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新生兒破傷風應與低鈣性抽搐、腦損傷及嬰兒痙攣症相鑒別。 低鈣抽搐無不潔斷臍或護理不當史， 無苦笑面容、牙關緊閉， 兩次抽搐之間肌張力正常， 血鈣降低至2mmol/L幾以下。 腦損傷其母有難產史， 雖有抽搐搜集整理， 但無牙關緊閉和苦笑面容， 常呈抑制或興奮狀態， 前囟隆起。 此外還應與下面幾種鑒別診斷。
1、化膿性腦膜炎：雖有角弓反張， 項背強直等症狀， 但無陣發性肌肉抽搐， 患者顱內壓增高， 伴有劇烈頭痛， 噴射性嘔吐， 高熱， 嗜睡等， 腦脊液檢查可作出鑒別。
2、狂犬病：多有被狂犬， 貓咬傷史， 以吞咽肌抽搐為主， 而產生臨床上所稱的恐水症， 膈肌收縮， 產生大聲呃逆如犬吠之聲。
3、嬰兒痙攣症：是嬰幼兒時期所特有的一種嚴重的癲癇發作形式， 以痙攣發作、智慧障礙、腦電圖高峰節律紊亂為特點。
4、新生兒驚厥：不一定在4～8天發病， 一般無口撮唇緊， 面呈苦笑等表現， 有多種病因引起， 可查出原發疾病。
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