這場“巫蠱之禍”起于漢武帝晚年， 後宮佳麗為重新獲得帝王的恩寵， 多邀請女巫入宮， 試圖以巫術達到目標。 被發現後， 又相互舉報，
《資治通鑒》記載：是時， 方士及諸神巫多聚京師， 率皆左道惑眾， 變幻無所不為。 女巫往來宮中， 教美人度厄， 每屋輒埋木人祭祀之；因妒忌恚詈， 更相告訐， 以為祝詛上， 無道。 上怒， 所殺後宮延及大臣， 死者數百人。
江充。 他本是一市井無賴， 因舉報趙太子劉丹而得到漢武帝賞識， 被任命為“繡衣使者”， 負責京師治安。 江充在任上敢於執法， 得罪了不少權貴， 包括太子劉據。 而此時的皇后衛子夫年老色衰， 失去漢武帝的寵信， 同時外戚家族衛氏於朝廷當中的權勢日盛。
在江充的整治下， 京城及周邊郡、國因“巫蠱”而被殺者達數萬人。
但是， 江充等人折騰下來， 並沒有找到所謂的小偶人。 於是， 他便拿出事先準備好的小偶人， 趁亂埋在皇后和太子宮裡， 然後再挖出來， 充當證據交給漢武帝。 太子在情急之下， 先下手殺死江充， 後向漢武帝報告實情。 沒想到， 有人竟向漢武帝誣告太子起兵造反。
一開始， 漢武帝不太相信， 派使者傳喚太子， 但使者害怕沒敢去， 反而回報武帝說：“太子反已成， 欲斬臣， 臣逃歸。 ”漢武帝勃然大怒， 命丞相劉屈犛帶兵去“平叛”， 太子也糾集數萬人對抗。 雙方打了幾天， 死了數萬人， 最後太子戰敗， 亡命出逃。 皇后衛子夫也自殺身亡，
此次“巫蠱之禍”牽連了許多人， 被殺者不計其數。 太子起兵時， 曾要求北軍的統帥任安發兵相助。 任安接了太子的命令， 卻按兵不動。 事後， 漢武帝認為任安“坐觀成敗”， 有不忠之心， 論罪將他腰斬。 情急之下， 任安向司馬遷求助， 但直到他臨刑前， 司馬遷才寫了一封回信， 這就是流傳後世的《報任安書》。
在後來徹底追查此事的過程中， 漢武帝發現許多“巫蠱”行為都查無實據， 甚至是子虛烏有的。 這時， 他才意識到自己因一念之差， 聽信江充的謊言， 害死了自己的皇后、太子和兩個孫子。
盛怒之下， 皇帝下令將江充一家滅族， 並把參與追殺太子並逼迫太子自殺的人也處死、滅族。 此外， 他又派人在太子自盡的地方修建一座宮殿，
由於太子已死， 設立新太子之事又成焦點。 沒想到， 此時又有人告發， 說丞相劉屈氂的夫人用“巫蠱”詛咒漢武帝， 並與大將軍李廣利等人共禱祠， 欲令昌邑王劉髆為帝。 結果， 劉屈氂被腰斬於東市， 其妻則是梟首華陽街， 李廣利家人也被逮捕。 當時， 李廣利正帶兵同匈奴作戰， 得知消息後還幻想將功贖罪， 倉促之下出擊， 結果兵敗， 不得不向匈奴投降， 他的一家終被滅族。
漢武帝死後， 幼子劉弗陵登基， 是為漢昭帝。 漢昭帝早逝無子， 霍光等人於是立漢武帝之孫劉賀， 劉賀登基不久因為品行惡劣又被霍光廢掉。