辣椒根腐病通常病部僅局限於根部和莖基部。 植株發育不良， 較矮小。 後期病株白天萎蔫， 傍晚至次日清晨尚可恢復， 反復多日後植株枯死。 早春和初夏陰雨連綿、 高溫、高濕、晝暖夜涼的天氣有利發病， 種植地低窪積水， 田間郁閉高濕， 莖節受螻蛄為害傷口多， 或施用未充分腐熟的土雜肥， 會加重病情。 連作地、低窪地、粘土地發病重。
1.農業措施
因地制宜種植早熟品種。 施用充分腐熟的有機肥， 採用配方施肥技術， 有降低發病的作用。 與豆科、禾本科作物進行3～5年輪作。 選用無病種子， 從無病果實上採種。 定植後溫度控制在20～30℃、地溫25℃、濕度不高於90％。 使幼苗茁壯成長。 採取高畦（壟）栽培。 避免大水漫灌， 雨後及時排水， 防止田間積水。 灌水和雨後及時中耕鬆土， 增強土壤通透性， 促進根部傷口癒合和根系發育。
2.生物防治
在土壤上使用微生物專用菌種， 它可以固氮、解磷、解鉀， 能充分利用空氣中的氮， 通過有益菌生長代謝產生相應的酶和酸， 可對土壤中難溶性的磷、鉀進行分解， 便於植物吸收。 使植株“強壯”， 以增強抗病力。
3、進行土壤改良
土壤裡面的有機質增多， 就不會出現根腐病的現象， 所以保養好土壤也是很關鍵的。 儘量不要使用化肥， 化肥使用多了會使土壤板結， 減少有機質， 導致土壤裡面的營養缺失。 建議大家最好使用生物有機肥， 增加土壤裡面有機質， 也可以給植物提供各種所需的營養！