當初， 毛璩聽說桓振攻陷了江陵， 便率領三萬人的部隊順長江向東進發， 準備討伐他， 派弟弟毛璦從外水出發， 譙縱、侯暉從涪水出發。
譙縱為人很是和藹謹慎， 蜀地的人都很擁戴他， 侯暉、陽昧一起逼迫譙縱為盟主， 譙縱嚴詞拒絕， 縱身投江， 被叛軍救了上來。 他們又用兵刃逼迫譙縱登上車轎， 譙縱又撲倒在地， 向大家磕頭， 堅決拒絕， 侯暉把譙縱綁在車上回軍， 在涪城襲擊毛瑾， 並把他殺了， 擁戴譙縱為涼、秦二州刺史， 譙縱眼見事已至此， 也只得依從了。
毛璩來到略城， 聽說軍中發生叛亂， 飛馬奔回成都， 派遣參軍王瓊帶兵前去討伐。 王瓊打敗了侯暉等人， 追擊他們到了綿竹， 譙縱的弟弟譙明子設了兩路伏兵等待， 大敗王瓊的軍隊， 被殺死的士兵十有八九。
益州的營戶李騰打開城門迎入譙縱的軍隊，
劉裕聽說譙縱叛變， 派毛璩的侄子， 龍驤將軍毛脩之與司馬榮期等人一起帶兵去討伐他， 抵達宕渠的時候， 司馬榮期被參軍楊承祖殺害， 毛脩之只好退回到白帝。
這邊桓振聚集了潰軍， 從鄖城發兵再次襲擊江陵， 荊州刺史司馬休之迎戰， 大敗， 逃奔襄陽， 桓振於是自稱為荊州刺史。 劉懷素從雲杜帶兵迅速趕到， 在沙橋與桓振展開決戰， 劉毅也派唐興前來助戰。
桓振內心深知已是窮途暮日， 以酒當水， 痛飲完畢， 又乘醉突擊， 晉軍眾箭齊發，
晉安帝抵達建康後， 文武百官在宮門前拜見請罪， 晉安帝下詔命令他們恢復職務。 殷仲文因為朝廷的音樂設施不完備， 報告給劉裕， 請求重建。 劉裕說：“現在沒有時間做這件事， 而且我也不懂它的原理。 ”
殷仲文說：“如果你喜歡它， 自然就懂了。 ”劉裕回答他：“正是因為懂了就會喜愛， 所以我才不去學習它。 ”
晉安帝復位後， 對司馬德文、劉裕等人都大加封賞， 劉裕堅決辭讓， 不接受這些官職， 安帝加封他錄尚書事， 他還是不接受， 幾次請求回到他的屬地去。 安帝命令文武百官一起敦促、規勸， 安帝還親自駕臨到他的府邸， 劉裕非常惶恐，
劉毅沒發跡前曾經做過劉敬宣的參軍， 當時有人認為他是一個英雄豪傑， 劉敬宣卻說：“非常之人自有胸懷和水準， 何以見得他就是人中豪傑呢？此人的性格， 外表看起來寬厚， 但心胸狹窄， 自視甚高， 總想在別人之上， 如果一旦掌握到大權， 也一定會因為犯上而招到災禍。 ”
劉毅聽說之後， 心中對劉敬宣十分懷恨。 到了朝廷任命劉敬宣為江州刺史的時候， 他認為自己並無功勞， 誠懇辭讓， 不應該在劉毅等人之前接受任命， 劉裕與劉敬宣在平定孫恩之亂的時候就結下了深厚的戰鬥情誼， 所以沒有答應他的請求。
劉毅這時派人去對劉裕說：“劉敬宣並沒有參加勤王討逆的義舉， 現在， 平亂中的勇猛之將、有功之臣還沒有論功行賞， 像劉敬宣這樣的官員， 應該讓他們靠後一些。 如果你不想忘記你們過去的情誼， 不妨給他一個員外常侍之類的的官做， 就可以了。 現在聽說授予他郡守的官職， 實在是太過於優厚了， 以後還要把江州交給他管轄，這簡直讓人感到震驚了。”
劉敬宣知道後越發感到不安，自己上表請求辭去職務，於是朝廷把他召回來做宣城內史，劉裕仍然賜給他房屋和每月三十萬的金錢資助，對他賞賜甚豐。
