如果說《軍師聯盟1》司馬懿是從頭跪著完成自己的前半生的話！那麼第二部就完全改變這個形象了！將沒有人再壓制他！他也將振翅高飛！
歷史上的司馬懿在其子司馬昭稱王后， 追尊為晉王；其孫司馬炎稱帝后， 追尊為高祖宣皇帝， 故也稱晉高祖、晉宣帝。 這樣的一個雄偉的人在他的一生中也飽受苦難！曹操曾7次想殺司馬懿， 司馬懿為躲避入仕、自斷雙足！這樣的為人處世在歷史上也是少有！
在第二部中， 觀眾才能真正解讀到司馬懿“鷹眼狼顧”背後潛藏的奇策大略。
同時相濡以沫的夫人張氏春華先他而去， 經歷生離死別的司馬懿又會怎樣的難捨難分?冰雪聰明的柏靈筠， 是否能夠預料自己的結局?
也就是在《軍師聯盟》第二部裡， 司馬懿開始清除異己， 曹魏政權頃刻瓦解。 這就是歷史上有名的高平陵事件， 一直受排擠的司馬懿裝病引誘曹爽對自己出手， 而後一舉殲滅了曹魏勢力， 此後朝中再無一人可與司馬懿抗衡。 而司馬懿時候， 司馬師、司馬昭先後接任權力， 司馬昭的兒子司馬炎則再次基礎上建立了西晉。 《軍師聯盟》第二部劇情大概會到此結束。