忠職守， 但一旦出事， 就一定會成為禍亂的根源。 ”
孝武帝認為王恭等人都是有名的傑出人物， 又是王皇后的兄長， 覺得王雅是在嫉妒他們超過自己， 所以就沒有聽他的， 任命王恭為都督五州諸軍事， 兗、青二州刺史， 鎮守京口。 （這兩人後來終於都出了事，
王國寶之弟王忱曾經與王恭非常友好， 兩人有過傾談十多日才分開的經歷， 王恭之父王蘊預言兩人今後將因追求不同而做不成朋友。
後來兩人都捲入了孝武帝與司馬道子兩派的朋黨之爭， 王恭向王忱表示憂慮， 並希望兩派能夠和好， 同心衛國。
王忱雖然同意， 但由於害怕自己的進言不被司馬道子所採納， 於是委託司馬道子寵信的袁悅之傳話。 然而袁悅之卻一直想離間王恭與王忱的關係， 竟在司馬道子面前怒斥王恭是“妄生同異， 疑誤朝野！”王恭認為是王忱在陷害自己， 而王忱亦無法證明自己清白，
後來， 有一次王恭與王忱一同到何澄家裡做客， 但他們在席間鬧得很不開心， 王忱勸王恭喝酒， 王恭堅決不喝。 王忱堅持並且強來， 並各自拉起對方的裙帶， 王恭府中的近千人都被叫到何澄家中來了， 而王忱雖然隨從少仍然上前， 雙方差點要打起來， 何澄見此沒有辦法， 只得坐在他們兩人中間分開他們。
在王恭被任命鎮守京口後， 司馬道子一派的王忱被任命為荊州刺史鎮守江陵， 沒過多久， 王忱就病死于荊州任上。
司馬道子想讓王國寶繼任荊州刺史， 孝武帝行動迅速， 不經吏部銓選， 直接任命殷仲堪為荊州刺史。 殷仲堪雖然名聲好， 但是資歷威望都不夠， 他上任後， 喜歡施行小恩小惠， 對大政方針缺乏有力切實的措施。
桓溫之子， 南郡公桓玄依仗自己的才能和顯赫的家族地位， 總把自己看作是英雄豪傑， 朝廷對他懷有戒心而不重用。 直到二十三歲那年， 桓玄才開始在朝廷擔任太子洗馬， 他曾經去拜訪琅琊王司馬道子， 正碰到司馬道子喝得酩酊大醉， 對身邊的許多賓客說：“桓溫到了晚年的時候， 曾經打算要做叛賊， 你們說是不是啊？”
桓玄伏在地上， 汗流浹背， 站不起來， 從此他越發忐忑不安， 對司馬道子恨得是咬牙切齒。 後來， 他補任義興太守， 但還是感到懷才不遇而悶悶不樂， 歎息著說：“我的父親曾經是九州的盟主， 而他的兒子卻只不過是五湖的小頭目！”於是， 他棄官回到封地荊州。
臨行前， 桓玄呈上一道奏章， 為自己申辯道：“我父親輔佐皇室， 平定禍亂的功勞， 朝廷已經把他遺忘了， 我並不計較， 但是， 先帝能登上寶座， 陛下接著得以繼承大統， 這些事， 請陛下問一問那些談論的人， 是靠誰得來的啊！”
桓玄回到江陵後， 殷仲堪對他十分的恭敬畏懼。 桓氏家族幾代都在荊州鎮守， 桓玄尤其強豪專橫，當地的官員、百姓都害怕他，甚至超過了害怕殷仲堪。桓玄更是曾經在殷仲堪升堂辦公之前在公堂外騎馬取笑，並且用長矛假裝向殷仲堪直刺。
殷仲堪的部將劉邁對桓玄說：“你騎馬舞矛的本事有餘，但是你的道義卻不足。”桓玄怫然不悅，殷仲堪也大驚失色。桓玄走了之後，殷仲堪對劉邁說：“你是瘋了，桓玄夜晚如果派刺客來殺你，我怎麼能救得了你呢！”於是，他便讓劉邁馬上出發到京城去躲避桓玄的報復。桓玄果然派人追殺他，劉邁僅僅免得一死。
征虜參軍胡藩路過江陵，前去看望殷仲堪，勸解他說：“桓玄的志向興趣不比常人，常常因為沒有得到一個滿意的職位而大為不滿，您對他過於優待了，這恐怕不是能夠長期維持的辦法吧！”殷仲堪心中不高興。
