按照陳壽在《三國志》裡的說法， 司馬遷之所以會被漢武帝閹割， 其實是因為兩件事。 《三國志·魏書·王肅傳》這樣記載：“漢武帝聞其述史記， 取孝景及己本紀覽之， 於是大怒， 削而投之。 於今此兩紀有錄無書。 後遭李陵事， 遂下遷蠶室。 此為隱切在孝武， 而不在於史遷也。 ”
太史公司馬遷
第一件事說的是， 司馬遷在編寫《史記》過程中， 漢武帝聽說了這件事， 於是讓司馬遷把他父親漢景帝和他自己的傳記拿來看。 結果看完之後， 漢武帝大怒， 認為司馬遷在書中對他和他父親的描述有詆毀之詞， 相當的不敬， 於是他讓人削去竹簡上的文字， 然後丟掉了竹簡。
漢武帝劉徹
至於司馬遷到底如何詆毀漢景帝和漢武帝的， 今天已經沒人知道了， 因為流傳至今的《史記》版本裡確實沒有漢景帝和漢武帝的本紀。 司馬遷在這件事情上嚴重的得罪了漢武帝， 因此漢武帝一直在尋找機會報復司馬遷， 直到李陵事件的發生。
與司馬遷被閹割相關的第二件事就是李陵投降匈奴事件， 這件事直接導致了司馬遷被判處死刑。
李陵是飛將軍李廣的孫子， 李廣當年就曾多次與匈奴作戰， 戰功顯赫。 李陵的叔父也曾經追隨驃騎將軍霍去病征戰漠北，
飛將軍李廣
雖然李陵有顯赫的家庭背景， 但是李陵本人的實戰經驗並不豐富。 早年間， 他曾經帶領八百騎兵越過居延海，
漢武帝天漢年間， 漢朝與匈奴關係再度惡化， 先是以蘇武為首的漢朝使團被匈奴扣留， 後來漢朝對車師用兵又遭到匈奴阻撓， 於是漢武帝命令貳師將軍李廣利出兵攻打匈奴。 鑒於李陵戰爭經驗比較缺乏， 漢武帝僅安排他為李廣利部隊做後勤工作。
被匈奴扣留的蘇武在北海牧羊
但是李陵年輕氣盛， 主動要求帶領自己訓練的五千士卒與匈奴交戰。 漢武帝同意了李陵的請求。 然而， 由於沒有軍馬， 李陵只能率領五千步兵深入沙漠。 在阿爾泰山附近， 孤軍深入的李陵與匈奴單于帶領的三萬騎兵遭遇。
雙方交戰之下， 匈奴軍隊損失數千人。 單于大驚， 連忙召集附近的軍隊一起參戰， 匈奴騎兵達到了八萬人。 李陵寡不敵眾， 節節敗退， 最終被匈奴軍隊包圍， 五千軍隊僅有四百多人突圍成功， 李陵被俘， 隨後投降了匈奴。
連環畫裡的李陵
這一仗的失利，李陵當然有責任，但是漢武帝輕敵導致的決策失誤也是戰爭失利的重要原因。
李陵降敵的消息傳回長安，漢武帝震怒，他寧願看到李陵壯烈殉國，也不願意看到他被俘投敵，大漢帝國顏面掃地。朝廷上，群臣也議論紛紛，都認為李陵叛國有罪，應該誅滅其家族。這時司馬遷站出來替李陵說公道話，他認為，李陵儘管降敵，但是他在這次戰鬥中以五千士兵對抗強敵的情況下，尚能殺死一萬多匈奴兵，已經很了不起了。他最終兵敗是因為弓箭等武器都用光了，而援兵遲遲不到才導致的。考慮到李陵以往的表現，司馬遷覺得李陵應該是假意投降，最終會尋找機會回歸漢朝。
傳說楊令公最終撞死在李陵碑上
漢武帝聽司馬遷這麼說，更加惱怒，他覺得司馬遷替李陵出頭的目的是詆毀貳師將軍李廣利的功績，進而指責他本人用人不當。原先他就覺得司馬遷在《史記》裡對自己有所詆毀，如今李陵事件讓他對司馬遷更加惱怒，於是他命人將司馬遷投入大牢，以欺君的罪名判處他死刑。
在漢朝，如果一個人被判處死刑，有兩種方法可以免死，一種方法是上交五十萬錢作為贖命的錢，另一種方法就是接受閹割，司馬遷沒錢，只好接受閹割。
後人常將李陵與蘇武做對比
儘管為了完成《史記》司馬遷被迫接受閹割，但是他自己也認為這是奇恥大辱，在給朋友的書信中，他這樣寫道：“禍莫憯於欲利，悲莫痛於傷心，行莫醜於辱先，而詬莫大於宮刑。刑餘之人無所比數非一世也。”
最後說說李陵吧，他投敵後不久，有人向漢武帝誣告李陵在幫匈奴人練兵，漢武帝於是下令處死李陵整個家族，李陵從此心灰意冷，在異國終老。
隨後投降了匈奴。
連環畫裡的李陵
這一仗的失利，李陵當然有責任，但是漢武帝輕敵導致的決策失誤也是戰爭失利的重要原因。
李陵降敵的消息傳回長安，漢武帝震怒，他寧願看到李陵壯烈殉國，也不願意看到他被俘投敵，大漢帝國顏面掃地。朝廷上，群臣也議論紛紛，都認為李陵叛國有罪，應該誅滅其家族。這時司馬遷站出來替李陵說公道話，他認為，李陵儘管降敵，但是他在這次戰鬥中以五千士兵對抗強敵的情況下，尚能殺死一萬多匈奴兵，已經很了不起了。他最終兵敗是因為弓箭等武器都用光了，而援兵遲遲不到才導致的。考慮到李陵以往的表現，司馬遷覺得李陵應該是假意投降，最終會尋找機會回歸漢朝。
傳說楊令公最終撞死在李陵碑上
漢武帝聽司馬遷這麼說，更加惱怒，他覺得司馬遷替李陵出頭的目的是詆毀貳師將軍李廣利的功績，進而指責他本人用人不當。原先他就覺得司馬遷在《史記》裡對自己有所詆毀，如今李陵事件讓他對司馬遷更加惱怒，於是他命人將司馬遷投入大牢，以欺君的罪名判處他死刑。
在漢朝，如果一個人被判處死刑，有兩種方法可以免死，一種方法是上交五十萬錢作為贖命的錢，另一種方法就是接受閹割，司馬遷沒錢，只好接受閹割。
後人常將李陵與蘇武做對比
儘管為了完成《史記》司馬遷被迫接受閹割，但是他自己也認為這是奇恥大辱，在給朋友的書信中，他這樣寫道：“禍莫憯於欲利，悲莫痛於傷心，行莫醜於辱先，而詬莫大於宮刑。刑餘之人無所比數非一世也。”
最後說說李陵吧，他投敵後不久，有人向漢武帝誣告李陵在幫匈奴人練兵，漢武帝於是下令處死李陵整個家族，李陵從此心灰意冷，在異國終老。