氫離子濃度(PH)影響植根和土壤微生物的生長, 是土壤的一個重要特性。 根一般偏愛在弱酸性的土壤中生長,
該反應能釋放氫離子(H’), 降低土壤的pH。 有機物質被微生物分解也能產生氨(NH3)和硫化氫(H2S), 產生的氨和硫化氫在土壤中可被氧化形成強酸, 分別為硝酸(HNO3)和硫酸(H2SO4)。 氫離子也能從土壤顆粒表面通過交換取代K’、Mg2’、Ca“’和Mn2’。 然後, 這些被交換下來的陽離子可被水流從上層土壤中帶走, 使土壤更加酸化。 相反, 乾旱地區, 岩石通過風化將K+、Mg2+、Ca2+和Mn2+-釋放到土壤中, 但由於降雨量很少, 這些離子不能被水流從上層土壤中帶走, 土壤維持鹼性。