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侯景禍亂海寧、黟縣、歙縣等地, 所以鄱陽、宣城郡縣境內有很多盜賊。 附近縣的百姓都深受其害, 程靈洗向來以勇猛著稱鄉里,
劉神茂被侯景打敗, 侯景的偏帥呂子榮進攻新安, 程靈洗退守黟縣、歙縣。 侯景失敗後, 靈洗又佔據新安。 後來進軍建德, 生擒敵帥趙桑乾。 按功勞授職為持節, 散騎常侍, 都督青州、冀州二州諸軍事, 青州刺史, 增加食邑至一千戶,
程靈洗率領所部到揚州協助王僧辯鎮防。 升任吳興太守, 尚未起程, 王僧辯命令程靈洗跟隨侯王真西去援救荊州。 荊州陷落後, 回到都城。 陳霸先翦除王僧辯, 程靈洗率所部趕來援助王僧辯, 當晚在石頭西門全力拼殺, 形勢不利, 陳霸先派使者招降程靈洗, 很久程靈洗才投降, 陳霸先認為他非常重情誼。 紹泰元年(555年), 授任他為使持節、信武將軍、蘭陵太守, 常侍不變, 協助防守京口。 平定徐嗣徽時, 程靈洗立有戰功, 授任南丹陽太守, 封遂安縣侯, 增加食邑至一千五百戶, 鎮守採石。
程靈洗隨周文育西討王琳, 於沌口戰敗, 被王琳囚禁。 次年, 和侯安都等人逃回。 兼任丹陽尹, 後來出任高唐、太原二郡太守, 鎮守南陵。
天嘉四年(563年), 周迪再次進犯臨川, 朝廷以程靈洗為都督, 從鄱陽別道攻打周迪, 周迪又逃到山谷間。 天嘉五年(564年), 升任中護軍, 常侍職務不變。 出任使持節, 都督郢州、巴州、武州三州諸軍事, 宣毅將軍, 郢州刺史。 陳廢帝陳伯宗即位, 進號雲麾將軍。
華皎反叛時, 派使者招誘程靈洗, 程靈洗殺了華皎的來使, 用狀告知。 朝廷很讚賞他的忠心, 增加他的守備力量,