第一次國共合作時期的1925年2月, 廣東國民政府第一次東征陳炯明, 周恩來率黃埔軍校教導團和部分學生軍東征後, 應軍校黨代表廖仲愷要求, 時任中共廣東區委書記的陳延年推薦中共一大代表包惠僧到軍校任常駐政治部主任。 於是此後的幾個月裡, 黃埔軍校政治部便有了“前方主任周恩來, 後方主任包惠僧”之說。
包惠僧到任後, 繼承並發展了周恩來在黃埔軍校開創的政治工作制度。 他遵照廖仲愷和陳延年的指示, 制訂了一個新的教學計畫, 將政治課程加多, 每天兩次增加至四次, 每次兩小時,
雖然包惠僧聽取了廖仲愷的意見, 採取“相容並包”的態度, 請國民黨元老胡漢民等來軍校講課, 但其觀點和立場還是明顯傾向軍校中由中共黨員、進步青年組成的青年軍人聯合會。 包惠僧組織軍校的共產黨員和進步學生, “採取秘密小組的方式活動”, 到他的宿舍“開些小會”, 積極在軍校開展共產黨與共青團的工作。 軍官學校在晚9點鐘吹熄燈號, 包惠僧就於晚10點鐘後舉行秘密會議。 為了加強對學生的政治教育工作, 包惠僧還在青年軍人聯合會主辦的雜誌《中國軍人》上發表多篇文章, 號召軍校師生繼續革命。
1925年6月平定滇、桂軍閥叛亂時, 黃埔軍校多數學員奉調參加平叛,
1925年8月初, 在得到周恩來同意後, 包惠僧出任黃埔教導團擴編成的中國國民黨党軍第一師第三團黨代表, 辭去了黃埔軍校政治部主任職務。