袁世凱死後， 北洋集團迅速瓦解， 分化出了皖系、直系和奉系三個勢力最強的軍閥。 在剛開始的時候， 皖系的勢力最大， 因為其首領段祺瑞是安徽人， 故稱之為皖系。 皖系軍閥的主要將領包括靳雲鵬、徐樹錚、盧永祥等。
袁世凱當政期間， 段祺瑞曾一度代理國務總理並長期出任陸軍總長一職， 獨攬軍權， 後來因為聲望日隆受到袁世凱的猜忌， 逐漸被邊緣化。 袁世凱死後， 被架空的段祺瑞東山再起重新擔任了國務總理兼陸軍總長， 並以北洋集團中僅次於袁世凱的二號人物在內部網羅各方力量。
在全國的各省中， 皖、魯、浙、滬、閩等地方軍閥都是段祺瑞的鐵杆嫡系， 而晉系的閻錫山、川系的劉存厚在政治上也甘願追隨段祺瑞， 這些軍政勢力以段祺瑞為核心， 逐漸形成了一支獨立的軍閥勢力——皖系。
1916年到1920年的四年多時間內， 皖系控制著北京政府， 掌控陝西、山西、安徽、山東、浙江、福建、甘肅、新疆等省份以及熱河、察哈爾、淞滬所轄區域。 而皖系直接掌控的軍隊為9個師和14個混成旅， 此外， 皖系所屬的地方兵力還有2個師、2個暫編師、1個旅、7個混成旅， 以及一個安武軍和一個定武軍， 如此雄厚的勢力加上外部還有日本的支持，
段祺瑞控制北京政府期間， 政局混亂， 先後出現了“府院之爭”、“張勳復辟”、“護法運動”、“五四運動”等鬥爭。 張勳復辟失敗後， 直系首領馮國璋出任代理大總統， 直系的勢力也開始染指和掌控北京政府， 皖系和直系的暗中較勁便開始了。
為了擴大地盤和增強實力， 段祺瑞還組建了西北邊防軍， 由皖系得力幹將徐樹錚親領， 為皖系開闢新疆、蒙古等新地盤。
政治上， 皖系奉行的是親日賣國的外交政策， 1919年的五四愛國運動使皖系主導的北京政府聲名狼藉。 此外， 段祺瑞還通過收買政客， 組成“安福國會”操縱選舉， 將馮國璋拉下馬， 把徐世昌推上了總統寶座供其操控。 在政治鬥爭中， 皖、直的矛盾隨著馮國璋的下臺日益加劇。
1920年， 皖系與直系爆發了直皖戰爭， 段祺瑞組建了5個師和1個混成旅的定國軍參加戰鬥， 但是由於奉系的加入， 直奉實力壓倒了皖系， 這場戰爭只持續了幾天時間， 段祺瑞一手打造的皖系便被打敗了， 戰敗後皖系的軍隊被直系收編，
經過直皖戰爭後， 直系的實力大增， 從而成為新的霸主， 不過直系的日子過得也不舒坦， 由於篇幅有限， 關於直系的是是非非下次再單獨和各位閒聊。