漠北蒙古打不過噶爾丹， 幾十萬百姓南下， 躲到漠南蒙古， 請求清朝保護。 康熙帝一面安撫、救濟逃難的災民， 一面派人前往噶爾丹軍營，
康熙決心嚴厲懲罰噶爾丹。 1690年， 他親率大軍西征。 左路清軍由撫遠大將軍福全統領， 出古北口；右路清軍由安北大將軍常甯率領， 出喜峰口。
清軍先用大炮向駝城中段轟擊， 猛烈的炮火將駱駝炸得血肉橫飛， 駝陣被撕開一個很大的口子， 正面的清軍步騎兵隨後發起勇猛的衝鋒， 另一支清軍則從駝城背後夾攻。 噶爾丹的叛軍被打得丟盔棄甲， 橫屍遍野， 狼狽逃竄。
為延緩清軍的追擊， 派一個喇嘛向清軍求和。 福全連忙向康熙帝稟報。 康熙帝叫傳令官趕快傳達命令：“火速追擊！”可是就在清軍等候康熙帝命令的時候， 噶爾丹跑了。 他帶著殘兵敗將取道大興安嶺逃回漠北。
康熙帝的大軍一直追到噶爾丹的大營前。 噶爾丹聽士兵報告說康熙帝掛帥親征， 已經到了大營前， 他還不相信。 等他跑到山頭眺望， 只見清軍軍紀嚴明， 兵強馬壯， 康熙帝的黃色龍旗迎風飄揚。 他知道自己不是對手， 便拔營西逃。 康熙帝乘勢追擊， 並通知費揚古率西路軍截擊叛軍。
費揚古在昭莫多（今蒙古國烏蘭巴托東南）遇到噶爾丹的主力， 便宜展開激戰。 清軍的伏兵突然出現在後方及其兩翼，
噶爾丹的侄子策妄阿拉布也是個不安分的人， 噶爾丹在外面廝殺， 他卻將伊梨地區占為己有。 後來， 他又流竄到西藏， 強佔地盤。 康熙帝便宜派大軍進入西藏，