收復臺灣的鄭成功在接下來的日子展開了與清庭對抗的鬥爭， 清庭想要鄭成功歸順於它， 但是鄭成功卻誓死不從。 他的部下黃梧給清庭提出了對抗的政策， 就是殺掉鄭成功父親一家， 讓其自亂陣腳， 以求歸順。 鄭成功聽聞自己父親被害的消息之後， 自幼熟讀儒家書籍的他悲痛欲絕。
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幾乎就在同一時期， 鄭經， 鄭成功的大兒子給他來信說是喜得一子， 本來家裡添丁是一件值得慶賀的好事， 但是也正是這份信讓鄭成功再次勃然大怒。 鄭成功收復臺灣時給鄭經安排的婚事是兵部尚書唐顯悅的一位孫女， 但是剛產下的這位小孩卻不是這位女子所生， 不過這還沒能激起 鄭成功的怒火。 後來收到唐顯悅的一份信說是這個孩子是鄭經與他弟弟的乳娘所生， 他寫信的目的一方面是為了替自己的孫女說理， 另一方面還諷刺了鄭成功家風不嚴，
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鄭成功一聽便著急了， 顧不得喜得孫子的喜悅， 帶著殺父之仇的憤怒派人去殺鄭經和那位乳娘， 還有鄭經的生母， 當然也沒有放過那位幼小的生命。 他下達命令殺這麼多人一方面解除心頭之恨，
當時接受此任務的部下聽到要刺殺這麼多他的親人之後很是驚訝， 他們以為這只是鄭成功一時火氣， 冷靜下來之後就會想通了。 所以他們私下決定只殺乳娘回去覆命。 誰知道那幾位屬下回來複明並且為鄭經等人說情時， 鄭成功毫無收回成命之意， 再次下達殺死鄭經以及母親的命令。 屬下們是在是看不下去了， 而且他們也下不了手， 所以便起身反抗。 這一鬧， 讓鄭成功很是被動， 局面一時有些不穩定。
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恰逢當時的臺灣物資資源緊缺， 而廈門方面卻毫不給予資助。 面對這重重的壓力， 政治局面和家庭矛盾讓他十分痛苦， 年紀輕輕的他便與世長辭。 其實說到底， 鄭成功的離世與他的長子鄭經有很大的關係， 但是歷史就是這麼的讓人捉摸不透。
鄭成功雖然在收復臺灣的同一年由於各種原因就離開了這個世界， 但是臺灣日後的發展與他沒有殺死的兒子也有很大的關係，