桓玄在崢嶸洲大敗後， 挾持著皇帝乘船繼續向西逃走， 把永安何皇后和王皇后留在了巴陵， 殷仲文當時在桓玄的船上， 他知道大勢已去，
桓玄和皇帝逃到了江陵， 馮該勸桓玄應該向東作戰， 桓玄不答應， 一心想要逃奔漢中歸附桓希， 可是人心背離， 號令不行。 半夜時分， 城裡一片混亂， 桓玄和親近的心腹一百多人騎馬出城向西走。 到了城門口， 左右的人想在黑暗中砍殺桓玄， 沒有砍中， 秩序頓時大亂， 眾人互相殺害， 死屍交橫於路上。 桓玄心驚膽顫好不容易到達船上， 回頭一看， 只有卞範之一人跟隨在旁邊了。
荊州別駕王康產一看桓玄逃跑了， 連忙將皇帝接入南郡的府舍中， 並和王縢之等人一起保護起來。
桓玄想進入漢中，
恰逢毛璩的另一個弟弟毛璠死在任上， 毛璩派哥哥的孫子毛祐之和費恬率領數百人護送毛璠的靈柩準備回到江陵去安葬， 在路過枚回洲時碰上桓玄等人。 毛祐之、費恬迎戰桓玄， 箭下如雨， 桓玄寵信的丁仙期、萬蓋等人以身體保護桓玄， 都被亂箭射死， 桓玄也受了輕傷。
益州督護馮遷沖上去抽刀欲殺桓玄， 桓玄拔下頭上的玉簪給他說：“你是什麼人， 竟然敢殺害天子！”馮遷說：“我殺天子的賊人！”說完， 手起刀落， 把桓玄斬首， 又斬殺了桓石康等人。
桓玄之子桓升雖然還是個六歲的小孩子， 氣度酷似其祖， 眼見周圍父親、叔叔、堂兄的人頭滾滾， 敵人紛紛登船，
桓玄從稱帝到兵敗出逃， 不過八十天而已， 從稱帝到被殺， 前後不到半年， 死時年僅三十六歲。
劉毅等人見打了大勝仗， 又知桓玄已死， 認為大事已成， 不必急著追趕， 加之又遇到了大風， 船無法行進， 桓玄死了快十天， 眾軍還沒有到達。
當時桓謙藏在沮中， 桓振藏在華容浦， 桓玄的舊將王稚徽駐守在巴陵， 派人報給桓振說：“桓歆已經攻下了京邑， 馮稚也攻下了尋陽， 劉毅各軍都在中途敗退了。 ”桓振信以為真， 聚集了二百名黨羽， 侵犯江陵， 桓謙也聚集黨羽回應他。
閏月初三， 他們又攻陷了江陵， 殺死王康產和王縢之， 桓振在行宮看見皇帝， 躍馬揚戈， 直到階前， 問桓升在哪裡？聽說桓玄和桓升都已經死了， 桓振瞪著眼睛怒喝皇帝：“臣的家族有什麼對不起國家的事， 為什麼要這樣斬盡殺絕呢！”
皇帝的弟弟琅琊王司馬德文說：“這哪裡是我兄弟的本意呢！”
桓振想要殺死皇帝， 桓謙苦苦勸止， 他才下馬， 收斂憤怒， 下拜然後出去， 然後為桓玄舉行了葬禮， 設立靈堂， 給他諡號為武悼皇帝。
隨後， 桓謙等人率領群臣奉上璽綬給皇帝， 說：“主上仿效堯帝把帝位禪讓給桓玄， 現在楚王的福祚不能長久， 民心又歸向晉朝。 ”任命司馬德文領徐州刺史， 桓振自己擔任荊州刺史， 加封江、豫二州刺史， 皇帝左右的侍從， 全都是桓振的心腹親信。
桓振年輕的時候行為不良， 桓玄不把他當子侄看待， 到了這時候， 桓振歎息著說：“他從前不早一點任用我， 才會有今天的失敗， 如果桓公還在， 我當先鋒， 天下沒有不能平定的。 現在一個人做這件事， 能有什麼用呢？”於是縱情酒色， 肆意誅殺。
桓謙勸桓振帶兵東下作戰， 自己防守江陵，桓振平時就看不起桓謙，當然不會採納他的建議。
劉毅的軍隊到了巴陵，殺死了王稚徽，何無忌、劉道規在馬頭進兵攻打桓謙，在龍泉攻打桓蔚，把他們都擊敗了。
何無忌想乘勝殺向江陵，劉道規說：“兵法上說屈申有時，不可以隨便前進。桓氏家族世代居住在西楚，一般百姓都為他們盡力，桓振的勇力冠絕三軍，很難與他爭鋒。我們應當養精蓄銳，慢慢用計策牽制他，不愁打不敗他。”
何無忌不肯聽從，執意進軍，桓振在靈溪迎戰，馮該派軍隊與他會合，何無忌大敗，死者千余人，只得退回到尋陽，和劉毅等人上疏請罪。劉裕派劉毅繼續帶領諸軍，只是免去了他青州刺史的職務。
劉敬宣在尋陽集聚糧食，修造船隻，一直在做準備，所以何無忌等人雖然敗退，依賴他又重新振作起來。桓玄的侄子桓亮自稱江州刺史，侵佔豫章，也被劉敬宣擊敗。
