盧循把伏兵佈置在秦淮口南岸， 命令一些老弱將士坐船向白石進發， 並聲稱全部大軍將從白石登岸作戰。
劉裕留下沈林子、徐赤特戍守南岸，
沈林子說：“賊兵這樣說， 卻不一定真這樣做， 應該多加防備。 ”劉裕說：“石頭城地勢險峻， 而且淮口的柵欄很堅固， 把你留在後方， 足可以守的住了。 ”
（沈林子的父親在孫恩之亂時做過孫恩的參軍， 因戰敗被捕處死， 沈林子的祖父被同宗告發， 於是他的祖父和四位叔父都被處死， 沈林子因為和兄弟藏身山中， 才倖免於難。 此後孫恩再度侵擾三吳地區， 參與討伐的東晉將領都放縱部下四處擄掠， 唯獨劉裕軍紀嚴明， 沈林子特地去向劉裕自首。 劉裕被他感動， 就將他們一家帶到京口接濟他們， 從此沈林子兄弟便跟隨劉裕征戰南北並深得器重。
幾天後， 盧循火燒查浦， 進步來到張侯橋， 徐赤特準備迎戰， 沈林子勸阻道：“賊兵聲稱去了白石， 卻幾次來到這裡挑戰， 他們的險惡用心， 我們可以猜到。 我們的軍隊人少無法抵抗， 不如堅守險要， 等待大軍回來。 ”
徐赤特卻不肯聽從， 執意出兵交戰， 敵人的伏兵突然出現， 徐赤特被打得大敗， 乘著一條船逃往秦淮河北岸。 沈林子及劉鐘據守柵欄奮力作戰， 朱齡石又率軍趕來相救， 敵軍才撤了回去。
盧循帶著一支精銳部隊急進， 到達丹陽郡， 劉裕率著幾路部隊立即趕回石頭， 將徐赤特斬首， 修整了很長一段時間， 才帶兵到南塘列開戰陣。
東晉判將司馬國璠、司馬叔璠、司馬叔道一起投奔後秦。 後秦王姚興說：“劉裕剛剛剿滅了桓玄，
他們回答說：“劉裕不遺餘力地削弱王室的力量， 我們宗族之中如果有自己發奮成才的人， 常常都被劉裕除掉， 他這樣是為國家製造禍患， 甚至比桓玄還厲害。 ”姚興於是任命司馬國璠為揚州刺史， 司馬叔道為交州刺史。
盧循進犯了掠奪了幾個縣， 什麼也沒有搶到， 便對徐道覆說：“軍隊出來的時間太長， 已經疲憊不堪， 我看不如回到尋陽， 合力攻取荊州， 這樣， 我們佔據了三分之二的天下， 就可以慢慢地再與建康的政權爭強鬥勝了。 ”於是秋季， 盧循從蔡洲向南撤退回尋陽， 留下部將範崇民帶領五千人據守南陵。 劉裕派王仲德、劉鐘等人帶兵追擊盧循。
劉裕回到東府後， 大規模建設水軍， 他派孫處、沈田子率領三千人從海上繞道， 前去襲擊番禺。 沈田子是沈林子的哥哥， 大家都認為海上行軍艱難遙遠， 要抵達那裡是一件很難完成的任務， 而且分出現有兵力去進攻廣州， 也不是當務之急。
劉裕卻不肯聽從， 命令孫處說：“朝廷的大部隊在十二月初一定會打敗賊兵， 你到那個時候， 首先要把他們的老窩搗毀， 讓他們逃跑也無家可歸。 ”
西蜀的譙縱見東晉大亂， 連忙派遣使者去後秦請求出兵共同討伐東晉， 隨後任命桓謙為荊州刺史， 譙道福為梁州刺史， 率領二萬人進犯荊州， 姚興派遣苟林率領騎兵和他們會合互相接應。
江陵城自從盧循東下之後， 便再也沒有得到京城建康的消息， 因此一群群的強盜蜂擁而起， 荊州刺史劉道規派遣王鎮之、檀道濟等人帶兵去救援京都建康。
王鎮之到達尋陽， 被後秦將軍苟林打敗。 盧循聽到了這個消息， 任命苟林為南蠻校尉， 分出一些兵交給他統轄， 讓他乘勝討伐江陵， 並對外聲稱徐道覆已經攻克了建康。
桓謙駐紮在枝江，苟林屯駐在江津，這兩夥軍隊交相逼迫，使江陵城中很多士人百姓都在心中做好了另外的打算。
守將劉道規把將士們集合在一起，對他們說：“桓氏家族世代經營江荊之地，桓謙現在就在附近，聽說你們很多人都有去投靠他的打算，我們這些從東部過來任職的文武官員足以應付各種事變，如果有打算去的人，我絕不禁止。”於是，下令當夜打開城門，一直到早晨也沒有關閉，眾人對他又怕又服，沒有人離去。
雍州刺史魯宗之率領幾千人從襄陽趕赴江陵，有人說，魯宗之的意圖還不可預料，但劉道規卻單人匹馬前去相迎，魯宗之既感動又高興。劉道規請魯宗之留在這裡堅守，把他當做心腹之人，自己則統率軍隊去進攻桓謙。
