明朝建立初期， 職官設置沿襲元朝， 中央以中書省、都督府、禦史台分掌行政、軍事、監察。 後來朱元璋撤銷中書省， 並規定永不設丞相， 把一切政務統歸六部， 由皇帝直接轄制。 因政務繁多， 朱元璋從翰林院等文翰機關指派官員加殿閣大學士銜， 協助皇帝閱看奏章、草擬詔旨。 這便是內閣的雛形。
嘉靖以後， 大學士則“朝位班次， 俱列六部之上”， 儼然是宰相之職。 但翰林學士僅為五品官， 於是對內閣大學士多加六部尚書、侍郎等銜， 以提高其地位， 實際並不真管該部事務。 凡大學士兼六部尚書者， 一般尊稱為“閣部”。
比如張居正的官職， 他是太師太傅、中極殿大學士、上柱國， 內閣首輔。 太師和太傅都是正一品， 大學士只是五品官， 而上柱國更是榮譽頭銜。
內閣就比較特殊了， 它雖然實職上是明朝最高的行政部門， 但名義上卻不是， 六部也不是它的下屬部門， 它比較像皇帝的智囊團， 最有權力的智囊團。
內閣的權力的體現在“票擬”上， 也就是代替皇帝對奏摺提出意見， 經皇帝批准後交六部辦理。 但內閣對皇帝“不合理”的詔旨， 可以拒絕草擬， 封還執奏。 皇帝不滿內閣意見發回重擬時， 如果內閣認為自己的意見正確， 可以拒絕重擬， 以原票封進。
但最終還是要皇帝的“披紅”， 皇帝把“披紅”的權力交給了司禮監的秉筆太監， 這也是太監權力的主要體現。
朱元璋廢除中書省後， 六部尚書實際上成為朝廷的最高的行政長官， 其品位也由正三品升為正二品。 其副職叫侍郎。
都察院是明朝中央的司法監察機構， 明朝院、部權並重， 院長官都禦史與尚書平級， 為正二品。
內閣和六部並沒有統屬關係， 六部尚書完全可以不鳥內閣大臣。
地方上則以承宣佈政使為明省級行政長官， 明朝全國設有13個布政使司。 巡撫一職最初只是臨時性官職， 但後面慢慢變成了常設， 成為一省最高行政長官。
軍事方面主要有兵部和五軍都督府。 兵部有出兵之令而無統兵之權；五軍都督府掌統兵之權， 轄管各衛所衛軍， 而無出兵之令， 且五軍都督府沒有軍兵。 兵部尚書是正二品， 文職；五軍都督府左、右都督為正一品， 武職。
文官的三師為正一品， 三孤為從一品， 太子三師為從一品， 以上官員雖然位尊，
官職體系大概就這樣， 我們來看看毛文龍的官職：
天啟二年（1622年）六月， 升為平遼總兵官， 掛征虜前將軍印
天啟三年（1623年）二月， 賜尚方劍， 加都督僉事銜
天啟四年（1624年）朝廷升其為太子太保、左都督
太子太保為三師之一，
文職正一品，
左都督為武職正一品，
雖然都是虛職，
可實打實的文武都是正一品，
而且還有尚方劍。
至於袁崇煥的官職則為兵部尚書兼右副都禦史， 督師薊﹑遼， 兼督登﹑萊﹑天津軍務。 兵部尚書正二品， 雖然兵部和五軍都督府的權力相當， 但品級畢竟差了一些。 右副都禦史是正三品， 督師並不是正式的官名， 可以看作是一個臨時工作小組， 就是總督薊﹑遼， 兼督登﹑萊﹑天津軍務。
這樣算下來，袁崇煥以正二品的文職矯詔殺了文武職都是正一品，而且還有尚方劍的毛文龍的確是逾越。毛文龍不是他的下屬，嚴格說起來還是他的領導。
這樣算下來，袁崇煥以正二品的文職矯詔殺了文武職都是正一品，而且還有尚方劍的毛文龍的確是逾越。毛文龍不是他的下屬，嚴格說起來還是他的領導。