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一、造血幹細胞缺陷
這一因素主要是造血幹細胞發生異常或者是減少，
後者表現的更為明顯，
這也是導致再障貧血的原因中最為突出和明顯的，
通過長期的培養起始細胞明顯減少或缺少即可證明;同時染色體發生異常，
導致幹細胞出現品質缺陷也會引起發病。
二、造血微環境缺陷
這一原因主要是來源於動物的模擬實驗， 但是人類尚未發現這樣的基因缺陷， 因此這一方法尚難定論。 患者在接受過異基因的幹細胞移植後， 會轉換為供者型， 但造血微環境的基礎骨髓基質仍然是接受者的類型。
三、免疫功能紊亂
通過研究發現， 在導致再障貧血的原因中， 該因素也是其中之一。