明朝在全國設置兩京十三布政使司， 另外共設置16都司、5行都司、2留守司， 此外， 在政教合一的青藏地區設有烏思藏都司、朵甘都司；在東北女真部落設奴兒幹都司。
1、烏思藏都指揮使司
明朝疆域圖
簡稱“烏思藏都司”， 是明朝對今西藏除昌都地區以外的大部分地區以及錫金、不丹的最高軍政管轄機構。 明朝政府還採取“僧官制度”， 封喇嘛教僧人為衛所的指揮使、同知、通判等官。 最高僧官為法王， 任烏思藏都指揮使， 世襲。 可見西藏地區與明朝中央政府是隸屬關係， 此關係一直維持到萬曆、崇禎時期。
明朝地圖
2、朵甘都指揮使司
簡稱“朵甘都司”， 是明朝對四川省西部、雲南省西北部、青海省西南部的最高軍政管轄機構。 萬曆以後， 明朝對邊疆控制日益鬆弛， 蒙古人攻佔了整個青海草原， 朵甘都司遂廢棄。
3、奴兒幹都指揮使司
奴兒幹都司
簡稱奴兒幹都司， 明代政府設置於黑龍江、烏蘇里江、松花江流域的地方軍政機構。 永樂九年， 正式開設奴兒幹都司， 為明政府管轄黑龍江口、烏蘇里江流域的最高地方行政機構。 都司的主要官員初為流官， 後為世襲。 到萬曆年間， 奴兒幹都司轄區內增加到衛384、所24、地面7、站7、寨1， 通稱384衛。 16世紀末至17世紀初， 以努爾哈赤為首的建州女真逐漸取代了明朝對黑龍江地區的統治。