《雲蕉館紀談》中記載這樣一個故事：說朱元璋登基稱帝后， 想要擴建南京城， 可是當時國庫空虛， 拿不出錢財。 這時， 沈萬三自告奮勇， 表示願意出一半的工程款， 還與朱元璋約定， 同時開工， 看誰建得快， 建得好。 結果最後， 沈萬三比朱元璋快三日完成任務。 朱元璋設下酒宴犒勞他， 心裡卻不痛快， 畢竟你一個小百姓竟然勝過我皇帝。 最後找了個理由， 說沈萬三用茅山石為心， 有謀反之心， 將其斬殺， 並將全部財產充公。
我個人認為這個故事聽聽也就罷了， 千萬別當真， 不足為信。
《明史》關於沈萬三， 有這樣一段記載：
“洪武時， 蘇州富民沈秀者助築都城三分之一， 請稿軍， 帝忍曰：匹夫稿天下之軍亂民也， 宜誅之。 後諫曰：妾聞法者， 誅不法場也， 非以誅不祥。 民富敵國， 民自不祥。 不祥之民， 天將災之， 陛下何誅焉!’乃釋秀， 戌雲南。 ”
（《明史·馬後傳》）
意思是說， 洪武年間， 蘇州有個富民叫做沈秀，
關於沈萬三的記述， 還有另外一種說法。 乾隆年間編纂的《吳江縣誌》記載：
“張士誠據吳時萬三已死， 二子茂、旺秘從海道運米至燕京”。
（《吳江縣誌》）
意思是說張士誠占據稱吳王時， 沈萬三已經去世了， 兩個兒子， 一個沈茂， 一個沈旺從海上運米到燕京。
據說《吳江縣誌》材料來源於莫旦撰寫的《吳江志》。 這莫家可是和沈家是兒女親家， 莫旦說的話， 應該是可靠的， 故而《吳江縣誌》的編纂者最後採用了他的說法。 但是當時正史卻說沈萬三被朱元璋流放， 他們自然不敢推翻， 所以在後面加上一段注釋：莫旦說張士誠佔領吳會的時候沈萬三早已經死了， 但《明史》裡又說沈萬三幫高皇帝（朱元璋）修南京城， 請求犒勞軍隊， 被高皇帝抄家流放，
《明史》是清朝人編寫的。 前面我們說過朱元璋火燒慶功樓， 朱元璋用蒸鵝毒死徐達之事， 都是滿清政府為了妖魔化朱元璋而故意捏造出來的， 因此我對沈萬三因為要犒勞軍隊而被朱元璋流放之事比較懷疑。 我個人認為莫旦之言比較可靠， 沈萬三乃是元朝人， 在朱元璋建國前已經去世。