後來，桂陽太守章武王司馬勳因為自己的妻子是桓振的妹妹，擔心受到牽連，索性和益州刺史司馬軌之陰謀反叛，結果被殺。桓玄的餘黨桓亮、苻宏等裹挾著百姓，幾十次侵擾地方郡縣，劉毅、劉道規等人分別帶兵將他們剿滅，荊、湘、江、豫等幾個地方的局勢全部得到平安。朝廷下詔，任命劉毅為都督淮南五郡軍事，何無忌都督江東五郡軍事。
劉裕派遣使者向後秦求和，並請求歸還南鄉等幾個郡，後秦王姚興答應了他。姚興的大臣們都覺得這樣不行，姚興說：“劉裕從社會底層最卑賤的位置上發展起來，能夠誅殺桓玄，重新振興晉室，對內整頓日常政務，對外核查勘定疆土，我怎麼能為了珍惜幾個郡，就不成全他的好事呢！”於是將南鄉等十二個郡，歸還給東晉。
尚書平定勤王舉義的功勞，奏請封劉裕為豫章郡公，劉毅為南平郡公，何無忌為安成郡公，其餘的人個個加封賞賜。
殷仲文一向很有才智聲望，他認為自己應當管理朝政的，但是劉裕只安排他做了個閒散的官，所以一直覺得不得志悶悶不樂，覺得沒有實現自己的志向。後來出京做了東陽太守，更加不高興。
何無忌平時就很仰慕殷仲文的名氣，東陽又在何無忌的管轄之內，於是殷仲文答應他會順路去拜訪，何無忌非常高興，很恭敬地對待這件事情。
殷仲文因為官場失意，常常神情恍惚，所以沒有過去相見，何無忌認為他這是瞧不起自己，大為惱怒，正好這時南燕進兵侵犯，何無忌便對劉裕說：“桓胤、殷仲文這二人始終是我們的心腹大患，而北方的強盜卻不必擔心。”
沒多久，劉裕官府的將軍駱冰陰謀製造叛亂，事情被發覺後，劉裕把他殺了。於是，他們聲稱駱冰和殷仲文、桓石鬆等人在暗中互相勾結，打算擁立桓胤為盟主，所以把這些人連同他們的家族，全部殺掉了。
劉敬宣知道後越發感到不安，自己上表請求辭去職務，於是朝廷把他召回來做宣城內史，劉裕仍然賜給他房屋和每月三十萬的金錢資助，對他賞賜甚豐。
後來，桂陽太守章武王司馬勳因為自己的妻子是桓振的妹妹，擔心受到牽連，索性和益州刺史司馬軌之陰謀反叛，結果被殺。桓玄的餘黨桓亮、苻宏等裹挾著百姓，幾十次侵擾地方郡縣，劉毅、劉道規等人分別帶兵將他們剿滅，荊、湘、江、豫等幾個地方的局勢全部得到平安。朝廷下詔，任命劉毅為都督淮南五郡軍事，何無忌都督江東五郡軍事。
劉裕派遣使者向後秦求和，並請求歸還南鄉等幾個郡，後秦王姚興答應了他。姚興的大臣們都覺得這樣不行，姚興說：“劉裕從社會底層最卑賤的位置上發展起來，能夠誅殺桓玄，重新振興晉室，對內整頓日常政務，對外核查勘定疆土，我怎麼能為了珍惜幾個郡，就不成全他的好事呢！”於是將南鄉等十二個郡，歸還給東晉。
尚書平定勤王舉義的功勞，奏請封劉裕為豫章郡公，劉毅為南平郡公，何無忌為安成郡公，其餘的人個個加封賞賜。
殷仲文一向很有才智聲望，他認為自己應當管理朝政的，但是劉裕只安排他做了個閒散的官，所以一直覺得不得志悶悶不樂，覺得沒有實現自己的志向。後來出京做了東陽太守，更加不高興。
何無忌平時就很仰慕殷仲文的名氣，東陽又在何無忌的管轄之內，於是殷仲文答應他會順路去拜訪，何無忌非常高興，很恭敬地對待這件事情。
殷仲文因為官場失意，常常神情恍惚，所以沒有過去相見，何無忌認為他這是瞧不起自己，大為惱怒，正好這時南燕進兵侵犯，何無忌便對劉裕說：“桓胤、殷仲文這二人始終是我們的心腹大患，而北方的強盜卻不必擔心。”
沒多久，劉裕官府的將軍駱冰陰謀製造叛亂，事情被發覺後，劉裕把他殺了。於是，他們聲稱駱冰和殷仲文、桓石鬆等人在暗中互相勾結，打算擁立桓胤為盟主，所以把這些人連同他們的家族，全部殺掉了。