在同治九年， 又發生了兩江總督、封疆大吏馬新貽被刺的要案， 真是朝野震驚， 舉國傾注。 事情發生在同治九年七月二十六日上午， 馬新貽校場閱兵完畢， 返回督署的路上， 為刺客張文祥所殺。 刺客並不逃走， 高喊：“刺客是我張文祥！”讓那班怕死的衛士捉拿。 這個案子發生後， 清廷十分驚恐， 知道此案涉及封疆大臣的內幕褻聞， 於臉面上大不光彩。 因此， 只能掩蓋矛盾， 粉飾門面。 慈禧太后為了維繫她搖搖欲墜的統治， 親自出面處理此案。 把正在天津處理教案的大員 曾國藩， 調來審理這個案件。 又在曾國藩出發前夕，
"刺馬案"之所以成為"清末四大奇案"之一， 主要是它的審案過程比較離奇， 不僅措辭含混， 而且曾國藩一直阻撓查清真相。
據《清史稿》等史料記載， 馬新貽很能幹， "民意調查"評價也很高。 在他死後， 安慶、海塘、杭州等地都建祠紀念他。 而南京本地民眾為了紀念他， 將他曾經住過的一條街改名，
在正史上， 馬新貽的確是個不錯的好官。 當時官方的結案版本中， 也沒有說出馬新貽的"不"字。 之所以最後演變成了清末四大奇案， 都因為此案的審理過程實在是太奇怪。 在審案過程中， 案犯張文祥供詞閃爍， 主審大員奏案含糊， 一拖半年之久都不能結案。 清廷為此連發四道諭旨， 要審出行刺的緣由以及是否有人主使--當時顯然已經懷疑非張文祥一人所為。
張文祥在刺馬現場未能逃脫， 被抓了起來。 首先由江甯將軍魁玉和藩司梅啟照等人審訊， 但所奏不過是案犯"言詞閃爍"、"一味支離"等話。 朝廷先後加派漕運總督張之萬、刑部尚書鄭敦謹赴江寧審案， 同時敦促曾國藩急任兩江總督主持大局，
"當時審判官員上報給朝廷的張文祥的殺人動機， 是因為馬新貽在浙江當巡撫時打擊過當地海盜， 張文祥就是當時的打擊物件， 他是為了報復而行刺馬新貽。 "郭老師介紹說。 當時對張文祥量刑非常殘酷， 除了"按謀反大逆律問擬， 擬以淩遲處死"外， 又增加了一條"摘心致祭"。 但奇怪的是， 結案文書中， 行文時竟用"尚屬可信"四字， 這表明雖然開始清廷還有所斥責， 但後來也不得不接受。
兩江總督馬新貽被刺後， 他的墓誌銘是這樣寫的：“賊悍且狡， 非酷刑不能得實， 而叛逆遺孽刺殺我大臣， 非律所有， 宜以經斷用重典， 使天下有所畏懼， 而獄巳具且奏！衣言遂不書‘諾嗚呼！衣言之所以力爭，
最後， 清政府給張文祥定的罪是 “私通海盜”， 並處以剖心淩遲。
關於此案， 民間坊言更是眾 說紛紜。 “刺馬案”距今已有138年， 到現在這宗刺殺案依舊 真相難覓。
據刺客供稱， 他叫張文祥， 46歲， 河南人。 道光二十九年（1849年）南下寧波販賣氊帽， 當過四年太平軍， 其間救過一個叫時金 彪的清軍俘虜。 後來看到太平軍勢力不支， 與時金彪趁機逃出， 輾轉 回到寧波， 與南田海盜團夥往來親密。 他交代的殺人動機有三點：一是他回到寧波後發現自己的老婆和錢財被一個叫吳炳燮的霸佔了， 於是找到時任浙江巡撫的馬新賠攔轎喊冤， 馬未受理。 他只好到寧波府 告狀， 雖然要回了妻子， 但是錢沒有追回來，
這份供詞漏洞百出， 卻是官方認可的定讞， 白紙黑字， 簽字畫押， 尚存於臺北故宮博物院。
張文祥刺馬不惜性命處心積慮兩年， 就出於這麼簡單的動機？顯 然不能服眾。 因此從馬新貽被刺起， 關於張文祥的殺人動機就有很多 種說法。
有人說，當張文祥、馬新貽、吳炳燮三人年輕時，曾歃血為盟， 結為金蘭之好。後來，張文祥、吳炳燮之妻各以美豔之故，俱為馬新 貽所姦污霸佔。這樣一來，張文祥所報則為占妻之仇。如政論家湯增 璧先生即持此說，“馬新貽督於兩江，穢行昭著，戕賊舊交，豔其室而 奪之。有義烈沉毅如張文祥者，磨刀霍霍，天鑒其衷，大仇已複，從容自首，決腹屠腸，神色為之不撓。”
有人說，當張文祥、馬新貽、吳炳燮三人年輕時，曾歃血為盟， 結為金蘭之好。後來，張文祥、吳炳燮之妻各以美豔之故，俱為馬新 貽所姦污霸佔。這樣一來，張文祥所報則為占妻之仇。如政論家湯增 璧先生即持此說，“馬新貽督於兩江，穢行昭著，戕賊舊交，豔其室而 奪之。有義烈沉毅如張文祥者，磨刀霍霍，天鑒其衷，大仇已複，從容自首，決腹屠腸，神色為之不撓。”