控制了江、荊二州的桓玄自以為已經擁有了東晉三分之二的疆土， 所以多次讓人呈上他可以做君主的天命符征和吉兆， 打算用這些來迷惑百姓，
司馬元顯看到了這封信， 又氣又怕。
張法順對司馬元顯說：“桓玄憑藉他家的名望和資歷， 素有豪氣， 已經吞併了殷仲堪和楊佺期， 自己獨霸了荊楚一帶的廣大地區， 但是您所能控制的真正可以算做屬於您的疆界， 也不過三吳之地罷了。 孫恩製造禍亂， 使東部地區損失巨大， 一片荒蕪， 朝廷、百姓積蓄枯竭， 生活窘況， 桓玄一定會乘機大肆施展他的奸惡兇殘的手段， 實現他的陰險目的， 我認為這是值得我們憂慮的一件事情。 ”
司馬元顯說：“那我們能怎麼辦？”
張法順說：“桓玄剛剛把荊州強佔到手， 當地百姓的人心和情感還沒有完全歸附他， 因此， 他也正在努力平定局勢， 安定民心， 沒有功夫考慮別的事。 如果乘著這個時機派遣劉牢之為前鋒，
正好， 武昌太守庾楷因為桓玄與朝廷要結下仇怨， 擔心事情以後不成功， 大禍會牽連自己， 所以偷偷地派人前來， 主動向司馬元顯投靠， 說：“桓玄非常不得人心， 他的部下也不太聽從他的命令， 如果朝廷這時派軍隊去征討， 那麼我一定做內應。 ”
司馬元顯非常高興， 馬上派遣張法順到京口去， 找劉牢之商量， 劉牢之卻覺得征討桓玄有困難。 張法順回來對司馬元顯說：“我觀察劉牢之的表情言談， 一定是與我們有二心， 所以不如把他召到京城來殺掉， 如果不這樣， 他就會壞了我們的大事。 ”
司馬元顯沒有聽他的話， 只是從此開始大規模訓練水上部隊，
第二年正月， 朝廷頒下詔書， 歷數了荊州刺史桓玄的罪狀， 任命司馬元顯為驃騎大將軍， 都督十八州諸軍事， 又任命劉牢之為前鋒都督， 司馬尚之統率後衛部隊， 內外戒嚴， 準備前去討伐桓玄。
司馬元顯想借此機會把桓氏家族的人全部殺光， 中護軍桓修是王誕（王導的曾孫）的外甥， 王誕又很得司馬元顯的信任， 他向司馬元顯稟告了桓修等人與桓玄的志趣完全不同， 司馬元顯才放棄了那個想法。
張法順又對司馬元顯建議說：“驃騎司馬桓謙兄弟常常當長江上游荊州方面的耳目， 為桓玄提供情報， 應該把他們斬了， 來杜絕今後類似奸計陰謀的發生。 而且此次出軍討伐桓玄， 能否達到預期目的， 關鍵就在於前鋒部隊的表現。 劉牢之為人反復無常， 萬一他那裡發生什麼變化， 我們就會大禍臨頭， 所以， 您可以讓劉牢之去殺掉桓謙兄弟， 來證明他和我們沒有二心， 如果他不接受命令， 那麼我們也好防患於未然。 ”
司馬元顯不以為然地說：“現在如果沒有劉牢之， 我們根本沒有人可以與桓玄對敵，況且剛開始準備發兵，便誅殺自己的大將，容易使人心不得安寧。”一而再、再而三地拒絕張法順的請求，不加允許。
他又因為桓氏家族世代都得到荊州一帶居民的歸附，桓沖尤其是為那裡的百姓留下了很多好處，而桓謙又是桓沖的兒子，所以把桓謙調任去都督荊州等四州諸軍事及荊州刺史，打算用這種方法收買西部地區百姓的人心。
東部地區由於遭受孫恩所導致的戰亂的影響，再加上災荒年景，百姓饑餓貧困，水路的糧食運輸不能繼續。桓玄趁機緊閉斷絕了長江通道，致使官府和私人間的物資積蓄全部空乏，部隊也只能用一些糧食的麩皮和橡樹的果實給士兵充饑。
桓玄知道朝廷正處在多事之秋，值得憂慮的事情很多，估計他們一定沒有閒暇來討伐自己，因此，可以趁此機會積蓄力量，等待時機。等到朝廷征討他的大部隊就要出發的時候，他的堂兄桓石生秘密地用書信告訴了他這個消息，桓玄大吃一驚，打算把部隊全部集結到江陵來據守。
