清朝和臺灣的兩次談判失敗之後， 南方發生了“三藩之亂”,吳三桂造反了， 另立王朝， 戰火迅速燃遍了南中國。 鄭經（鄭成功的兒子）立即放棄了和清政府的一切談判， 乘機與吳三桂、耿精忠勾結,全力反攻大陸， 不久， 他們就佔領廈門與漳州、泉州、潮州、惠州各地。
幾年後， 吳三桂被清軍打敗， 鄭經也在清軍的重重攻擊之下退了回臺灣。 清朝再一次主動找臺灣談判。 鄭經的要求是：臺灣必須有琉球、高麗等附屬國一樣的待遇。 康熙皇帝堅決不同意,雙方談判再次不歡而散。
不久,鄭經病逝了， 他兒子鄭克接權。
臺灣遠離大陸， 攻打必須要有水師， 而清朝的滿族將士只善於騎馬射箭， 對水上作戰一竅不通。 於是， 福建總督姚啟聖向康熙皇帝推薦了施琅。
施琅是福建晉江人， 很早以前是鄭芝龍（鄭芝龍是鄭成功的父親）部下， 後隨鄭芝龍投降清朝。 為此， 鄭成功將其留在福建的家人全部殺光， 雙方因此結下深仇。 歸降清朝後， 施琅在福建與鄭成功作戰多年， 他不僅瞭解臺灣情況， 而且還熟悉水上作戰。 他一貫主張攻武裝收復臺灣,但因為是一名投降過來的人次， 一直沒有取得清政府的信任，
康熙起用施琅後， 封他為福建水師提督， 讓他放開手腳打， 島上的人可以一個不留， 但國土一寸不能丟， 並讓福建總督姚啟聖全力為他提供後勤保障。
康熙二十二年六月十四日（1683年7月8日）施琅率兵兩萬餘人,乘戰船二百餘艘出征。 鄭克則派勇敢善戰的劉國軒守迎戰， 所率兵將戰船與施琅相當。 很快， 兩軍便在澎湖海域展開激戰， 這一戰就是時七晝夜。 雙方死傷慘重， 施琅也右眼負傷， 最終清軍獲勝。 在這一戰中， 清軍擊沉敵船159艘,鄭軍死傷12000人,浮屍鋪滿海面。 劉國軒僅率31艘船逃回臺灣。
澎湖戰敗後， 臺灣一片恐慌， 施琅趁機進行心理攻勢， 對被俘的臺灣兵將以禮相待， 大加封賞，
康熙二十三年（1684年）,清朝在臺灣設置了臺灣府， 在臺灣、澎湖分別駐兵1萬， 臺灣寶島得以統一於清朝政府之下。
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