東晉會稽王的世子司馬元顯請求兼管徐州， 朝廷於是下詔任命司馬元顯儀同三司， 並都督十六州諸軍事， 監徐州刺史。
吏部尚書車胤因為司馬元顯過於驕橫放縱，
司馬道子置若罔聞， 沒有回答， 司馬元顯堅持要問出個究竟， 司馬道子大怒地說：“你是打算把我幽禁起來， 不讓我與朝中官員說話嗎？”
司馬元顯拂袖而出， 對部下說：“車胤在離間我們父子之間的關係。 ”於是， 暗中派人去訓斥車胤， 車胤害怕危及家人， 自殺身亡。
孫恩從浹口再次返回陸地， 進攻句章， 沒有攻克， 劉牢之向他發起了攻擊， 孫恩又一次逃進茫茫的大海中。
兩個月後， 孫恩整頓人馬又殺回到陸地， 向北逼近海鹽， 劉裕從句章出發抵抗他，
雖然連戰連捷， 但因為城裡的部隊人數太少， 眾寡懸殊太大， 劉裕設計在夜裡把戰旗扔得到處都是， 讓精銳部隊埋伏起來。 第二天早晨打開城門， 讓幾個老弱殘兵登上城樓， 叛軍一看， 遠遠地向他們打聽劉裕到哪裡去了， 他們說：“劉裕昨天夜裡已經逃跑了。 ”
叛軍相信了他們的話， 爭先恐後地進了城， 劉裕突然向他們發動了猛攻， 將他們打得大敗。 孫恩覺得不可能攻克這座城， 於是改向滬瀆進軍， 劉裕便也放棄了這座城池， 率軍追擊孫恩。
海鹽令鮑陋派他的兒子鮑嗣之率領吳地的一千士卒，
鮑嗣之卻不肯聽從安排， 劉裕只好埋伏下許多戰旗戰鼓， 擊鼓呐喊， 叛軍以為四下裡都有軍隊伏擊， 才退了下去。 鮑嗣之又莽撞地跟蹤追擊， 結果在戰鬥中被殺死。 劉裕一邊交戰一邊撤退， 所帶領的軍卒幾乎全部傷亡。
劉裕一直退到剛開始接戰的地方， 然後命令軍卒脫下死人的衣服拿走， 用來顯示自己的悠閒， 叛軍滿腹狐疑， 不敢逼近， 劉裕突然高聲呐喊， 指揮軍隊回頭再戰， 叛軍害怕劉裕的威名， 掉頭撤退， 劉裕這才帶兵回去。
三個月後， 孫恩從海上發兵，
劉牢之連忙從三陰帶兵前來截擊孫恩， 還沒有趕到， 孫恩的兵馬已經過去了。 於是， 命令劉裕從海鹽迅速趕來援助。 劉裕的兵眾當時還不滿一千人， 他們日夜兼程， 一路急行軍才與孫恩的部隊幾乎同時趕到了丹徒。
劉裕的兵卒本來就很少， 再加上趕了很遠的路， 已經疲憊不堪， 而丹徒原有的東晉守軍又沒有絲毫的鬥志。 孫恩率領他的部隊一齊高聲呐喊， 擂鼓助威， 登上了蒜山， 而當地的居民則拿著扁擔準備抵抗。
劉裕率領著手下的士兵向前奔去， 對孫恩的部隊發動了猛烈的攻擊， 並把他們打得大敗， 叛軍從山崖上摔下， 落入水中淹死的非常多， 孫恩也倉皇狼狽地逃回到船上， 才保住了性命。
孫恩仗著自己的兵多，很快便重新整頓好部隊，避開劉裕，徑直向京師開進。司馬元顯率領部隊前來迎戰，卻屢戰屢敗。司馬道子沒有其他的辦法，只是每天去到蔣侯廟祭祀祈禱。
孫恩的部隊距離建康已經越來越近了，百姓人心惶惶，非常恐懼。司馬尚之帶著他的精銳部隊及時趕到，直接駐守在積弩堂。
孫恩的戰艦非常高大，逆風行駛的速度便無法加快，所以幾天後才到達白石。孫恩本以為東晉各支部隊駐守的地區比較分散，因此打算趁他們沒有準備好，發動突然襲擊，但是到達白石後，得知司馬尚之的部隊正在建康，又聽說劉牢之已經回軍，駐守在新洲，所以，他也不敢繼續前進，只好回軍，從海路轉向北直撲鬱洲。
