那些身穿長袍的教士， 不由分說地駁斥異端， 不分輕重地判處極刑， 不恤老弱地刑訊鞭笞， 一切敢於挑戰權威的人， 都會被送上絞架或火柱。
這是對宗教裁判所的描繪， 自從392年天主教成為羅馬帝國的國教以來， 教會通過組織農業生產和商業貿易活動， 以及各種宗教儀式滲透到社會日常生活的方方面面。
天主教以教誨和修道院對整個社會的教育壟斷了幾個世紀之久，
其不僅引導著社會價值觀的趨向，
並從社會的統治者發展到了精神世界的控制者，
並用精神控制強化對社會的控制。
神聖羅馬帝國皇帝亨利四世前往卡諾莎城堡懇求得到教皇的寬恕
最終， 教皇可以與歐洲君主一較長短：格列高裡七世（Pope Gregory Ⅶ）進行了一系列提升教皇地位的努力， 並逼得德皇亨利四世（Heinrich IV）跪在雪地裡三天三夜；烏爾邦二世（Pope UrbanⅡ）憑他的三寸不爛之舌挑起了第一次十字軍東征，
然而縱使是英諾森三世也得打足精神對付異端， 面對這些與正統天主教思想不同的異端們， 英諾森三世選擇了殘酷的鎮壓， 由此形成的傳統則長久地在歷史上發揮影響。 其侄子、繼任教皇的格列高利九世（Pope Gregory IX）創辦了宗教裁判所（inquisition）， 並宣稱迫害異教徒是教廷的職責之一。 而英諾森三世創立的用火刑燒死異教徒的做法也被沿襲了下來， 火刑柱後來成為無數堅持真理不盲從教廷的志士的殉難標誌。
值得注意的是， 美國學者E.彼得斯指出， “宗教裁判所”這一程式的創立本意是維持社會秩序，
而在宗教世界看來， 異端們只是離群的迷途羔羊， 主教有責任按照耶穌基督的教誨把他們帶回正途。 但是， 一旦那些審判法官確定， 某只“羔羊的離群”是出於故意， 宗教裁判所就只能“別無選擇”地將不知悔改和頑固不化的異端分子予以毀滅。
異端分子會被視為危及這個政治宗教體系穩定的不良因素？畢竟教皇的權威就是建立在民眾信仰的基礎上， 且無可替代。
英諾森三世面對政敵， 僅用革除教籍一招就能讓一國君王失去民主的支持， 不嚴格控制民眾的思想， 讓他們對天主教產生懷疑， 教會的權威還能保持嗎？所以為了威脅和強迫異端們回歸“正宗信仰”的軌道， 告密、秘密檔案、隨意的缺乏確鑿證據的逮捕、連同恐怖的火焚和嚴刑，
宗教裁判所也曾被天主教會用以對付宗教改革家。
1415年康斯坦茨公會議將威克裡夫定罪焚屍，
胡斯及其門人也被判處火刑。
16世紀以後不少進步科學家、思想家如布魯諾、伽利略等，
因其科學發現與教會傳統觀念相抵觸，
且絕不悔改，
成為了宗教裁判所的犧牲者。
但這無法阻擋歷史的車輪，當理性信仰逐漸取代了對宗教權威的盲目崇拜，宗教改革在西歐爆發了。
對異端的打擊沒能保住教會的權威，教會卻不會放棄。
1908年，教皇庇護十世（Pope Pius）把羅馬最高裁判所改為聖職部（Holy Office），其主要職能依舊是“監視和處罰”參加過激活動的教徒，查禁各種極端書刊。
但這無法阻擋歷史的車輪，當理性信仰逐漸取代了對宗教權威的盲目崇拜，宗教改革在西歐爆發了。
對異端的打擊沒能保住教會的權威，教會卻不會放棄。
1908年，教皇庇護十世（Pope Pius）把羅馬最高裁判所改為聖職部（Holy Office），其主要職能依舊是“監視和處罰”參加過激活動的教徒，查禁各種極端書刊。