長史卞範之勸諫說：“明公的威名振于遠近，司馬元顯卻是個乳臭未乾的小孩子，劉牢之已經非常喪失民心了，如果我們把大部隊搶先開拔到建康附近的地區，向他指明安危禍福，那麼，他們土崩瓦解的趨勢就在眼前了。怎麼能把敵人引進自己境內的心腹重地，自找麻煩呢？”
桓玄聽從了他的話，留下桓偉鎮守江陵，向朝廷呈上奏表，並把檄文公告傳遍各地，揭露司馬元顯的各種罪行，同時揮師向東部進發。
檄文傳到都城建康，司馬元顯看到後，非常害怕。到了二月，晉安帝為司馬元顯餞行，司馬元顯由於害怕桓玄，雖然硬著頭皮登上了戰船，卻沒有馬上出發。
而桓玄從江陵出發後，也時刻在擔心這次大規模軍事行動不能取勝，因此，已經做好了隨時向西撤退回軍的打算，一直等到他的部隊過了尋陽，還沒有看見朝廷的軍隊，桓玄心中非常高興，其他將士的鬥志和士氣也振作、旺盛起來。
庾楷做朝廷內應討伐桓玄的陰謀洩露，桓玄把他囚禁了起來。
東晉朝廷派遣齊王司馬柔之持騶虞幡到荊州、江州兩地及軍中展示，告諭他們趕快停止軍事行動，結果被桓玄的前鋒將領給殺了。
桓玄抵達了姑孰後，派遣馮該等人進攻曆陽。司馬休之據城堅守，桓玄的部隊切斷了洞浦道路，焚燒了豫州的艦船。
豫州刺史司馬尚之率領步兵九千多人，在洞浦之上擺開戰陣，派遣楊秋駐紮在橫江，但楊秋卻投降了桓玄的部隊。司馬尚之的部隊立刻潰散，他自己也逃到塗河之中，被桓玄抓獲。司馬休之出城迎戰失敗，只得放棄城池逃走。
他又因為桓氏家族世代都得到荊州一帶居民的歸附，桓沖尤其是為那裡的百姓留下了很多好處，而桓謙又是桓沖的兒子，所以把桓謙調任去都督荊州等四州諸軍事及荊州刺史，打算用這種方法收買西部地區百姓的人心。
東部地區由於遭受孫恩所導致的戰亂的影響，再加上災荒年景，百姓饑餓貧困，水路的糧食運輸不能繼續。桓玄趁機緊閉斷絕了長江通道，致使官府和私人間的物資積蓄全部空乏，部隊也只能用一些糧食的麩皮和橡樹的果實給士兵充饑。
桓玄知道朝廷正處在多事之秋，值得憂慮的事情很多，估計他們一定沒有閒暇來討伐自己，因此，可以趁此機會積蓄力量，等待時機。等到朝廷征討他的大部隊就要出發的時候，他的堂兄桓石生秘密地用書信告訴了他這個消息，桓玄大吃一驚，打算把部隊全部集結到江陵來據守。
長史卞範之勸諫說：“明公的威名振于遠近，司馬元顯卻是個乳臭未乾的小孩子，劉牢之已經非常喪失民心了，如果我們把大部隊搶先開拔到建康附近的地區，向他指明安危禍福，那麼，他們土崩瓦解的趨勢就在眼前了。怎麼能把敵人引進自己境內的心腹重地，自找麻煩呢？”
桓玄聽從了他的話，留下桓偉鎮守江陵，向朝廷呈上奏表，並把檄文公告傳遍各地，揭露司馬元顯的各種罪行，同時揮師向東部進發。
檄文傳到都城建康，司馬元顯看到後，非常害怕。到了二月，晉安帝為司馬元顯餞行，司馬元顯由於害怕桓玄，雖然硬著頭皮登上了戰船，卻沒有馬上出發。
而桓玄從江陵出發後，也時刻在擔心這次大規模軍事行動不能取勝，因此，已經做好了隨時向西撤退回軍的打算，一直等到他的部隊過了尋陽，還沒有看見朝廷的軍隊，桓玄心中非常高興，其他將士的鬥志和士氣也振作、旺盛起來。
庾楷做朝廷內應討伐桓玄的陰謀洩露，桓玄把他囚禁了起來。
東晉朝廷派遣齊王司馬柔之持騶虞幡到荊州、江州兩地及軍中展示，告諭他們趕快停止軍事行動，結果被桓玄的前鋒將領給殺了。
桓玄抵達了姑孰後，派遣馮該等人進攻曆陽。司馬休之據城堅守，桓玄的部隊切斷了洞浦道路，焚燒了豫州的艦船。
豫州刺史司馬尚之率領步兵九千多人，在洞浦之上擺開戰陣，派遣楊秋駐紮在橫江，但楊秋卻投降了桓玄的部隊。司馬尚之的部隊立刻潰散，他自己也逃到塗河之中，被桓玄抓獲。司馬休之出城迎戰失敗，只得放棄城池逃走。