孫恩手下的其他將領攻克了廣陵，殺死了三千余人，高雅之在郁洲向孫恩發動進攻，卻被孫恩的軍隊抓獲。
荊州刺史桓玄無時無刻地不在磨礪兵器、訓練部隊，時刻注視著朝廷內部所出現的每一個對自己有利的微小變化。當他聽說孫恩逼近京師，便趕緊豎起軍旗，集結隊伍，向朝廷呈上奏疏，請求帶兵去征討孫恩。
收到消息的司馬元顯焦頭爛額，大為恐懼，正好趕上孫恩的軍隊撤了回去，於是，司馬元顯連忙以詔書制止桓玄起兵，桓玄無奈，只好命令部隊解除戒備。
當時東晉諸將縱兵暴掠，塗炭百姓，獨有劉裕治軍整肅，法紀嚴明，因為討亂有功，朝廷下詔，劉裕被封為建武將軍，並被任命為下邳太守，命他去鬱洲繼續征討孫恩。劉裕數戰數勝，孫恩的軍隊大敗，勢力從此由盛轉衰，再一次沿海向南敗逃，劉裕緊追不放，不斷地向孫恩的部隊發動進攻。
劉裕一直追擊孫恩來到滬瀆、海鹽地區，又一次把他們打敗，俘虜斬殺的數以萬計，再加上饑餓、疾病、瘟疫，部隊死了一大半，孫恩無法，只好從浹口再一次遠遠地逃向大海。
第二年，孫恩又來進犯臨海，被臨海太守辛昺（bing）打得大敗，孫恩所劫掠的三吳地區的男女百姓，經上一年敗給劉裕和此戰過後，至此死亡殆盡，僅餘數千人。孫恩恐怕自己會被朝廷的軍隊抓獲，於是跳海自殺，他的部下黨羽以及姬妾等上百人全部都隨他跳海而死。
孫恩仗著自己的兵多，很快便重新整頓好部隊，避開劉裕，徑直向京師開進。司馬元顯率領部隊前來迎戰，卻屢戰屢敗。司馬道子沒有其他的辦法，只是每天去到蔣侯廟祭祀祈禱。
孫恩的部隊距離建康已經越來越近了，百姓人心惶惶，非常恐懼。司馬尚之帶著他的精銳部隊及時趕到，直接駐守在積弩堂。
孫恩的戰艦非常高大，逆風行駛的速度便無法加快，所以幾天後才到達白石。孫恩本以為東晉各支部隊駐守的地區比較分散，因此打算趁他們沒有準備好，發動突然襲擊，但是到達白石後，得知司馬尚之的部隊正在建康，又聽說劉牢之已經回軍，駐守在新洲，所以，他也不敢繼續前進，只好回軍，從海路轉向北直撲鬱洲。
孫恩手下的其他將領攻克了廣陵，殺死了三千余人，高雅之在郁洲向孫恩發動進攻，卻被孫恩的軍隊抓獲。
荊州刺史桓玄無時無刻地不在磨礪兵器、訓練部隊，時刻注視著朝廷內部所出現的每一個對自己有利的微小變化。當他聽說孫恩逼近京師，便趕緊豎起軍旗，集結隊伍，向朝廷呈上奏疏，請求帶兵去征討孫恩。
收到消息的司馬元顯焦頭爛額，大為恐懼，正好趕上孫恩的軍隊撤了回去，於是，司馬元顯連忙以詔書制止桓玄起兵，桓玄無奈，只好命令部隊解除戒備。
當時東晉諸將縱兵暴掠，塗炭百姓，獨有劉裕治軍整肅，法紀嚴明，因為討亂有功，朝廷下詔，劉裕被封為建武將軍，並被任命為下邳太守，命他去鬱洲繼續征討孫恩。劉裕數戰數勝，孫恩的軍隊大敗，勢力從此由盛轉衰，再一次沿海向南敗逃，劉裕緊追不放，不斷地向孫恩的部隊發動進攻。
劉裕一直追擊孫恩來到滬瀆、海鹽地區，又一次把他們打敗，俘虜斬殺的數以萬計，再加上饑餓、疾病、瘟疫，部隊死了一大半，孫恩無法，只好從浹口再一次遠遠地逃向大海。
第二年，孫恩又來進犯臨海，被臨海太守辛昺（bing）打得大敗，孫恩所劫掠的三吳地區的男女百姓，經上一年敗給劉裕和此戰過後，至此死亡殆盡，僅餘數千人。孫恩恐怕自己會被朝廷的軍隊抓獲，於是跳海自殺，他的部下黨羽以及姬妾等上百人全部都隨他跳海而死。