將領們勸他說：“這次您到這麼遠的地方去討伐桓謙，能否勝利還很難預料。苟林就在附近的江津，等待著我們的動靜，如果他來攻打這座城，魯宗之也不一定能守住，一旦有什麼閃失挫折，那麼，我們的處境就很糟糕了。”
劉道規說：“苟林此人愚蠢懦弱，沒有什麼計謀，他以為我離開得不遠，一定不敢前來攻城。我這次進攻桓謙，一到那裡就可以獲勝，就在敵人猶豫不決的時候，我都已經回來了。桓謙一旦失敗，那麼苟林便會被嚇破膽了，哪裡還有閒心到這裡來！況且魯宗之獨自率兵在這裡堅守，難道幾天都支持不了！”
於是劉道規火速進軍攻擊桓謙，水軍、陸軍同時發動。桓謙出動了幾乎所有的水師船隊，用步兵騎兵互相配合，雙方在枝江會戰。
檀道濟搶先衝鋒陷陣，桓謙的軍隊大敗，他坐著一條船逃走去投奔苟林，劉道規追上把他殺了。他們又回軍到達湧口，進攻苟林，苟林見勢不妙逃跑，劉道規派遣劉遵率人前去追擊，劉遵追到巴陵斬殺了苟林。
當初，桓謙抵達枝江時，江陵的各階層百姓，都給桓謙寫信，告訴他城內的情況，打算在桓謙攻城時做內應，劉道規在桓謙大營中搜到了這些信，他卻命令人把信全部燒了，一封也不看，江陵的百姓從此心服口服，人心非常安定。
庾悅任用虞丘進為前鋒，幾次打敗盧循的部隊，並開進到豫章駐守，切斷了盧循的運糧通道。
桓溫的侄子桓石綏因為盧循的進犯，自己也在洛口拉起一支隊伍，自稱為荊州刺史和王天恩一起攻佔了西城。傅韶派兒子傅弘之征討他們，把他們全殺了，桓氏家族從此徹底滅絕。
劉毅一再要求帶兵追擊盧循，王誕偷偷地對劉裕說：“劉毅既然戰敗，喪失了隊伍和權力，就不應該再讓他立功了。”劉裕接受了這個建議，親自率領劉藩、檀韶、劉敬宣等向南進軍攻打盧循，任命劉毅留守，把後方的雜事全交給了他。
桓謙駐紮在枝江，苟林屯駐在江津，這兩夥軍隊交相逼迫，使江陵城中很多士人百姓都在心中做好了另外的打算。
守將劉道規把將士們集合在一起，對他們說：“桓氏家族世代經營江荊之地，桓謙現在就在附近，聽說你們很多人都有去投靠他的打算，我們這些從東部過來任職的文武官員足以應付各種事變，如果有打算去的人，我絕不禁止。”於是，下令當夜打開城門，一直到早晨也沒有關閉，眾人對他又怕又服，沒有人離去。
雍州刺史魯宗之率領幾千人從襄陽趕赴江陵，有人說，魯宗之的意圖還不可預料，但劉道規卻單人匹馬前去相迎，魯宗之既感動又高興。劉道規請魯宗之留在這裡堅守，把他當做心腹之人，自己則統率軍隊去進攻桓謙。
將領們勸他說：“這次您到這麼遠的地方去討伐桓謙，能否勝利還很難預料。苟林就在附近的江津，等待著我們的動靜，如果他來攻打這座城，魯宗之也不一定能守住，一旦有什麼閃失挫折，那麼，我們的處境就很糟糕了。”
劉道規說：“苟林此人愚蠢懦弱，沒有什麼計謀，他以為我離開得不遠，一定不敢前來攻城。我這次進攻桓謙，一到那裡就可以獲勝，就在敵人猶豫不決的時候，我都已經回來了。桓謙一旦失敗，那麼苟林便會被嚇破膽了，哪裡還有閒心到這裡來！況且魯宗之獨自率兵在這裡堅守，難道幾天都支持不了！”
於是劉道規火速進軍攻擊桓謙，水軍、陸軍同時發動。桓謙出動了幾乎所有的水師船隊，用步兵騎兵互相配合，雙方在枝江會戰。
檀道濟搶先衝鋒陷陣，桓謙的軍隊大敗，他坐著一條船逃走去投奔苟林，劉道規追上把他殺了。他們又回軍到達湧口，進攻苟林，苟林見勢不妙逃跑，劉道規派遣劉遵率人前去追擊，劉遵追到巴陵斬殺了苟林。
當初，桓謙抵達枝江時，江陵的各階層百姓，都給桓謙寫信，告訴他城內的情況，打算在桓謙攻城時做內應，劉道規在桓謙大營中搜到了這些信，他卻命令人把信全部燒了，一封也不看，江陵的百姓從此心服口服，人心非常安定。
庾悅任用虞丘進為前鋒，幾次打敗盧循的部隊，並開進到豫章駐守，切斷了盧循的運糧通道。
桓溫的侄子桓石綏因為盧循的進犯，自己也在洛口拉起一支隊伍，自稱為荊州刺史和王天恩一起攻佔了西城。傅韶派兒子傅弘之征討他們，把他們全殺了，桓氏家族從此徹底滅絕。
劉毅一再要求帶兵追擊盧循，王誕偷偷地對劉裕說：“劉毅既然戰敗，喪失了隊伍和權力，就不應該再讓他立功了。”劉裕接受了這個建議，親自率領劉藩、檀韶、劉敬宣等向南進軍攻打盧循，任命劉毅留守，把後方的雜事全交給了他。