儘管有益微生物正在成為農業中的常用工具， 但是， 它們在農田利用中的有效性一直不很理想， 主要原因是受到真實世界環境的影響，
日前， 《Phytobiomes》雜誌發表了一篇綜述文章， 題為《Phytobiomes從理論到實踐：基於生態與進化方面的考慮》。 文中， 來自德克薩斯大學綜合生物系的Christine Hawkes和Elise Connor博士提出， 需要應用生態學理論來加快微生物技術研究進程。 Hawkes博士指出， 大部分農業領域應用的植物微生物組防治微生物感染的生態學方法研究因所用生態機制的不同而互不相干。
以內生真菌（endophytic fungi）為例， Hawkes和Connor博士嘗試對生態學和進化理論進行了整合， 具體內容包括：（1）應用生態位（niche）分割等過程來限制競爭性交互， 並使持續性和主要效果最大化， 並通過生態位可用性的時間變化等， 允許在分類群和儲存效用發生之前建立機制。 （2）這些生態位過程如何在農田中同時作為建立和維持微生物治療的障礙和機會。 （3）實施基於生態位的微生物群治療所面臨的障礙， 包括中和過程潛在的作用、技術問題和接種生產的擴大等。