劉毅、何無忌、劉道規等人再次從尋陽向西而行，到了夏口。桓振派馮該守護東岸，孟山圖佔據魯山城，桓仙客防守偃月壘，士兵合計有一萬人，水陸兩軍互為援助。
劉毅進攻魯山城，劉道規進攻偃月壘，何無忌遏制中流的地方，從辰時戰到午時，魯山城和偃月壘兩城終於都被擊敗，孟山圖被活捉，桓仙客和馮該逃到石城。
劉毅進步佔領巴陵，他號令嚴整，所過之處的百姓都很安寧，劉裕於是重新任命他為兗州刺史。
西元405年正月，南陽太守魯宗之發兵襲擊襄陽，桓蔚失敗後逃往江陵，劉毅等人的軍隊也抵達了馬頭。
桓振挾持著晉安帝屯據在江津，派遣使節請求割據江、荊二州，以送回晉安帝作為交換條件，劉毅等人沒有答應。
隨後，魯宗之在柞溪將桓振的部將溫楷擊敗，進軍駐紮在紀南。桓振留下桓謙、馮該鎮守江陵，率領部隊與魯宗之展開決戰，並打敗了他。
劉毅等人又在豫章口將馮該打敗，桓謙放棄守城逃跑。劉毅的部隊進入江陵，抓住了卞範之等人，全部殺掉了。
桓振回師，望見城中大火四起，知道江陵已經被攻陷，他所帶的部隊全部潰散，桓振自己逃到溳川。晉安帝下詔，將國家重大事件的處理權，全部交給冠軍將軍劉毅。
十六日，朝廷下令大赦，只有桓氏家族的成員不寬宥。因為當年桓沖一心忠於王室司馬家族，特別赦免了他的孫子桓胤，被遷於新安軟禁。魯宗之、毛璩兄弟等人皆有封賞。
劉懷素在石城追上馮該並把他殺了，桓謙、桓蔚、何澹之等人都逃奔去了後秦。
二月初五，東晉準備了皇帝專用的車駕依仗，去江陵迎接晉安帝，劉毅、劉道規留在夏口駐紮，何無忌陪同晉安帝東下回到京城。
劉毅的軍隊到了巴陵，殺死了王稚徽，何無忌、劉道規在馬頭進兵攻打桓謙，在龍泉攻打桓蔚，把他們都擊敗了。
何無忌想乘勝殺向江陵，劉道規說：“兵法上說屈申有時，不可以隨便前進。桓氏家族世代居住在西楚，一般百姓都為他們盡力，桓振的勇力冠絕三軍，很難與他爭鋒。我們應當養精蓄銳，慢慢用計策牽制他，不愁打不敗他。”
何無忌不肯聽從，執意進軍，桓振在靈溪迎戰，馮該派軍隊與他會合，何無忌大敗，死者千余人，只得退回到尋陽，和劉毅等人上疏請罪。劉裕派劉毅繼續帶領諸軍，只是免去了他青州刺史的職務。
劉敬宣在尋陽集聚糧食，修造船隻，一直在做準備，所以何無忌等人雖然敗退，依賴他又重新振作起來。桓玄的侄子桓亮自稱江州刺史，侵佔豫章，也被劉敬宣擊敗。
劉毅、何無忌、劉道規等人再次從尋陽向西而行，到了夏口。桓振派馮該守護東岸，孟山圖佔據魯山城，桓仙客防守偃月壘，士兵合計有一萬人，水陸兩軍互為援助。
劉毅進攻魯山城，劉道規進攻偃月壘，何無忌遏制中流的地方，從辰時戰到午時，魯山城和偃月壘兩城終於都被擊敗，孟山圖被活捉，桓仙客和馮該逃到石城。
劉毅進步佔領巴陵，他號令嚴整，所過之處的百姓都很安寧，劉裕於是重新任命他為兗州刺史。
西元405年正月，南陽太守魯宗之發兵襲擊襄陽，桓蔚失敗後逃往江陵，劉毅等人的軍隊也抵達了馬頭。
桓振挾持著晉安帝屯據在江津，派遣使節請求割據江、荊二州，以送回晉安帝作為交換條件，劉毅等人沒有答應。
隨後，魯宗之在柞溪將桓振的部將溫楷擊敗，進軍駐紮在紀南。桓振留下桓謙、馮該鎮守江陵，率領部隊與魯宗之展開決戰，並打敗了他。
劉毅等人又在豫章口將馮該打敗，桓謙放棄守城逃跑。劉毅的部隊進入江陵，抓住了卞範之等人，全部殺掉了。
桓振回師，望見城中大火四起，知道江陵已經被攻陷，他所帶的部隊全部潰散，桓振自己逃到溳川。晉安帝下詔，將國家重大事件的處理權，全部交給冠軍將軍劉毅。
十六日，朝廷下令大赦，只有桓氏家族的成員不寬宥。因為當年桓沖一心忠於王室司馬家族，特別赦免了他的孫子桓胤，被遷於新安軟禁。魯宗之、毛璩兄弟等人皆有封賞。
劉懷素在石城追上馮該並把他殺了，桓謙、桓蔚、何澹之等人都逃奔去了後秦。
二月初五，東晉準備了皇帝專用的車駕依仗，去江陵迎接晉安帝，劉毅、劉道規留在夏口駐紮，何無忌陪同晉安帝東下回到京城。