胡藩的妻弟羅企生是殷仲堪手下的功曹，胡藩從殷仲堪那裡出來，對羅企生說：“殷仲堪把長矛倒轉過來，授柄於人，自己一定會遭難的，你如果不早早地圖謀去留，後悔可是來不及的呀！”
司馬道子獨攬大權，奢侈放縱，不可一世，他的親信趙牙本來是個優伶的出身，另一個親信茹千秋本來是一個負責抓賊的小吏，他們都依靠賄賂、諂媚得到提升。司馬道子任命趙牙為魏郡太守，茹千秋為驃騎諮議參軍。
趙牙為司馬道子修建府第，堆積假山、挖掘水池，人工和資金都耗費巨大。孝武帝曾經蒞臨司馬道子的府邸，對司馬道子說：“住宅當中竟然有山，當然很好，但是修整裝飾得太過分了。”司馬道子無言以對。
孝武帝走了以後，司馬道子對趙牙說：“如果皇上知道這山居然是用人力堆積成的，你就死定了！”
趙牙笑嘻嘻地說：“有您在，我趙牙怎麼能夠死呢！”他為司馬道子營建的游宮越來越華麗。茹千秋更是賣官鬻爵，招權納賄，搜刮的錢財加在一起數以億計。
博平令聞人上疏說出了這些情況，孝武帝更加討厭司馬道子，只是迫于母親的壓力，沒有下定決心罷黜他。於是，他提拔那些當時有聲望並且和自己關係親近的王恭、郗恢、殷仲堪等人，任命他們擔任朝廷內外的重要官職，用來防備、牽制司馬道子。
司馬道子也把王國寶和王國寶的堂弟王緒等人作為心腹，從此東晉朝廷內外黨派、集團一個接一個地出現，再也沒有過去那樣友愛團結的歡樂景象了。
殷仲堪的部將劉邁對桓玄說：“你騎馬舞矛的本事有餘，但是你的道義卻不足。”桓玄怫然不悅，殷仲堪也大驚失色。桓玄走了之後，殷仲堪對劉邁說：“你是瘋了，桓玄夜晚如果派刺客來殺你，我怎麼能救得了你呢！”於是，他便讓劉邁馬上出發到京城去躲避桓玄的報復。桓玄果然派人追殺他，劉邁僅僅免得一死。
征虜參軍胡藩路過江陵，前去看望殷仲堪，勸解他說：“桓玄的志向興趣不比常人，常常因為沒有得到一個滿意的職位而大為不滿，您對他過於優待了，這恐怕不是能夠長期維持的辦法吧！”殷仲堪心中不高興。
胡藩的妻弟羅企生是殷仲堪手下的功曹，胡藩從殷仲堪那裡出來，對羅企生說：“殷仲堪把長矛倒轉過來，授柄於人，自己一定會遭難的，你如果不早早地圖謀去留，後悔可是來不及的呀！”
司馬道子獨攬大權，奢侈放縱，不可一世，他的親信趙牙本來是個優伶的出身，另一個親信茹千秋本來是一個負責抓賊的小吏，他們都依靠賄賂、諂媚得到提升。司馬道子任命趙牙為魏郡太守，茹千秋為驃騎諮議參軍。
趙牙為司馬道子修建府第，堆積假山、挖掘水池，人工和資金都耗費巨大。孝武帝曾經蒞臨司馬道子的府邸，對司馬道子說：“住宅當中竟然有山，當然很好，但是修整裝飾得太過分了。”司馬道子無言以對。
孝武帝走了以後，司馬道子對趙牙說：“如果皇上知道這山居然是用人力堆積成的，你就死定了！”
趙牙笑嘻嘻地說：“有您在，我趙牙怎麼能夠死呢！”他為司馬道子營建的游宮越來越華麗。茹千秋更是賣官鬻爵，招權納賄，搜刮的錢財加在一起數以億計。
博平令聞人上疏說出了這些情況，孝武帝更加討厭司馬道子，只是迫于母親的壓力，沒有下定決心罷黜他。於是，他提拔那些當時有聲望並且和自己關係親近的王恭、郗恢、殷仲堪等人，任命他們擔任朝廷內外的重要官職，用來防備、牽制司馬道子。
司馬道子也把王國寶和王國寶的堂弟王緒等人作為心腹，從此東晉朝廷內外黨派、集團一個接一個地出現，再也沒有過去那樣友愛團結的歡樂景象了。