司馬遷的史記中認為秦始皇並不是秦莊襄王的親生兒子， 而是呂不韋的。 後來的史家也都沿用這個說法(例如司馬光《資治通鑒》)。 到明朝時， 有幾位學者對此表示懷疑， 認為這或者是呂不韋編造出來保護自己的， 或者是秦始皇的仇家捏造出來洩憤的。 現代的史學家有的認為這個說法不可信， 有的認為司馬遷的記述不可能空穴來風， 於是秦始皇生父是誰， 就成了一個謎。
據《史記·呂不韋列傳》記載， 秦始皇的母親趙姬原是呂不韋的姬妾， 呂不韋出於政治目的將已懷孕的趙姬獻給異人(即秦莊襄王)，
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《史記·秦始皇本紀》記載， “秦始皇帝者， 秦莊襄王子也。 莊襄王為秦質子于趙， 見呂不韋姬， 悅而取之， 生始皇。 ”作為一個並不受寵愛的質子的兒子， 趙政少年時期是在趙國都城邯鄲度過的， 此時異人經呂不韋從中斡旋已然回到秦國，
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對於秦始皇來說， 最熟悉的女性莫過於母親了。 在秦始皇4歲的時候，
秦蠃政當政做了始皇， 理當是趙姬輝煌之時， 可是嬴政正式行了冠禮後， 他的母親帝太后趙姬卻被驅逐出咸陽， 遷居到雍城軟禁至死。
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秦始皇殺死的趙姬與嫪毐生的那倆孩子具體年齡正史沒有記載， 野史傳言小的還未滿歲， 大的可能才5到8歲的樣子。
嫪毐本是受相邦呂不韋之托為偽宦官入宮， 與秦始皇之母太后趙姬私通， 因而倍受寵信， 被封為長信侯， 並自稱是秦王的“繼父”。 後來因事情敗露， 發動叛亂失敗而被秦始皇處以極刑， 車裂而死。